t/AlignIO/largemultifasta.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: largemultifasta.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
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   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 7);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::largemultifasta');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
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  19 # LARGEMULTIFASTA
  20 $str = Bio::AlignIO->new(
  21    '-file' => test_input_file('little.largemultifasta'),
  22                          '-format' => 'largemultifasta');
  23 $aln = $str->next_aln();
  24 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  25 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Human:/1-81', "fasta input test ";
  26 is ($aln->get_seq_by_pos(1)->description,
  27     '72.0:1018606-3386002; 73.0:0-14850845; 74.0:0-83355922; SPECIAL_hsApr2003_3.0:0-414023;',
  28     "fasta input test for description");
  29 is ($aln->get_seq_by_pos(3)->display_id, 'Rat:',
  30     "fasta input test for id");
  31
  32 is ($aln->get_seq_by_pos(3)->description,
  33     '72.0:1018606-3386002; 73.0:0-14850845; 74.0:0-83355922; SPECIAL_hsApr2003_3.0:0-414023;',
  34     "fasta input test for description");
  35
  36 $strout = Bio::AlignIO->new(
  37    '-file' => ">".test_output_file(),
  38                             '-format' => 'largemultifasta');
  39 $status = $strout->write_aln($aln);
  40 is $status, 1,"fasta output test";
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