t/AlignIO/fasta.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6         use lib '.';
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 10);
  10
  11         use_ok('Bio::AlignIO::fasta');
  12 }
  13
  14 my $DEBUG = test_debug();
  15
  16 my ($str,$aln,$strout,$status);
  17
  18 # FASTA
  19 $str = Bio::AlignIO->new(
  20                  -file => test_input_file("testaln.fasta"),
  21                  -format => 'fasta');
  22 $aln = $str->next_aln();
  23 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  24 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/114-431/1-318',
  25   "fasta input test ";
  26 is ($aln->get_seq_by_pos(1)->description, 'DESCRIPTION HERE',
  27     "fasta input test for description");
  28 is ($aln->get_seq_by_pos(11)->display_id, 'AK_YEAST',
  29     "fasta input test for id");
  30
  31 is ($aln->get_seq_by_pos(2)->end, 318,
  32     "fasta input test for end");
  33
  34 is ($aln->get_seq_by_pos(11)->description, 'A COMMENT FOR YEAST',
  35     "fasta input test for description");
  36
  37 $strout = Bio::AlignIO->new(
  38    '-file' => ">".test_output_file(),
  39                               '-format' => 'fasta');
  40 $status = $strout->write_aln($aln);
  41 is $status, 1,"fasta output test";
  42
  43 my $in = Bio::AlignIO->newFh(
  44    '-file'  => test_input_file("testaln.fasta"),
  45                                '-format' => 'fasta');
  46 my $out = Bio::AlignIO->newFh(
  47    '-file' => ">".test_output_file(),
  48                                 '-format' => 'pfam');
  49 while ( $aln = <$in>) {
  50     is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/114-431/1-318',
  51      "filehandle input test  ";
  52     $status = print $out $aln;
  53     last;
  54 }
  55 is $status, 1, "filehandle output test";