t/AlignIO/AlignIO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 29);
  11
  12     use_ok('Bio::AlignIO');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # general filehandle tests
  20 # not all parsers support output (noted as 0)
  21 my %files = (
  22     # file                   format       I  O
  23     'testaln.phylip'     => ['phylip',     1, 1],
  24     'testaln.psi'         => ['psi',        1, 1],
  25     'testaln.arp'       => ['arp',        1, 0],
  26     'rfam_tests.stk'    => ['stockholm',  1, 1],
  27     'testaln.pfam'      => ['pfam',       1, 1],
  28     'testaln.msf'       => ['msf',        1, 1],
  29     'testaln.fasta'     => ['fasta',      1, 1],
  30     'testaln.selex'     => ['selex',      1, 1],
  31     'testaln.mase'      => ['mase',       1, 0],
  32     'testaln.prodom'    => ['prodom',     1, 0],
  33     'testaln.clustalw'  => ['clustalw',   1, 1],
  34     'testaln.metafasta' => ['metafasta',  1, 1],
  35     'testaln.nexus'     => ['nexus',      1, 1],
  36     'testaln.po'        => ['po',         1, 1],
  37     'testaln.xmfa'      => ['xmfa',       1, 1],
  38  );
  39
  40 # input file handles
  41
  42 $aln = Bio::AlignIO->new(
  43     -file  => test_input_file('longnames.aln'),
  44     -format=>'clustalw',
  45 )->next_aln();
  46 isa_ok($aln, 'Bio::AnnotatableI');
  47
  48 while (my ($file, $fdata) = each %files) {
  49     my ($format, $in, $out) = @{$fdata};
  50     if ($in) {
  51         my $fhin = Bio::AlignIO->newFh(
  52            '-file'  => test_input_file($file),
  53                            '-format' => $format);
  54         my $fhout = Bio::AlignIO->newFh(
  55            '-file' => ">".test_output_file(),
  56                         '-format' => 'clustalw');
  57         while ( $aln = <$fhin>) {
  58             cmp_ok($aln->num_sequences, '>=', 2, "input filehandle method test : $format");
  59             last;
  60         }
  61     }
  62 }
  63
  64 # output file handles
  65
  66 while (my ($file, $fdata) = each %files) {
  67     my ($format, $in, $out) = @{$fdata};
  68     if ($out) {
  69         my $status = 0;
  70         my $fhin = Bio::AlignIO->newFh(
  71            '-file' => test_input_file('testaln.clustalw'),
  72                         '-format' => 'clustalw');
  73         my $fhout = Bio::AlignIO->newFh(
  74            '-file'  => '>'.test_output_file(),
  75                            '-format' => $format);
  76         while ( $aln = <$fhin> ) {
  77             $status = print $fhout $aln;
  78             last;
  79         }
  80         is $status, 1, "filehandle output test : $format";
  81     }
  82 }