t/AlignIO/msf.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: msf.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 4);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::msf');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # MSF
  20 $str = Bio::AlignIO->new(
  21     '-file' => test_input_file("testaln.msf"));
  22 $aln = $str->next_aln();
  23 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  24 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, '1433_LYCES/9-246', "msf input test";
  25
  26 $strout = Bio::AlignIO->new(
  27    '-file' => ">".test_output_file(),
  28                             '-format' => 'msf');
  29 $status = $strout->write_aln($aln);
  30 is $status, 1, "msf output test";
  31