t/AlignIO/meme.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6         use lib '.';
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 20);
  10
  11         use_ok('Bio::AlignIO::meme');
  12 }
  13
  14 my $DEBUG = test_debug();
  15
  16 # MEME
  17 # this file has no Strand column, and it's version 3.0
  18 my $str = Bio::AlignIO->new(
  19                 -file => test_input_file('test-3.0-1.meme'),
  20                 -format => 'meme');
  21 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  22 my $aln = $str->next_aln();
  23 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');is $aln->length,25;
  24 is $aln->num_sequences,4;
  25 is $aln->get_seq_by_pos(3)->seq(),"CCTTAAAATAAAATCCCCACCACCA";
  26 is $aln->get_seq_by_pos(3)->strand,"1";
  27
  28 # this file has a Strand column, also version 3.0
  29 $str = Bio::AlignIO->new(
  30                 -file => test_input_file('test-3.0-2.meme'),
  31                 -format => 'meme');
  32 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  33 $aln = $str->next_aln();
  34 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');is $aln->length,20;
  35 is $aln->num_sequences,8;
  36 is $aln->get_seq_by_pos(8)->seq(),"CCAGTCTCCCCTGAATACCC";
  37 is $aln->get_seq_by_pos(7)->strand,"-1";
  38 is $aln->get_seq_by_pos(6)->strand,"1";
  39
  40 # version 4.9
  41 $str = Bio::AlignIO->new(
  42                 -file => test_input_file('test-4.9.meme'),
  43                 -format => 'meme');
  44 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  45 $aln = $str->next_aln();
  46 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');is $aln->length,21;
  47 is $aln->num_sequences,47;
  48 is $aln->get_seq_by_pos(3)->seq(),"AGAGAAACAAGAGGCCTCTTT";
  49 is $aln->get_seq_by_pos(3)->strand,"1";