Changes

   1 ---------------------------------------------------------
   2 Revision history for BioPerl core modules
   3 ---------------------------------------------------------
   4 The comprehensive history and ongoing development of BioPerl:
   5
   6    http://github.com/bioperl/bioperl-live
   7
   8 Some of that history is also highlighted on our wiki:
   9
  10    http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
  11    http://www.bioperl.org/wiki/History_of_BioPerl
  12
  13 Bugs and requested features list:
  14
  15    https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
  16
  17 CPAN releases are branched from 'master'.
  18 ---------------------------------------------------------
  19
  20 1.6.925
  21
  22     * WrapperBase quoted option values [majensen]
  23     * Various documentation fixes and updates [bosborne]
  24
  25     [New features]
  26
  27     * Bio::SearchIO::infernal
  28       - Issue #131: added CMSEARCH parsing support for Infernal 1.1 [pcantalupo]
  29     * Bio::Search::HSP::ModelHSP
  30       - Added a 'noncanonical_string' method to retrieve the NC line from CMSEARCH
  31         reports [pcantalupo]
  32     * Bio::Search::Result::INFERNALResult
  33       - Added new module to represent features of Infernal reports [pcantalupo]
  34
  35    [Bug Fixes]
  36
  37     * Fixes in Bio::Root::Build to deal with META.json/yml for CPAN indexing [cjfields]
  38     * Bio::SeqFeature::Generic spliced_seq() bug fix [Eric Snyder, via bosborne]
  39     * NeXML parser fixes [fjossandon]
  40     * Bug fix for Bio::DB::SeqFeature memory adapter [lstein]
  41     * Issue #70: CONTIG parsing in GenBank output fixed [fjossandon]
  42     * Issue #76: Circular genome fixes with Bio::Location::Split [fjossandon]
  43     * Issue #80: Fix lack of caching issue with Bio::DB::Taxonomy [fjossandon]
  44     * Issue #81: Small updates to make sure possible memory leaks are detected [cjfields]
  45     * Issue #84: EMBL format wrapping problem [nyamned]
  46     * Issue #90: Missing entries for translation tables 24 and 25 [fjossandon]
  47     * Issue #95: Speed up of Bio::DB::Fasta::subseq by using a compiled regex
  48       or compiled C code (when Inline::C is installed) [rocky]
  49     * Fix various Bio::Tools::Analysis remote server config problems [cjfields]
  50     * Added several missing 'Data::Stag' and 'LWP::UserAgent' requirements [fjossandon]
  51     * Added a workaround in Bio::DB::Registry to get Username in Windows [fjossandon]
  52     * For HMMer report parsing, changed "$hsp->bits" to return 0 instead of undef
  53       to be consistent with "$hit->bits" behaviour [fjossandon]
  54     * Fixed a bug in HMMer3 parsing, where an homology line ending in CS or RF
  55       aminoacids made "next_seq" confused and broke the parser [fjossandon]
  56     * Adjusted FTLocationFactory.pm to comply with current GenBank Feature Table
  57       Definition, so now "join(complement(C..D),complement(A..B))" is equivalent
  58       to "complement(join(A..B,C..D))" [fjossandon]
  59
  60 1.6.924
  61
  62     [Significant changes]
  63
  64     * Bug/feature issue tracking has moved to GitHub Issues:
  65           https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
  66     * DB_File has been demoted from "required" to "recommended",
  67       which should make easier for Windows users to install BioPerl
  68       if they don't need that module.
  69
  70     [New features]
  71
  72     * Bio::Search::HSP::GenericHSP
  73         - Bug #3370, added a "posterior_string" method to retrieve the
  74           posterior probability lines (PP) from HMMER3 reports [fjossandon]
  75         - Added a "consensus_string" method to retrieve the consensus
  76           structure lines (CS|RF) from HMMER2 and HMMER3 reports when available [fjossandon]
  77     * Bio::SearchIO::hmmer2
  78         - The number of identical and conserved residues are now calculated
  79           directly from the homology line [fjossandon]
  80         - Now the Query Length and Hit Length are reported when the alignment
  81           runs until the end of the sequence/model ('.]' or '[]') [fjossandon]
  82         - Implemented the capture of the consensus structure lines [fjossandon]
  83     * Bio::SearchIO::hmmer3
  84         - The number of identical and conserved residues are now calculated
  85           directly from the homology line [fjossandon]
  86         - Now the Hit Length is reported when the alignment runs until the end
  87           of the sequence/model ('.]' or '[]') [fjossandon]
  88         - Implemented the capture of the consensus structure lines [fjossandon]
  89         - Implemented the capture of the posterior probability lines [fjossandon]
  90         - Completed the development of NHMMER parsing, including alignments [fjossandon]
  91     * Bio::SearchIO::SearchResultEventBuilder & Bio::SearchIO::IteratedSearchResultEventBuilder
  92         - Feature #2615, moved "_init_parse_params", "max_significance, "signif",
  93           "min_score", "min_bits, and "hit_filter" methods from
  94           'IteratedSearchResultEventBuilder' to parent 'SearchResultEventBuilder'.
  95           This means that the Bio::SearchIO->new() parameters '-signif', '-score',
  96           '-bits' and '-hit_filter' will now work with other Bio::SearchIO formats
  97           besides Blast, instead of being ignored. Added tests for all moved methods
  98           using HMMER outputs and run the full test suite and everything pass [fjossandon]
  99     * Bio::SeqIO::MultiFile
 100         - Autodetection of file format [fangly]
 101     * Bio::Tools::GuessSeqFormat:
 102         - Format detection from non-seekable filehandles such as STDIN [fangly]
 103
 104     [Bug fixes]
 105
 106     * Fix problems when using Storable as backend for cloning [v1.6.x branch, tsibley]
 107     * Fix potential problems with Storable in Bio::DB::SeqFeature::Store [tsibley]
 108     * SeqFeature::Lite: Fixed wrong strand when using "+", "-", or "." [nathanweeks]
 109     * Abstract: Fixed ActivePerl incapability of removing temporary files
 110       because of problems closing tied filehandles [fjossandon]
 111     * IndexedBase: For Windows' ActivePerl, several LocalDB tests were failing
 112       because ActivePerl were producing a ".index.pag" and ".index.dir"
 113       files instead of a single ".index" file (like Strawberry Perl).
 114       Now those temporary files are correctly considered and deleted. [fjossandon]
 115     * Test files: Added missing module requirements (DB_File and Data::Stag)
 116       to several tests files that were failing because those modules were
 117       not present. Now those test files are correctly skipped instead. [fjossandon]
 118     * Blast: Added support to changes in bl2seq from BLAST+ output, which
 119       now uses "Subject=" instead of ">" to start hit lines [yschensandiego]
 120     * Phylip: Return undef in "next_aln" at file end to avoid
 121       an infinite loop [yschensandiego]
 122     * HMMER3: When a hit description is too long, it is truncated in
 123       the Scores table. In those cases, the more complete description from
 124       the Annotation line (>>) will be used [fjossandon]
 125     * GenericHSP: Added '.' to gap symbols in "_pre_gaps" (except for ERPIN),
 126       since it is now used by HMMER3 format in alignments [fjossandon]
 127     * GenericHit: Changed "frac_aligned_query" and "frac_aligned_hit"
 128       to return undef if the query/hit length is unknown (like in some
 129       HMMER outputs), to avoid division by 0 crashes. Also "query_length"
 130       now is set to 0 if its undefined, to be consistent with hit "length" [fjossandon]
 131     * HMMER: fixed many bugs in the parsing of Hmmer2 and Hmmer3 outputs,
 132       added support to multi-query reports, reduced code redundancy,
 133       and eliminated the automatic removal of hits below "inclusion threshold" [fjossandon]
 134     * [3369] - Fixed reported bugs in parse from HMMSEARCH3 reports [fjossandon]
 135     * [3446] - Fixed wrong marker position in Bio::Map::Physical [fjossandon]
 136     * [3455] - Fixed wrong print of DBLink in Genbank file [bosborne]
 137     * Fixed some Bio::Root::Utilities subroutines [fjossandon]
 138     * Double-quotes on paths are needed in some places [fjossandon]
 139     * [3453] - Allow multiple homologies and products in Entrezgene [fjossandon]
 140     * Use "NUL" instead of"/dev/null" when running in Windows [fjossandon]
 141     * Updated all files from Bio-Root, Bio-Coordinate and Bio-SearchIO-blastxml
 142       with the latest changes made in their own repositories [fjossandon]
 143     * General synching of files with the master branch [fjossandon]
 144     * Fixed tests failing in Windows because of using Linux commands [fjossandon]
 145     * Closed many open filehandles that prevented temporary files deletion [fjossandon]
 146     * Fixed broken MeSH parser [fjossandon]
 147     * Fixed missing detection of format in SeqIO when given a -string [fangly]
 148
 149 1.6.923
 150
 151     * Major Windows support updates! [fjossandon]
 152     * MAKER update to allow for stricter standard codon table [cjfields]
 153     * Better support for circular sequences [fjossandon]
 154     * Fixes for some complex location types [fjossandon]
 155     * Address CONTIG bug in GenBank format, bug #3448 [cjfields]
 156     * Fix bug #2978 related to BLAST report type [fjossandon]
 157     * Deobfuscator fixes [DaveMessina]
 158
 159 1.6.922
 160
 161     * Address CPAN test failures [cjfields]
 162     * Add BIOPROJECT support for Genbank files [hyphaltip]
 163     * Better regex support for HMMER3 output [bosborne]
 164
 165 1.6.921
 166
 167     * Minor update to address CPAN test failures
 168
 169 1.6.920
 170
 171     * Remove Bio::Biblio and related files [carandraug]
 172       - this cause version clashes with an independently-released
 173         version of Bio::Biblio
 174
 175 1.6.910
 176
 177     [New features]
 178
 179     * Hash randomization fixes for perl 5.18.x
 180       - Note: at least one module (Bio::Map::Physical) still has a failing test;
 181         this is documented in bug #3446 and has been TODO'd; we will be pulling
 182         Bio::Map and similar modules out of core into separate distributions in the
 183         1.7.x release series [cjfields]
 184
 185     [New features]
 186
 187     * Bio::Seq::SimulatedRead
 188         - New module to represent reads taken from other sequences [fangly]
 189     * Bio::Root::Root
 190         - Support of Clone::Fast as a faster cloning alternative [fangly]
 191     * Bio::Root::IO
 192         - Moved the format() and variant() methods from Bio::*IO modules to
 193           Bio::Root::IO [fangly]
 194         - Can now use format() to get the type of IO format in use [fangly]
 195     * Bio::Tools::IUPAC
 196         - New regexp() method to create regular expressions from IUPAC sequences
 197           [fangly]
 198     * Bio::SeqFeature::Primer and Bio::Seq::PrimedSeq:
 199         - Code refresh [fangly]
 200     * Bio::DB::Taxonomy
 201         - Added support for the Greengenes and Silva taxonomies [fangly]
 202     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
 203         - get_lineage_string() represents a lineage as a string [fangly]
 204         - add_trait() returns instead of reporting an error when the column
 205           number is exceeded in add_trait() [fangly]
 206         - Option to support tree leaves without trait [fangly]
 207         - Allow ID of 0 in trait files [fangly]
 208     * Bio::DB::Taxonomy::list
 209         - Misc optimizations [fangly]
 210         - Option -names of get_taxon() to help with ambiguous taxa [fangly]
 211     * Bio::DB::Taxonomy::*
 212         - get_num_taxa() returns the number of taxa in the database [fangly]
 213     * Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual
 214         - support indexing an arbitrary list of files [fangly]
 215         - user can supply an arbitrary index file name [fangly]
 216         - new option to remove index file at the end [fangly]
 217     * Bio::DB::Fasta
 218         - now handles IUPAC degenerate residues [fangly]
 219     * Bio::PrimarySeq and Bio::PrimarySeqI
 220         - speed improvements for large sequences [Ben Woodcroft, fangly]
 221     * Bio::PrimaryQual
 222         - tightened and optimized quality string validation [fangly]
 223     * Bio::SeqIO::fasta
 224         - new method and option 'block', to create FASTA output with space
 225           intervaled blocks (similar to genbank or EMBL) has been implemented.
 226         - package variables $WIDTH and $DEFAULT_SEQ_ID_TYPE have been removed
 227           in favour of the methods 'width' and 'preferred_id_type` respectively.
 228     * Bio::FeatureIO::*
 229         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
 230     * Bio::SeqFeature::Annotated
 231         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
 232     * Bio::Cluster::SequenceFamily
 233         - improved performance when using get_members with overlapping multiple
 234           criteria
 235     * Bio::SearchIO::hmmer3
 236         - now supports nhmmer [bosborne]
 237
 238     [Bug fixes]
 239
 240     * [3302] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse
 241       multi-query hmmer output [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
 242     * [3421] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse an HSP
 243       with a line full of dashes [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
 244     * [3298] Fix bug in Bio::SearchIO::blast.pm where algorithm version
 245       information was lost in a multi-result blast file [Paul Cantalupo]
 246     * [3343] Fix bug in Bio::SearchIO::blasttable.pm to correctly calculate
 247       total gaps [Paul Cantalupo]
 248     * [3375] Fix DBLINK parsing bug in Bio::SeqIO::genbank.pm [Paul Cantalupo]
 249     * [3376] Fix bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly handle case
 250       when end of domain indicator is split across lines [Paul Cantalupo]
 251     * [3240] Bio::AlignIO::stockholm now parses simple sequences [Bernd Web,
 252       cjfields]
 253     * [3237] Bio::DB::Fasta now allows blank lines between sequences, catches
 254       instances where blank lines are within sequences [cjfields]
 255     * Bio::DB::Fasta reports correct alphabet for files with multiple sequence
 256       types [fangly]
 257     * Bio::DB::Fasta rev-comps sequences other than DNA properly [fangly]
 258     * [3238] Fixes for Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg [Thomas Burkhard,
 259       cjfields]
 260     * Various fixes for Stockholm file indexing and processing [bosborne]
 261     * Fix edge case in FASTQ parsing where sequence of length 1 and qual of 0
 262       breaks parsing [cjfields]
 263     * Fix case where Bio::Seq::Meta* objects with no meta information could not
 264       be reverse-complemented [fangly]
 265     * Fix bug for fields without aliases in Bio::DB::Query::HIVQuery [fangly]
 266     * Fix Bio::PopGen::IO::phase: sort values lexically instead of numerically
 267       when unsure that values will be numerical [fangly]
 268     * Fix undef warnings in Bio::SeqIO::embl [fangly]
 269     * Fix undef warnings in Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual [fangly]
 270     * Fix Bio::Tools::IUPAC should accept any sequence object [fangly]
 271     * Fix for 'Inappropriate ioctl' in Bio::DB::Store::berkeleydb3 [Olivier
 272       Sallou]
 273     * Bio::SeqFeature::Generic SeqfeatureI compliance: methods primary_tag,
 274       source_tag and display_name must return a string, not undef [fangly]
 275     * Bio::SimpleAlign and Bio::Seq compliance with Bio::FeatureHolderI
 276       add_SeqFeature takes a single argument [fangly]
 277     * Use cross-platform filenames and temporary directory in
 278       Bio::DB::Taxonomy::flatfile [fangly]
 279     * Fix bug in Bio::DB::Taxonomy::list where taxa with no ancestors were not
 280       properly identified as existing taxa in the database [fangly]
 281     * Fix issue where a Bio::DB::Taxonomy::list object could not be created
 282       without also passing a lineage to store [fangly]
 283     * Prevent passing a directory to the gi2taxid option (-g) of
 284       bp_classify_hits_kingdom.pl and remove an 'earlier declaration' warning
 285       [fangly]
 286     * Fixed bp_genbank2gff3.pl crash when missing source feature date [fangly]
 287     * Bio::PrimarySeq constructor -direct works for -seq or -ref_to_seq [fangly]
 288     * Bio::Cluster::SequenceFamily - checks if the sequence has a Bio::Species
 289       object before trying to access, and no longer returns repeated sequences.
 290
 291
 292 1.6.901 May 18, 2011
 293
 294     [Notes]
 295
 296     * Use of AcePerl is deprecated; Ace.pm isn't actively maintained, and
 297       modules using Ace will also be deprecated [lds, cjfields]
 298     * Minor bug fix release
 299     * Bio::SeqIO::gbxml tests require XML::SAX [hartzell]
 300     * Address Build.PL issues when DBI is not present [hartzell]
 301     * Skip gbxml.t and Interpro tests when modules not installed [cjfields]
 302     * Remove deprecated code for perl 5.14.0 compat [cjfields]
 303     * Due to schema changes and lack of support for older versions, support
 304       for NeXML 0.9 is only (very) partially implemented.
 305       See: https://redmine.open-bio.org/issues/3207
 306
 307     [Bug fixes]
 308
 309     * [3205] - small fix to Bio::Perl blast_sequence() to make compliant with
 310       docs [genehack, cjfields]
 311     * $VERSION for CPAN/cpanm-based installs was broken; force setting of
 312       module version from dist_version (probably not the best way to do this,
 313       but it seems to work) [rbuels, cjfields]
 314
 315
 316 1.6.900 April 14, 201
 317
 318     [Notes]
 319
 320     * This will probably be the last release to add significant features to
 321       core modules; subsequent releases will be for bug fixes alone.
 322       We are planning on a restructuring of core for summer 2011, potentially
 323       as part of the Google Summer of Code.  This may become BioPerl 2.0.
 324     * Version bump represents 'just prior to v 1.7'.  We may have point
 325       releases to deal with bugs, with increments of 1.6.901, 1.6.902, etc.
 326       This code essentially is what is on the github master branch.
 327
 328     [New features]
 329
 330     * Core code updated for perl 5.12.x [cjfields, Charle Tilford]
 331     * Bio::Tree refactor
 332         - major overhaul of Bio::Tree code by Greg Jordan, fixes several bugs
 333         - removal of Scalar::Util::weaken code, which was causing odd headaches
 334           with premature GC, memory leaks with perl 5.10.0, etc [cjfields]
 335     * Bio::DB::SeqFeature bug fixes for GBrowse2 compatibility [lds, scottcain,
 336           many others]
 337     * Bio::SeqIO::msout, Bio::SeqIO::mbsout - parsers for ms and mbs
 338           [Warren Kretzschmar]
 339     * Bio::SeqIO::gbxml
 340         - bug 2515 - new contribution [Ryan Golhar, jhannah]
 341     * Bio::Assembly::IO
 342         - support for reading Maq, Sam and Bowtie files [maj]
 343         - support for reading 454 GS Assembler (Newbler) ACE files [fangly]
 344         - bug 2483: support for writing ACE files [Joshua Udall, fangly]
 345         - bug 2599: support DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 346         - bug 2726: reading/writing granularity: whole scaffold or one contig
 347           at a time [Joshua Udall, fangly]
 348     * Bio::OntologyIO
 349         - Added parsing of xrefs to OBO files, which are stored as secondary
 350             dbxrefs of the cvterm [Naama Menda]
 351         - General Interpro-related code refactors [dukeleto, rbuels, cjfields]
 352     * PAML code updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
 353
 354     [Bug fixes]
 355
 356     * [3198] - sort tabular BLAST hits by score [DaveMessina]
 357     * [3196] - fix invalid metadata produced by latest Module::Build [cjfields]
 358     * [3190] - RemoteBlast GAPCOSTS regex fix [Ali Walsh, cjfields]
 359     * [3185] - Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt now gives correct MW
 360                [cjfields]
 361     * [3178] - fix tr/// issue in Bio::Range [Andrew Conley, cjfields]
 362     * [3172] - Bio::DB::Fasta - catch possibly bad FASTA files [cjfields]
 363     * [3164] - TreeFunctionsI syntax  bug [gjuggler]
 364     * [3163] - AssemblyIO speedup [fangly]
 365     * [3160] - Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter output [Paul Cantalupo,
 366                hyphaltip]
 367     * [3159] - add SwissPfam support to bp_index.PLS [hyphaltip]
 368     * [3158] - fix EMBL file mis-parsing [cjfields]
 369     * [3157] - Bio::Restriction::Analysis 'sizes' method fixed [Marc Perry,
 370                cjfields]
 371     * [3153] - fix SeqIO::swiss TagTree issues [Charles Tilford, cjfields]
 372     * [3148] - URL change for UniProt [cjfields]
 373     * [3145] - AXT off-by-1 error [Aaron Goodman, cjfields]
 374     * [3136] - HMMer3 parser fixes [kblin]
 375     * [3126] - catch description [Toshihiko Akiba]
 376     * [3122] - Catch instances where non-seekable filehandles were being
 377                seek'd w/o checking for status [Stefan Kirov, Roy Chaudhuri]
 378     * [3121] - Bio::OntologyIO cannot parse the full InterPro XML file
 379                [dukeleto, rbuels, cjfields]
 380     * [3120] - bp_seqfeature_gff3.pl round-trip fixes [genehack, David Breimann,
 381                jhannah]
 382     * [3116,3117] - perl 5.12.x warnings fixed [cjfields, Charles Tilford]
 383     * [3110] - Better 'namespace' support for bp_seqfeature_load.PLS [dbolser,
 384                cjfields]
 385     * [3107] - BLAST alignment column_from_residue_number() [cjfields]
 386     * [3104] - Bio::Species single node hierarchies [Charles Tilford, cjfields]
 387     * [3092, 3090] - parsing of BLAST HSP stats [Razi Khaja, cjfields]
 388     * [3089] - HSPTableWriter missing methods [Robson de Souza, cjfields]
 389     * [3086] - EMBL misparsing long tags [kblin, cjfields]
 390     * [3085] - CommandExts and array of files [maj, hyphaltip]
 391     * [3077] - Bio::SimpleAlign slice() now correctly computes seq coordinates
 392                for alignment slices [Ha X. Dang, cjfields]
 393     * [3076] - XMFA alignment strand wrong [Ha X., cjfields]
 394     * [3073] - fix parsing of GenBank files from RDP [cjfields]
 395     * [3068] - FASTQ parse failure with trailing 0 [cjfields]
 396     * [3064] - All-gap midline BLAST report issues [cjfields]
 397     * [3063] - BLASt report RID [Razi Khaja, cjfields]
 398     * [3058] - SearchIO::fasta parsing [DaveMessina, cjfields]
 399     * [3053] - LOCUS line formatting [M. Wayne, cjfields]
 400     * [3039] - correct Newick output root node branch length [gjuggler,
 401                DaveMessina]
 402     * [3038] - SELEX alignment error [Bernd, cjfields]
 403     * [3033] - PrimarySeq ID setting [Bernd, maj]
 404     * [3032] - Fgenesh errors [Wes Barris, hyphaltip]
 405     * [3034] - AlignIO::clustal output [Bernd, DaveMessina]
 406     * [3031] - Parse algorithm ref for BLAST [Razi Khaja, cjfields]
 407     * [3028] - Bio::TreeIO::nexus and FigTree compat [Kevin Balbi, cjfields]
 408     * [3025] - Bio::SeqIO::embl infinite loop [Adam Sjøgren, cjfields]
 409     * [3040, 3023, 2974, 2921, 2753, 2636, 2482] - PAML parser fixed, works with
 410                PAML 4.4d [DaveMessina]
 411     * [3015, 3022] - Bio::Restriction withrefm regexp [Emmanuel Quevillon,
 412                DaveMessina]
 413     * [3020] - GFF3Loader alias attribute [Nathan Weeks, cjfields]
 414     * [3018, 3019, 3021] - gmap_f9 parsing [Kiran Mukhyala, cjfields]
 415     * [3017] - using threads with Bio::DB::GenBank [cjfields]
 416     * [3012] - Bio::Root::HTTPget fixes [maj, cjfields]
 417     * [3011] - namespace support for SF::Store::DBI::Pg [Adam Witney, cjfields]
 418     * [3002] - Bio::DB::EUtilities NCBI policy updates [cjfields]
 419     * [3001] - seq identifier '0' dropped with FASTA [Michael Kuhn, maj]
 420     * [2984] - let LocatableSeq decide on length of phylip aln [Adam Witney,
 421                cjfields]
 422     * [2983] - fix score/percent ID mixup [Alexie Papanicolaou]
 423     * [2977] - TreeIO issues [DaveMessina]
 424     * [2959] - Bio::SeqUtils->revcom_with_features [Roy Chaudhuri, maj]
 425     * [2944] - Bio::Tools::GFF score [cjfields]
 426     * [2942] - correct MapTiling output [maj]
 427     * [2939] - PDB residue insertion codes [John May, maj]
 428     * [2930] - PrimarySeqI term symbol [Adam Sjøgren, maj]
 429     * [2928] - GuessSeqFormat raw [maj]
 430     * [2926] - Bio:Tools::TandemRepeatsFinder seq_id [takadonet, cjfields]
 431     * [2922] - open() directive issue [cjfields]
 432     * [2915] - GenBank parser infinite loop [Francisco Ossandon, cjfields]
 433     * [2901] - DNAStatistics div by zero error [Janet Young, cjfields]
 434     * [2899] - SeqFeature::Store host issues [lstein, dbolser]
 435     * [2897] - Add a "mask_below_threshold" method to Seq::Quality [dbolser,
 436                cjfields]
 437     * [2881] - .scf files don't' roundtrip [Adam Sjøgren, cjfields]
 438     * [2876] - CDD search with RemoteBlast [Malcolm Cook]
 439     * [2863] - Root::IO::_initialize_io causes crash [rbuels, maj, DaveMessina]
 440     * [2845] - Bio::Seq::Quality gives seq with no ID [Tristan Lefebure, cjfields]
 441     * [2843] - FeatureIO BED to GFF fails w/ no phase [cassjm cjfields]
 442     * [2773] - Bio::Tree::Node premature GC [Morgan Price, cjfields]
 443     * [2764] - add ID Tracker helper for SwissProt [heikki, cjfields]
 444     * [2758] - Bio::AssemblyIO ace problems [fangly]
 445     * [2744] - Bio::LocatableSeq::end [Bernd, cjfields]
 446     * [2726] - ace file IO [Josh, fangly]
 447     * [2700] - Refactor Build.PL [cjfields]
 448     * [2673] - addition of simple Root-based clone() method [cjfields]
 449     * [2648] - Bio::Assembly::Scaffold->get_all_seq_ids [dbolser, fangly]
 450     * [2599] - support for DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 451     * [2594] - Bio::Species memory leak [cjfields]
 452     * [2515] - GenBank XML parser [jhannah]
 453     * [2499] - Method "pi" in package Bio::PopGen::Statistics [hyphaltip]
 454     * [2483] - Bio::Assembly::IO::ace write_assembly implemented [fangly]
 455     * [2350] - ID consistency btwn Bio::SeqI, Bio::Align::AlignI [fangly,
 456                cjfields]
 457     * [1572] - no docs Bio::Location::Simple/Atomic::trunc [hyphaltip]
 458
 459     [Deprecated]
 460
 461     * Bio::Expression modules - these were originally designed to go with the
 462       bioperl-microarray suite of tools, however they have never been completed
 463       and so have been removed from the distribution.  The original code has
 464       been moved into the inactive bioperl-microarray suite. [cjfields]
 465
 466     [Other]
 467
 468     * Repository moved from Subversion (SVN) to
 469       http://github.com/bioperl/bioperl-live [cjfields]
 470     * Bug database has moved to Redmine (https://redmine.open-bio.org)
 471     * Bio::Micrarray - the tools developed for ReSeq chip analysis by Marian
 472       Thieme have been moved to their own distribution (Bio-Microarray).
 473       [cjfields]
 474
 475 1.6.1   Sept. 29, 2009 (point release)
 476     * No change from last alpha except VERSION and doc updates [cjfields]
 477
 478 1.6.0_6 Sept. 27, 2009 (sixth 1.6.1 alpha)
 479     * Fix for silent OBDA bug related to FASTA validation [cjfields]
 480
 481 1.6.0_5 Sept. 27, 2009 (fifth 1.6.1 alpha)
 482     * Possible fix for RT 49950 (Strawberry Perl installation) [cjfields]
 483     * [RT 50048] - removed redundant VERSION, which was borking CPANPLUS
 484       [cjfields]
 485     * BioPerl.pod -> BioPerl.pm (Perl Best Practices) [cjfields]
 486
 487 1.6.0_4 Sept. 25, 2009 (fourth 1.6.1 alpha)
 488     * WinXP test fixes [cjfields, maj]
 489     * BioPerl.pod added for descriptive information, fixes CPAN indexing
 490       [cjfields]
 491     * Minor doc fixes [cjfields]
 492
 493 1.6.0_3 Sept. 22, 2009 (third 1.6.1 alpha)
 494     * Fix tests failing due to merging issues [cjfields]
 495     * More documentation updates for POD parsing [cjfields]
 496
 497 1.6.0_2 Sept. 22, 2009 (second 1.6.1 alpha)
 498     * Bio::Root::Build
 499         - fix YAML meta data generation [cjfields]
 500
 501 1.6.0_1 Sept. 15, 2009 (first 1.6.1 alpha)
 502     * Bio::Align::DNAStatistics
 503         - fix divide by zero problem [jason]
 504     * Bio::AlignIO::*
 505         - bug 2813 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 506     * Bio::AlignIO::stockholm
 507         - bug 2796 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 508     * Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum
 509         - function to score contig spectrum [fangly]
 510     * Bio::DB::EUtilities
 511         - small updates [cjfields]
 512     * Bio::DB::Fasta
 513         - berkeleydb database now autoindexes wig files and locks correctly
 514           [lstein]
 515     * Bio::DB::HIV
 516         - various small updates for stability; tracking changes to LANL
 517           database interface [maj]
 518     * Bio::DB::SeqFeature (lots of updates and changes)
 519         - add Pg, SQLite, and faster BerkeleyDB implementations [lstein, scain]
 520         - bug 2835 - patch [Dan Bolser]
 521         - bug RT 44535 - patch FeatureFileLoader [Cathy Gresham]
 522     * Bio::DB::SwissProt
 523         - bug 2764 - idtracker() method [cjfields, courtesy Neil Saunders]
 524     * Bio::Factory::FTLocationFactory
 525         - mailing list bug fix [cjfields]
 526     * Bio::LocatableSeq
 527         - performance work on column_from_residue_number [hartzell]
 528     * Bio::Matrix::IO::phylip
 529         - bug 2800 - patch to fix phylip parsing [Wei Zou]
 530     * Bio::Nexml
 531         - Google Summer of Code project from Chase Miller - parsers for Nexml
 532           file format [maj, chmille4]
 533     * Bio::PopGen
 534         - Make Individual, Population, Marker objects AnnotatableI [maj]
 535         - simplify LD code [jason]
 536     * Bio::RangeI
 537         - deal with empty intersection [jason]
 538     * Bio::Restriction
 539         - significant overhaul of Bio::Restriction system: complete support for
 540           external and non-palindromic cutters. [maj]
 541     * Bio::Root::Build
 542         - CPANPLUS support, no automatic installation [sendu]
 543     * Bio::Root::IO
 544         - allow IO::String (regression fix) [cjfields]
 545         - catch unintentional undef values [cjfields]
 546         - throw if non-fh is passed to -fh [maj]
 547     * Bio::Root::Root/RootI
 548         - small debugging and core fixes [cjfields]
 549     * Bio::Root::Test
 550         - bug RT 48813 - fix for Strawberry Perl bug [kmx]
 551     * Bio::Root::Utilities
 552         - bug 2737 - better warnings [cjfields]
 553     * Bio::Search
 554         - tiling completely refactored, HOWTO added [maj]
 555           NOTE : Bio::Search::Hit::* classes do not use this code directly; we
 556           will deprecate usage of the older tiling code in the next BioPerl
 557           release
 558         - small fixes [cjfields]
 559     * Bio::SearchIO
 560         - Infernal 1.0 output now parsed [cjfields]
 561         - new parser for gmap -f9 output [hartzell]
 562         - bug 2852 - fix infinite loop in some output [cjfields]
 563         - blastxml output now passes all TODO tests [cjfields]
 564         - bug 2346, 2850 - psl and exonerate parsing fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 565         - RT 44782 - GbrowseGFF writer now catches evalues [Allen Day]
 566         - bug 2575 - add two columns of additional output to HSPTableWriter [cjfields]
 567     * Bio::Seq::LargePrimarySeq
 568         - delete tempdirs [cjfields]
 569         - bug fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 570     * Bio::Seq::Quality
 571         - extract regions based on quality threshold value [Dan Bolser, heikki]
 572         - bug 2847 - resolve threshold issue (rbuels, jhannah, bvecchi)
 573     * Bio::SeqFeature::Lite
 574         - various Bio::DB::SeqFeature-related fixes [lstein]
 575     * Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper
 576         - additional terms for GenBank to SO map [scain]
 577     * Bio::SeqIO::chadoxml
 578         - bug 2785 - patch to get this working for bp_seqconvert [cjfields]
 579     * Bio::SeqIO::embl
 580         - support for CDS records [dave_messina, Sylvia]
 581     * Bio::SeqIO::fastq
 582         - complete refactoring to handle all FASTQ variants, perform validation,
 583           write output. API now conforms with other Bio* parsers and the rest of
 584           Bio::SeqIO (e.g. write_seq() creates fastq output, not fasta output).
 585           [cjfields]
 586     * Bio::SeqIO::genbank
 587         - bug 2784 - fix DBSOURCE issue [Phillip Garland]
 588         - bug RT 44536 - support for UniProt/UniProtKB tests [cjfields]
 589     * Bio::SeqIO::largefasta
 590         - parser returns a Bio::Seq::LargePrimarySeq [jhannah]
 591     * Bio::SeqIO::raw
 592         - add option for 'single' and 'multiple'
 593     * Bio::SeqIO::scf
 594         - bug 2881 - fix scf round-tripping [Adam Søgren]
 595     * Bio::SeqUtils
 596         - bug 2766, 2810 - copy over tags from features, doc fixes [David
 597           Jackson]
 598     * Bio::SimpleAlign
 599         - bug 2793 - patch for add_seq index issue [jhannah, maj]
 600         - bug 2801 - throw if args are required [cjfields]
 601         - bug 2805 - uniq_seq returns SimpleAlign and hash ref of sequence types
 602           [Tristan Lefebure, maj]
 603         - bug fixes from YAPC hackathon [rbuels, jhannah, bvecchi]
 604         - fix POD and add get_SeqFeatures filter [maj]
 605     * Bio::Tools::dpAlign
 606         - add support for LocatableSeq [ymc]
 607         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 608     * Bio::Tools::EUtilities
 609         - fix for two bugs from mail list [Adam Whitney, cjfields]
 610         - add generic ItemContainerI interface for containing same methods
 611           [cjfields]
 612     * Bio::Tools::HMM
 613         - fix up code, add more warnings [cjfields]
 614         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 615     * Bio::Tools::Primer3
 616         - bug 2862 - fenceposting issue fixed [maj]
 617     * Bio::Tools::Run::RemoteBlast
 618         - tests for remote RPS-BLAST [mcook]
 619     * Bio::Tools::SeqPattern
 620         - bug 2844 - backtranslate method [rbuels, jhannah, bvecchi]
 621     * Bio::Tools::tRNAscanSE
 622         - use 'gene' and 'exon' for proper SO, ensure ID is unique [jason]
 623     * Bio::Tree::*
 624         - bug 2456 - fix reroot_tree(), added create_node_on_branch() [maj]
 625     * Bio::Tree::Statistics
 626         - several methods for calculating Fitch-based score, internal trait
 627           values, statratio(), sum of leaf distances [heikki]
 628     * Bio::Tree::Tree
 629         - bug 2869 - add docs indicating edge case where nodes can be
 630           prematurely garbage-collected [cjfields]
 631         - add as_text() function to create Tree as a string in specified format
 632           [maj]
 633     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
 634         - bug 2877 - fix bug where bootstrap assigned to the wrong node [Tristan
 635           Lefebure, maj]
 636     * Bio::TreeIO::newick
 637         - fix small semicolon issue [cjfields]
 638     * scripts
 639         - update to bp_seqfeature_load for SQLite [lstein]
 640         - hivq.pl - commmand-line interface to Bio::DB::HIV [maj]
 641         - fastam9_to_table - fix for MPI output [jason]
 642         - gccalc - total stats [jason]
 643     * General Stuff
 644         - POD cleanup re: FEEDBACK section [maj, cjfields]
 645         - cleanup or fix dead links [cjfields]
 646         - Use of no_* methods (indicating 'number of something') is deprecated
 647           in favor of num_* [cjfields]
 648         - lots of new tests for the above bugs and refactors [everyone!]
 649         - new template for Komodo text editor [cjfields]
 650
 651 1.6.0 Winter 2009
 652     * Feature/Annotation rollback
 653         - Problematic changes introduced prior to the 1.5 release have been
 654           rolled back. These changes led to subtle bugs involving operator
 655           overloading and interface methods.
 656         - Behavior is very similar to that for BioPerl 1.4, with tag values
 657           being stored generically as simple scalars. Results in a modest
 658           speedup.
 659     * Bio::Graphics
 660         - Split into a separate distribution on CPAN, primarily so development
 661           isn't reliant on a complete BioPerl release.
 662         - Bio::Graphics::Pictogram has been renamed to Bio::Draw::Pictogram but
 663           is only available via Subversion (via bioperl-live main trunk)
 664     * Bio::Root::Test
 665         - Common test bed for all BioPerl modules
 666     * Bio::Root::Build
 667         - Common Module::Build-based subclass for all BioPerl modules
 668     * Bio::DB::EUtilities
 669         - Complete refactoring to split up parsing (Bio::Tools::EUtilities),
 670           parameter handling (Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters),
 671           and user agent request posting and retrieval
 672     * Test implementation and reorganization
 673         - Tests have been reorganized into groups based on classes or use
 674           cases.
 675         - Automated test coverage is now online:
 676           http://www.bioperl.org/wiki/Test_Coverage
 677         - After this release, untested modules will be moved into a
 678           separate developer distribution until tests can be derived.
 679           Also, new modules to be added are expected to have a test suite
 680           and adequate test coverage.
 681
 682 1.5.2 Developer release
 683
 684     Full details of changes since 1.5.1 are available online at:
 685     http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
 686     The following represents a brief overview of the most important changes.
 687
 688     o Bio::Map
 689       - Overhaul. Brand new system fully allows markers to have multiple
 690         positions on multiple maps, and to have relative positions. Should be
 691         backward compatible.
 692
 693     o Bio::Taxonomy
 694       - This module and all the modules in the Taxonomy directory now
 695         deprecated in favour of Bio::Taxon and Bio::Tree::Tree
 696
 697     o Bio::DB::Taxonomy
 698
 699       - Taxonomy.pm
 700         * get_Taxonomy_Node() eventually to be deprecated, renamed get_taxon().
 701
 702         * New methods ancestor(), each_Descendent() and _handle_internal_id().
 703
 704         * Allows for different database modules to create Bio::Taxon objects
 705           with the same internal id when the same taxon is requested from each.
 706
 707       - flatfile.pm
 708         * get_Children_Taxids() is deprecated, superceded by each_Descendent().
 709
 710         * No longer includes the fake root node 'root'; there are multiple roots
 711           now (10239, 12884, 12908, 29384 and 131567). Consistent with entrez.pm
 712
 713       - entrez.pm
 714         * get_node() has new option -full
 715
 716         * Caches data retrieved from website
 717
 718     o Bio::Species
 719       - Now a Bio::Taxon. Carries out the species name -> specific name munging
 720         that Bio::DB::Taxonomy modules and SeqIO modules used to do, for
 721         backward compatability in species() method.
 722
 723     o Bio::Search and Bio::SearchIO
 724       - Overhaul. The existing system has been sped up via some minor changes
 725         (mostly gain-of-function to the API). Bio::PullParserI is introduced
 726         as a potential eventual replacment for the existing system, though as
 727         yet only a Hmmpfam parser exists written using it.
 728
 729
 730 1.5.1 Developer release
 731
 732     o Major problem with how Annotations were written out with
 733       Bio::Seq is fixed by reverting to old behavior for
 734       Bio::Annotation objects.
 735
 736     o Bio::SeqIO
 737
 738      - genbank.pm
 739        * bug #1871; REFLOOP' parsing loop, I changed the pattern to
 740          expect at l east 9 spaces at the beginning of a line to
 741          indicate line wrapping.
 742
 743        * Treat multi-line SOURCE sections correctly, this defect broke
 744          both common_name() and classification()
 745
 746        * parse swissprot fields in genpept file
 747
 748        * parse WGS genbank records
 749
 750      - embl.pm
 751         * Changed regexp for ID line. The capturing parentheses are
 752           the same, the difference is an optional repeated-not-semi-
 753           colon expression following the captured \S+. This means the
 754           regexp works when the division looks like /PRO;/ or when the
 755           division looks like /ANG ;/ - the latter is from EMBL
 756           repbase
 757
 758         * fix ID line parsing: the molecule string can have spaces in
 759           it. Like: "genomic DNA"
 760
 761      - swiss.pm: bugs  #1727, #1734
 762
 763      - entrezgene.pm
 764         * Added parser for entrezgene ASN1 (text format) files.
 765           Uses Bio::ASN1::EntrezGene as a low level parser (get it from CPAN)
 766
 767     o Bio::AlignIO
 768
 769      -  maf.pm coordinate problem fixed
 770
 771     o Bio::Taxonomy and Bio::DB::Taxonomy
 772
 773      - Parse NCBI XML now so that nearly all the taxonomy up-and-down
 774        can be done via Web without downloading all the sequence.
 775
 776     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast supports more options and complies
 777       to changes to the NCBI interface. It is reccomended that you
 778       retrieve the data in XML instead of plain-text BLAST report to
 779       insure proper parsing and retrieval of all information as NCBI
 780       fully expects to change things in the future.
 781
 782     o Bio::Tree and Bio::TreeIO
 783
 784       - Fixes so that re-rooting a tree works properly
 785
 786       - Writing out nhx format from a newick/nexus file will properly output
 787         bootstrap information.  The use must move the internal node labels over
 788         to bootstraps.
 789          for my $node ( grep { ! $_->is_Leaf } $tree->get_nodes ) {
 790             $node->bootstrap($node->id);
 791             $node->id('');
 792          }
 793       - Nexus parsing is much more flexible now, does not care about
 794         LF.
 795
 796       - Cladogram drawing module in Bio::Tree::Draw
 797
 798       - Node height and depth now properly calculated
 799
 800       - fix tree pruning algorithm so that node with 1 child gets merged
 801
 802     o Graphics tweaks.  Glyph::xyplot improved.  Many other small-medium sized
 803       bugs and improvements were added, see Gbrowse mailing list for most of
 804       these.
 805
 806     o Bio::DB::GFF partially supports GFF3.  See information about
 807       gff3_munge flag in scripts/Bio-DB-GFF/bulk_load_gff.pl.
 808
 809     o Better location parsing in Bio::Factory::FTLocationFactory -
 810       this is part of the engine for parsing EMBL/GenBank feature table
 811       locations.  Nested join/order-by/complement are allowed now
 812
 813     o Bio::PrimarySeqI->translate now takes named parameters
 814
 815     o Bio::Tools::Phylo::PAML - parsing RST (ancestral sequence
 816       reconstruction) is now supported.  Parsing different models and
 817       branch specific parametes are now supported.
 818
 819     o Bio::Factory::FTLocationFactory - parse hierarchical locations
 820       (joins of joins)
 821
 822     o Bio::Matrix::DistanceMatrix returns arrayrefs instead of arrays
 823       for getter/setter functions
 824
 825     o Bio::SearchIO
 826
 827       - blast bug #1739; match scientific notation in score
 828         and possible e+ values
 829
 830       - blast.pm reads more WU-BLAST parameters and parameters, match
 831         a full database pathname,
 832
 833       - Handle NCBI WEB and newer BLAST formats specifically
 834         (Query|Sbjct:) match in alignment blocks can now be (Query|Sbjct).
 835
 836       - psl off-by-one error fixed
 837
 838       - exonerate parsing much improved, CIGAR and VULGAR can be parsed
 839         and HSPs can be constructed from them.
 840
 841       - HSPs query/hit now have a seqdesc field filled out (this was
 842         always available via $hit->description and
 843         $result->query_description
 844
 845       - hmmer.pm can parse -A0 hmmpfam files
 846
 847       - Writer::GbrowseGFF more customizeable.
 848
 849     o Bio::Tools::Hmmpfam
 850       make e-value default score displayed in gff, rather than raw score
 851       allow parse of multiple records
 852
 853
 854 1.5 Developer release
 855
 856     o Bio::Align::DNAStatistics and Bio::Align::ProteinStatistics
 857       provide Jukes-Cantor and Kimura pairwise distance methods,
 858       respectively.
 859
 860     o Bio::AlignIO support for "po" format of POA, and "maf";
 861       Bio::AlignIO::largemultifasta is a new alternative to
 862       Bio::AlignIO::fasta for temporary file-based manipulation of
 863       particularly large multiple sequence alignments.
 864
 865     o Bio::Assembly::Singlet allows orphan, unassembled sequences to
 866       be treated similarly as an assembled contig.
 867
 868     o Bio::CodonUsage provides new rare_codon() and probable_codons()
 869       methods for identifying particular codons that encode a given
 870       amino acid.
 871
 872     o Bio::Coordinate::Utils provides new from_align() method to build
 873       a Bio::Coordinate pair directly from a
 874       Bio::Align::AlignI-conforming object.
 875
 876     o Bio::DB::Biblio::eutils is a class for querying NCBI's Eutils.
 877       Send a Pubmed, Pubmed Central, Entrez, or other query to NCBI's
 878       web service using standard Pubmed query syntax, and retrieve
 879       results as XML.
 880
 881     o Bio::DB::GFF has various sundry bug fixes.
 882
 883     o Bio::FeatureIO is a new SeqIO-style subsystem for
 884       writing/reading genomic features to/from files.  I/O classes
 885       exist for BED, GTF (aka GFF v2.5), and GFF v3.  Bio::FeatureIO
 886       classes only read/write Bio::SeqFeature::Annotated objects.
 887       Notably, the GFF v3 class requires features to be typed into the
 888       Sequence Ontology.
 889
 890     o Bio::Graph namespace contains new modules for manipulation and
 891       analysis of protein interaction graphs.
 892
 893     o Bio::Graphics has many bug fixes and shiny new glyphs.
 894
 895     o Bio::Index::Hmmer and Bio::Index::Qual provide multiple-file
 896       indexing for HMMER reports and FASTA qual files, respectively.
 897
 898     o Bio::Map::Clone, Bio::Map::Contig, and Bio::Map::FPCMarker are
 899       new objects that can be placed within a Bio::Map::MapI-compliant
 900       genetic/physical map; Bio::Map::Physical provides a new physical
 901       map type; Bio::MapIO::fpc provides finger-printed clone mapping
 902       import.
 903
 904     o Bio::Matrix::PSM provide new support for postion-specific
 905       (scoring) matrices (e.g. profiles, or "possums").
 906
 907     o Bio::Ontology::Ontology and Bio::Ontology::Term objects can now
 908       be instantiated without explicitly using Bio::OntologyIO.  This
 909       is possible through changes to Bio::Ontology::OntologyStore to
 910       download ontology files from the web as necessary.  Locations of
 911       ontology files are hard-coded into
 912       Bio::Ontology::DocumentRegistry.
 913
 914     o Bio::PopGen includes many new methods and data types for
 915       population genetics analyses.
 916
 917     o New constructor to Bio::Range, unions().  Given a list of
 918       ranges, returns another list of "flattened" ranges --
 919       overlapping ranges are merged into a single range with the
 920       mininum and maximum coordinates of the entire overlapping group.
 921
 922     o Bio::Root::IO now supports -url, in addition to -file and -fh.
 923       The new -url argument allows one to specify the network address
 924       of a file for input.  -url currently only works for GET
 925       requests, and thus is read-only.
 926
 927     o Bio::SearchIO::hmmer now returns individual Hit objects for each
 928       domain alignment (thus containing only one HSP); previously
 929       separate alignments would be merged into one hit if the domain
 930       involved in the alignments was the same, but this only worked
 931       when the repeated domain occured without interruption by any
 932       other domain, leading to a confusing mixture of Hit and HSP
 933       objects.
 934
 935     o Bio::Search::Result::ResultI-compliant report objects now
 936       implement the "get_statistics" method to access
 937       Bio::Search::StatisticsI objects that encapsulate any
 938       statistical parameters associated with the search (e.g. Karlin's
 939       lambda for BLAST/FASTA).
 940
 941     o Bio::Seq::LargeLocatableSeq combines the functionality already
 942       found in Bio::Seq::LargeSeq and Bio::LocatableSeq.
 943
 944     o Bio::SeqFeature::Annotated is a replacement for
 945       Bio::SeqFeature::Generic.  It breaks compliance with the
 946       Bio::SeqFeatureI interface because the author was sick of
 947       dealing with untyped annotation tags.  All
 948       Bio::SeqFeature::Annotated annotations are Bio::AnnotationI
 949       compliant, and accessible through Bio::Annotation::Collection.
 950
 951     o Bio::SeqFeature::Primer implements a Tm() method for primer
 952       melting point predictions.
 953
 954     o Bio::SeqIO now supports AGAVE, BSML (via SAX), CHAOS-XML,
 955       InterProScan-XML, TIGR-XML, and NCBI TinySeq formats.
 956
 957     o Bio::Taxonomy::Node now implements the methods necessary for
 958       Bio::Species interoperability.
 959
 960     o Bio::Tools::CodonTable has new reverse_translate_all() and
 961       make_iupac_string() methods.
 962
 963     o Bio::Tools::dpAlign now provides sequence profile alignments.
 964
 965     o Bio::Tools::GFF now parses GFF version 2.5 (a.k.a. GTF).
 966
 967     o Bio::Tools::Fgenesh, Bio::Tools::tRNAscanSE are new report
 968       parsers.
 969
 970     o Bio::Tools::SiRNA includes two new rulesets (Saigo and Tuschl)
 971       for designing small inhibitory RNA.
 972
 973     o Bio::Tree::DistanceFactory provides NJ and UPGMA tree-building
 974       methods based on a distance matrix.
 975
 976     o Bio::Tree::Statistics provides an assess_bootstrap() method to
 977       calculate bootstrap support values on a guide tree topology,
 978       based on provided bootstrap tree topologies.
 979
 980     o Bio::TreeIO now supports the Pagel (PAG) tree format.
 981
 982 1.4 branch
 983
 984 1.4.1
 985
 986   o Improvements to Bio::AlignIO::nexus for parsing TreeBase nexus files
 987
 988   o Bio::Graphics will work with gd1 or gd2
 989
 990   o Bio::SearchIO
 991    - hmmer.pm Better hmmpfam parsing, fix bug for small number of alignment outputs
 992      (RF lines alone)
 993    - blast.pm Parse multi-line query fields properly
 994    - small speed improvements to blasttable.pm and others
 995
 996   o Bio::DB::Taxonomy has better support for hierarchy traversal so that
 997     Bio::Taxonomy::Node can be as simple as Bio::Species object while still
 998     supporting more complex queries
 999
1000
1001 1.4. Stable major release
1002
1003 Since initial 1.2.0, 3000 separate changes have been made to make this release.
1004
1005    o installable scripts
1006
1007    o global module version from Bio::Root:Version
1008
1009    o Bio::Graphics
1010       - major improvements; SVG support
1011
1012    o Bio::Popgen
1013      - population genetics
1014      - support several population genetics types of questions.
1015      - Tests for statistical neutrality of mutations
1016        (Fu and Li's D/F, Tajima's D) are in Bio::PopGen::Statistics.
1017        Tests of population structure (Wright's F-statistic: Fst) is in
1018        Bio::PopGen::PopStats. Calculating composite linkage
1019        disequilibrium (LD) is available in Bio::PopGen::Statistics as
1020        well.
1021      - Bio::PopGen::IO for reading in prettybase (SeattleSNPs)
1022        and csv (comma delimited formatted) data.
1023
1024      - a directory for implementing population simulations has
1025        been added Bio::PopGen::Simulation and 2 simulations - a
1026        Coalescent and a simple single-locus multi-allele genetic drift
1027        simulation have been provided.  This replaces the code in
1028        Bio::Tree::RandomTree which has been deprecated until proper
1029        methods for generating random phylogenetic trees are
1030        implemented.
1031
1032    o Bio::Restriction
1033       - new restrion analysis modules
1034
1035    o Bio::Tools::Analysis
1036       - web based DNA and Protein analysis framework and several
1037         implementations
1038
1039    o Bio::Seq::Meta
1040      - per residue annotable sequences
1041
1042    o Bio::Matrix
1043       - Bio::Matrix::PSM - Position Scoring Matrix
1044       - Bio::Matrix::IO has been added for generalized parsing of
1045         matrix data.  Matrix::IO::scoring and Matrix::IO::phylip are
1046         initial implementations for parsing BLOSUM/PAM and Phylip
1047         Distance matricies respectively.  A generic matrix
1048         implementation for general use was added in
1049         Bio::Matrix::Generic.
1050
1051    o Bio::Ontology
1052      - major changes
1053
1054    o Bio:Tree
1055
1056    o Bio::Tools::SiRNA, Bio::SeqFeature::SiRNA
1057      - small inhibitory RNA
1058
1059    o Bio::SeqFeature::Tools
1060      - seqFeature mapping tools
1061      - Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener.pm
1062        -- deal with mapping GenBank feature collections into
1063           Chado/GFF3 processable feature sets (with SO term mappings)
1064
1065    o Bio::Tools::dpAlign
1066      - pure perl dynamic programming sequence alignment
1067      - needs Bioperl-ext
1068
1069    o new Bio::SearchIO formats
1070      - axt and psl:  UCSC formats.
1071      - blasttable: NCBI -m 8 or -m 9 format from blastall
1072
1073    o new Bio::SeqIO formats
1074      - chado, tab, kegg, tigr, game
1075      - important fixes for old modules
1076
1077    o Bio::AlignIO: maf
1078
1079    o improved Bio::Tools::Genewise
1080
1081    o Bio::SeqIO now can recongnize sequence formats automatically from
1082      stream
1083
1084    o new parsers in Bio::Tools:
1085       Blat, Geneid, Lagan, Mdust, Promoterwise, PrositeScan,
1086
1087    o Bio::DB::Registry bugs fixed
1088      - BerkeleyDB-indexed flat files can be used by the OBDA system
1089      - Multiple seqdatabase.ini locations in OBDA_SEARCH_PATH are all
1090        used by the OBDA system
1091
1092    o several new HOWTOs
1093      - SimpleWebAnalysis, Trees, Feature Annotation, OBDA Access, Flat
1094        Databases
1095
1096    o hundreds of new and improved files
1097
1098
1099    o
1100    o Bio::Tree::AlleleNode has been updated to be a container of
1101      an Bio::PopGen::Individual object for use in the Coalescent simulations.
1102
1103
1104 1.2 Branch
1105
1106 1.2.3 Stable release update
1107     o Bug #1475 - Fix and add speedup to spliced_seq for remote location
1108                   handling.
1109     o Bug #1477 - Sel --> Sec abbreviation fixed
1110     o Fix bug #1487 where paring in-between locations when
1111       end < start caused the FTLocationFactory logic to fail.
1112     o Fix bug #1489 which was not dealing with keywords as an
1113       arrayref properly (this is fixed on the main trunk because
1114       keywords returns a string and the array is accessible via
1115       get_keywords).
1116     o Bio::Tree::Tree memory leak (bug #1480) fixed
1117       Added a new initialization option -nodelete which
1118       won't try and cleanup the containing nodes if this
1119       is true.
1120      o Bug with parsing labeled nodes with Bio::TreeIO::newick fixed
1121        this was only present on the branch for the 1.2.1 and 1.2.2 series
1122        - Also merged main trunk changes to the branch which make
1123          newick -> nhx round tripping more effective (storing branch length
1124          and bootstrap values in same locate for NodeNHX and Node
1125          implementations.)  Fixes to TreeIO parsing for labeled internal
1126          also required small changes to TreeIO::nhx.  Improved
1127          tests for this module as well.
1128     o Bio::SearchIO
1129       - Fixed bugs in BLAST parsing which couldn't parse NCBI
1130         gapped blast properly (was losing hit significance values due to
1131         the extra unexpeted column).
1132       - Parsing of blastcl3 (netblast from NCBI) now can handle case of
1133         integer overflow (# of letters in nt seq dbs is > MAX_INT)
1134         although doesn't try to correct it - will get the negative
1135         number for you.  Added a test for this as well.
1136       - Fixed HMMER parsing bug which prevented parsing when a hmmpfam report
1137         has no top-level family classification scores but does have scores and
1138         alignments for individual domains.
1139       - Parsing FASTA reports where ungapped percent ID is < 10 and the
1140         regular expression to match the line was missing the possibility of
1141         an extra space.  This is rare, which is why we probably did not
1142         catch it before.
1143       - BLAST parsing picks up more of the statistics/parameter fields
1144         at the bottom of reports.  Still not fully complete.
1145       - SearchIO::Writer::HTMLResultWriter and TextResultWriter
1146         were fixed to include many improvements and added flexiblity
1147         in outputting the files.  Bug #1495 was also fixed in the process.
1148      o Bio::DB::GFF
1149       - Update for GFF3 compatibility.
1150       - Added scripts for importing from UCSC and GenBank.
1151       - Added a 1.2003 version number.
1152      o Bio::Graphics
1153       - Updated tutorial.
1154       - Added a 1.2003 version number.
1155      o SeqIO::swiss Bug #1504 fixed with swiss writing which was not
1156        properly writing keywords out.
1157      o Bio::SeqIO::genbank
1158       - Fixed bug/enhancement #1513 where dates of
1159         the form D-MMM-YYYY were not parsed.  Even though this is
1160         invalid format we can handle it - and also cleanup the date
1161         string so it is properly formatted.
1162       - Bug/enhancement #1517 fixed so that SEGMENT line can be parsed
1163         and written with Genbank format.  Similarly bug #1515 is fixed to
1164         parse in the ORIGIN text.
1165      o Bio::SeqIO::fasta, a new method called preferred_id_type allows you
1166        to specify the ID type, one of (accession accession.version
1167        display primary).  See Bio::SeqIO::preferred_id_type method
1168        documentation for more information.
1169      o Unigene parsing updated to handle file format changes by NCBI
1170
1171 1.2.2 Stable release update
1172
1173     o A series of bug fixes of the Bio::OntologyIO dagflat-related parsers:
1174       - auto-discover ontology name
1175       - bug in parsing relationships when certain characters are in the term
1176       - fixed hard-coded prefix for term identifiers
1177       - various smaller issues
1178
1179     o Fixed bug in Bio::Annotation::OntologyTerm of not implementing all
1180       of Bio::Ontology::TermI
1181
1182     o brought the OBDA Registry code up to latest specs
1183
1184     o Bio::DB::GenBank
1185       - eutils URL change
1186       - accession number retrieval fixed
1187
1188     o Bio::SearchIO::blast - fix bug #1443 (missing last hits), parse megablast
1189
1190     o Bio::SearchIO::Writer::(HTML|Text)ResultWriter fix bugs #1458,
1191       #1459 which now properly report alignment start/end info
1192       for translated BLAST/FASTA searches.
1193
1194     o Bio::TreeIO::newick can parse labeled internal nodes
1195
1196     o Bio::Tools::BPbl2seq can properly report strand info for HSPs
1197       for BLASTX if if you provide -report_type => 'BLASTX' when
1198       initializing a BPbl2seq object.  Bioperl 1.3 will have better
1199       support for bl2seq in the SearchIO system.
1200
1201     o Bio::Root::IO support a -noclose boolean flag which will not
1202       close a filehandle upon object cleanup - useful when sharing
1203       a filehandle among objects.  Additionally code added s.t.
1204       STDOUT/STDIN/STDERR will never be closed by Root::IO cleanup.
1205
1206     o Bio::Tools::Genemark bug #1435 fixed which was missing last prediction
1207
1208     o Bio::SeqIO::genbank
1209       - bug #1456 fixed which generated extra sequence lines
1210       - write moltype correctly for genpept
1211
1212 1.2.1 Stable release update
1213
1214     o Inclusion of WrapperBase, a needed component for StandAloneBlast
1215
1216     o Addition from main trunk of Ontology objects, principly to allow
1217       BioSQL releases against 1.2.1
1218
1219     o Fixes and cleanup of Bio::Coordinate modules
1220
1221     o A fix to Bio::Index::EMBL allowing  retrieval of entries using
1222       the primary accession number
1223
1224     o Other bug fixes, including bpindex GenBank fix
1225
1226     o Bio::SeqIO::genbank bug #1389 fixed
1227
1228 1.2  Stable major release
1229
1230     o More functionality added to Bio::Perl, the newbie module
1231
1232     o Bug fixes in Bio::TreeIO::newick fixes bug introduced in 1.0.2
1233       Support for New Hampshire Extended (NHX) format parsing.
1234
1235     o Bio::Tools added support for parsing Genomewise, Pseudowise, Est2Genome,
1236       Tmhmm, SignalP, Seg, RepeatMasker, FootPrinter, and a lightweight
1237       Hmmpfam parser.
1238
1239     o New ontology parsing Bio::Ontology
1240
1241     o Bug fixes in Bio::SearchIO for HMMer parsing, support for
1242       multi-report (mlib) fasta reports, support for waba and exonerate.
1243
1244     o Bio::ClusterIO for parsing Unigene clusters
1245
1246     o Bio::Assembly added for representing phrap and ace assembly clusters.
1247
1248     o Rudimentary support for writing Chado XML (see
1249       GMOD project: www.gmod.org for more information)
1250
1251     o Bio::Coordinate for mapping between different coordinate systems such
1252       as protein -> cDNA -> Exon -> DNA and back.  Useful for mapping
1253       features into different coordinate systems.
1254
1255     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept now support Entrez queries
1256       with the get_Stream_by_query method and supports the latest
1257       NCBI eutils interface.
1258
1259     o Bugs fixed in Bio::SeqFeature::Collection an in-memory fast
1260       object for extracting subsets of features : currently only
1261       supports extraction by location.
1262
1263 1.1.1 Developer release
1264
1265     o Deprecated modules are now listed in the DEPRECATED file
1266
1267     o New HowTo documents located in doc/howto describing
1268       a domain of Bioperl.
1269
1270     o Note that bugs are now stored at redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
1271       and all old bugs are searchable through the bugzilla interface.
1272
1273     o Several reported bugs in Bio::Tools::Sigcleave and Bio::SimpleAlign
1274       have been addressed.
1275
1276     o Support for Genewise parsing in Bio::Tools::Genewise
1277
1278     o Start of Ontology framework with Bio::Ontology
1279
1280     o Speedup to the Bio::Root::Root object method _rearrange.
1281       A global _load_module method was implemented to simplify the
1282       dynamic loading of modules ala Bio::SeqIO::genbank.  This
1283       method is now used by all the XXIO (AlignIO,TreeIO,SearchIO,SeqIO,
1284       etc).
1285
1286     o Several performance improvements to sequence parsing in Bio::SeqIO.
1287       Attempt to speedup by reducing object creation overhead.
1288
1289     o Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept use the NCBI's approved
1290       method for sequence retrieval with their E-utils CGI scripts.
1291       More work to support Entrez queries to their fullest is planned
1292       before 1.2 release.
1293
1294     o Numerous fixes to Bio::SearchIO and sequence parsing (swissprot)
1295
1296 1.1 Developer release
1297
1298     o Bio::Tools::Run has been broken off into a new pkg bioperl-run,
1299       this separation removes some of the complexity in our test suite
1300       and separates the core modules in bioperl from those that need
1301       external programs to run.
1302
1303     o With latest ExtUtils::MakeMaker module installed SGI/IRIX should
1304       not run into trouble running the makefile
1305
1306     o Bio::Location and Bio::SeqIO::FTHelper are fixed to properly
1307       read,create,and write locations for grouped/split locations
1308       (like mRNA features on genomic sequence).
1309
1310     o Bio::Tools::Phlyo added for wrappers for parsing Molphy (protml)
1311       and PAML (codeml,aaml, etc) parsing.
1312
1313     o Bio::Tree:: objects expanded to handle testing monophyly,
1314       paraphyly, least common ancestor, etc.
1315
1316     o Bio::Coordinate for mapping locations from different coordinate spaces
1317
1318     o Bio::SearchIO::waba added for parsing WABA, Bio::SearchIO::hmmer
1319       added for parsing hmmpfam and hmmsearch output.
1320
1321     o Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter for outputting
1322       a pseudo-blast textfile format
1323
1324
1325 1.0.2 Bug fix release
1326
1327     o Note: The modules Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept provided
1328       in this release will not work after December 2002 when NCBI
1329       shuts off the old Entrez cgi scripts.  We have already fixed
1330       on our main development branch and the functionality will be
1331       available in the next stable bioperl release (1.2) slated for
1332       Fall 2002.
1333
1334     o Numerous parsing bugs in Bio::SearchIO::fasta found through
1335       testset by Robin Emig.  These were fixed as was the get_aln
1336       method in Bio::Search::HSP::GenericHSP to handle the extra
1337       context sequence that is provided with a FastA alignment.
1338
1339     o Migrating differences between Bio::Search::XX::BlastXX to
1340       Bio::Search::XX::GenericXX objects.  This included mechanism
1341       to retrieve whole list of HSPs from Hits and whole list of Hits from
1342       Results in addition to the current next_XX iterator methods that
1343       are available.  Added seq_inds() method to GenericHSP which identifies
1344       indexes in the query or hit sequences where conserved,identical,gaps,
1345       or mismatch residues are located (adapted from Steve Chervitz's
1346       implementation in BlastHSP).
1347
1348     o Bio::DB::GFF bugs fixed and are necessary for latest GBrowse release.
1349       Bio::DB::GFF::RelSegment is now Bio::SeqI compliant.
1350
1351     o Bio::Graphics glyph set improved and extended for GBrowse release
1352
1353     o Bio::Tree::Tree get_nodes implementation improvement thanks
1354       to Howard Ross notice performance problem when writing out
1355       unbalanced trees.
1356
1357     o Bio::Location::Fuzzy::new named parameter -loc_type became
1358       -location_type, Bio::Location::Simple::new named parameter
1359       -seqid becamse -seq_id.
1360
1361     o Fixed major Bio::AlignIO::emboss parsing bug on needle output,
1362       was mis-detecting that gaps should be placed at the beginning of
1363       the alignment when the best alignment starts internally in the
1364       sequence.
1365
1366 1.0.1 Bug fix release
1367
1368     o Minor bug fixes to Bio::DB:GFF.  Glyph sets improved.
1369
1370     o Parser fixes in SearchIO blast, fasta for more complete WU BLAST
1371       and mixed (3.3 - 3.4) versions of FASTA.
1372
1373     o Small API change to add methods for completeness across
1374       implementations of Bio::Search objects.  These new methods
1375       in the interface are implemented by the GenericXX object as well
1376       as the BlastXX objects.
1377         * Bio::Search::Result::ResultI
1378          - hits() method returns list of all Hits (next_hit is an
1379            iterator method)
1380
1381         * Bio::Search::Hit::HitI
1382          - hsps() method returns list of all HSPs (next_hsp is an
1383            iterator method)
1384
1385     o The Bio::SearchIO::Writer classes have been fixed to handle results
1386        created from either psiblast (Search::BlastXX objects) or
1387        blast|fasta|blastxml objects (Search::GenericXX objects).  More work
1388        has to be done here to make it work properly and will nee major
1389        API changes.
1390
1391     o Bugs in Bio::Tools::HMMER fixed, including
1392        * #1178 - Root::IO destructor wasn't being called
1393        * #1034 - filter_on_cutoff now behaves properly
1394
1395     o Bio::SeqFeature::Computation initialization args fixed and
1396       tests added.
1397
1398     o Tests are somewhat cleaner, flat.t now properly cleans up after itsself,
1399
1400     o Updated FAQ with more example based answers to typical questions
1401
1402     o Bug #1202 was fixed which would improperly join together qual values
1403       parsed by Bio::SeqIO::qual when a trailing space was not present before
1404       the newline.
1405
1406 1.0.0 Major Stable Release
1407
1408   This represents a major release of bioperl with significant
1409   improvements over the 0.7.x series of releases.
1410
1411     o Bio::Tools::Blast is officially deprecated.  Please see
1412       Bio::SearchIO for BLAST and FastA parsing.
1413
1414     o The methods trunc() and subseq() in Bio::PrimarySeqI now accepts
1415       Bio::LocationI objects as well as start/end.
1416
1417     o Bio::Biblio contains modules for Bibliographic data.
1418       Bio::DB::Biblio contains the query modules.  Additionally one can
1419       parse medlinexml from the ebi bibliographic query service (BQS)
1420       system and Pubmed xml from NCBI.  See Martin Senger's
1421       documentation in Bio::Biblio for more information.
1422
1423     o Bio::DB::Registry is a sequence database registry part of
1424       Open Bioinformatics Database Access.  See
1425       http://obda.open-bio.org for more information.
1426
1427     o File-based and In-Memory Sequence caching is provided by
1428       Bio::DB::InMemoryCache and Bio::DB::FileCache which acts like a
1429       local database.
1430
1431     o Bio::Graphics for rendering sequences as PNG,JPG, or GIFs has
1432       been added by Lincoln Stein.
1433
1434     o XEMBL SOAP service access in provided in Bio::DB::XEMBL.
1435
1436     o A FAQ has been started and is included in the release to provide
1437       a starting point for frequent questions and issues.
1438
1439 0.9.3 Developer's release
1440
1441     o Event based parsing system improved (SearchIO).  With parsers for
1442       XML Blast (blastxml), Text Blast (blast), and FASTA results (fasta).
1443       Additionally a lazy parsing system for text and html blast reports was
1444       added and is called psiblast (name subject to change in future releases).
1445
1446     o Bio::Search objects improved and standardized with associated Interfaces
1447       written.  The concept of a search "Hit" was standardized to be called
1448       "hit" consistently and the use of "subject" was deprecated in all active
1449       modules.
1450
1451     o Bio::Structure added (since 0.9.1) for Protein structure objects
1452       and PDB parser to retrieve and write these structures from data files.
1453
1454     o Several important Bio::DB::GFF bug fixes for handling features that
1455       are mapped to multiple reference points.  Updated mysql adaptor
1456       so as to be able to store large (>100 megabase) chunks of DNA into
1457       Bio::DB::GFF databases.
1458
1459 0.9.2 Developer's release
1460
1461     o Bio::Search and Bio::SearchIO system introduced for event based
1462       parsing of Blast,Fasta reports Bio::SearchIO supports ncbi BLAST
1463       in text and XML and FASTA reports in standard output format.
1464
1465     o Bio::Tree and Bio::TreeIO for phylogenetic trees.  A Random tree
1466       generator is included in Bio::TreeIO::RandomTrees and a
1467       statistics module for evaluating.
1468
1469     o Bio::DB::GFF, Lincoln Stein's GFF database suitable as a DB
1470       server for DAS servers.
1471
1472     o Bio::Tools::BPlite is provides more robust parsing of BLAST
1473       files.  The entire BPlite system migrated to using Bio::Root::IO
1474       for the data stream.
1475
1476     o Bio::Tools::Alignment for Consed and sequence Trimming
1477       functionality.
1478
1479     o Bio::Structure for Protein structure information and parsing
1480
1481     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept updated to new NCBI Entrez
1482       cgi-bin entry point which should be more reliable.
1483
1484     o Bio::Map and Bio::MapIO for biological map navigation and a
1485       framework afor parsing them in.  Only preliminary work here.
1486
1487     o Interface for executing EMBOSS programs locally in Bio::Factory::EMBOSS
1488       Future work will integrate Pise and allow submission of analysis on
1489       remote servers.
1490
1491     o Bio::AnnotationCollectionI and Bio::Annotation::Collection
1492       introduced as new objects for handling Sequence Annotation
1493       information (dblinks, references, etc) and is more robust that
1494       previous system.
1495
1496     o Bio::Tools::FASTAParser introduced.
1497
1498     o Scripts from the bioperl script submission project and new
1499       scripts from bioperl authors are included in "scripts" directory.
1500
1501     o Factory objects and interfaces are being introduced and are more
1502       strictly enforced.
1503
1504     o Bio::Root::Root introduced as the base object while
1505       Bio::Root::RootI is now simply an interface.
1506
1507     o Bio::DB::RefSeq provides database access to copy of the NCBI
1508       RefSeq database using the EBI dbfetch script.
1509
1510 0.9.0 Developer's release
1511
1512     o perl version at least 5.005 is now required instead of perl 5.004
1513
1514     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast is available for running remote
1515       blast jobs at NCBI.
1516
1517     o Bio::Tools::BPbl2seq was fixed to handle multiple HSPs.
1518
1519     o Bio::SeqFeature::GeneStructure migrated to Bio::SeqFeature::Gene.
1520       Also added are related modules UTR3, UTR5, Exon, Intron,
1521       Promotor, PolyA and Transcript.
1522
1523     o Speedup of translate method in PrimarySeq
1524
1525     o Bio::SimpleAlign has new methods: location_from_column(), slice(),
1526       select(), dot(), get_seq_by_pos(), column_from_residue_number()
1527
1528     o Various fixes to Variation toolkit
1529
1530     o Bio::DB::EMBL provides database access to EMBL sequence data.
1531       Bio::DB::Universal provides a central way to point to indexes
1532       and dbs in a single interface.
1533
1534     o Bio::DB::GFF - a database suitable for running DAS servers locally.
1535
1536     o Bio::Factory::EMBOSS is still in design phase as is
1537       Bio::Factory::ApplicationFactoryI
1538
1539     o Dia models for bioperl design are provided in the models/ directory
1540
1541 0.7.2 Bug fix release
1542
1543     o documentation fixes in many modules - SYNOPSIS code verified
1544       to be runnable in many (but not all modules)
1545
1546     o corrected MANIFEST file from 0.7.1 release
1547
1548     o Bug fix in Bio::SeqIO::FTHelper to properly handle
1549       split locations
1550
1551     o Bio::SeqIO::genbank
1552         * Correct parsing and writing of genbank format with protein data
1553         * moltype and molecule separation
1554
1555     o Bio::SeqIO::largefasta fix to avoid inifinite loops
1556
1557     o Bio::SimpleAlign fixed to correctly handle consensus
1558       sequence calculation
1559
1560     o Bio::Tools::HMMER supports hmmer 2.2g
1561
1562     o Bio::Tools::BPlite to support report type specific parsing.  Most
1563       major changes are not on the 0.7 branch.
1564
1565     o Bio::Tools::Run::StandAloneBlast exists_blast() fixed and works
1566       with File::Spec
1567
1568     o Bio::Variation::AAChange/RNAChange corrected labels and mutated alleles
1569         in several types of mutations:
1570         1.) AA level: deletion, complex
1571         2.) AA level: complex, inframe
1572         3.) RNA level: silent
1573
1574     o  BPbl2seq parsing of empty reports will not die, but will return
1575        a valid, empty, Bio::SeqFeature::SimilarityFeature for
1576        $report->query() and $report->subject() methods.  So an easy
1577        way to test if report was empty is to see if
1578        $report->query->seqname is undefined.
1579
1580 0.7.1 Bug fix release
1581
1582     o Better parsing of genbank/EMBL files especially fixing bugs
1583       related to Feature table parsing and locations on remote
1584       sequences.  Additionally, species name parsing was better.
1585
1586     o Bio::SeqIO::genbank can parse now NCBI produced genbank database
1587       which include a number of header lines.
1588
1589     o More strict genbank and EMBL format writing (corrected number of
1590       spaces where appropriate).
1591
1592     o Bio::Tools::BPlite can better parse BLASTX reports - see BUGS
1593       for related BPlite BUGS that are unresolved in this release.
1594
1595     o Bio::DB::GenBank, Bio::DB::GenPept have less problems
1596       downloading sequences from NCBI via HTTP.  Bio::DB::SwissProt can
1597       use expasy mirrors or EBI dbfetch cgi-script.
1598
1599     o A moderate number of documentation improvements were made as
1600       well to provide a better code synopsis in each module.
1601
1602
1603 0.7  Large number of changes, including refactoring of the
1604      Object system, new parsers, new functionality and
1605      all round better system. Highlights are:
1606
1607
1608      o Refactored root of inheritance: moved to a lightweight Bio::Root::RootI;
1609        Bio::Root::IO for I/O and file/handle capabilities.
1610
1611      o Imported BPlite modules from Ian Korf for BLAST
1612        parsing. This is considered the supported BLAST parser;
1613        Bio::Tools::Blast.pm will eventually phase out due to lack of support.
1614
1615      o Improved Sequence Feature model. Added complete location
1616        modelling (with fuzzy and compound locations).  See
1617        Bio::LocationI and the modules under Bio/Location.  Added
1618        support in Genbank/EMBL format parsing to completely parse
1619        feature tables for complex locations.
1620
1621      o Moved special support for databanks etc to specialized modules under
1622        Bio/Seq/. One of these supports very large sequences through
1623        a temporary file as a backend.
1624
1625      o Explicit Gene, Transcript and Exon SeqFeature objects, supporting
1626        CDS retrieval and exon shuffling.
1627
1628      o More parsers: Sim4, Genscan, MZEF, ESTScan, BPbl2seq, GFF
1629
1630      o Refactored Bio/DB/GenBank+GenPept. There is now also DB/SwissProt and
1631        DB/GDB (the latter has platform-specific limitations).
1632
1633      o New analysis parser framework for HT sequence annotation (see
1634        Bio::SeqAnalysisParserI and Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
1635
1636      o New Alignment IO framework
1637
1638      o New Index modules (Swissprot)
1639
1640      o New modules for running Blast within perl
1641        (Bio::Tools::Run::StandAloneBlast). Added modules for running
1642        Multiple Sequence Alignment tools ClustalW and TCoffee
1643        (Bio::Tools::Run::Alignment).
1644
1645      o New Cookbook-style tutorial (see bptutorial.pl). Improved
1646        documentation across the package.
1647
1648      o Much improved cross platform support. Many known incompatibilities
1649        have been fixed; however, NT and Mac do not work across the entire
1650        setup (see PLATFORMS).
1651
1652      o Many bug fixes, code restructuring, etc. Overall stability and
1653        maintainability benefit a lot.
1654
1655      o A total of 957 automatic tests
1656
1657
1658 0.6.2
1659
1660    There are very few functionality changes but a large
1661    number of software improvements/bug fixes across the package.
1662
1663    o The EMBL/GenBank parsing are improved.
1664
1665    o The Swissprot reading is improved. Swissprot writing
1666      is disabled as it doesn't work at all. This needs to
1667      wait for 0.7 release
1668
1669    o BLAST reports with no hits are correctly parsed.
1670
1671    o Several other bugs of the BLAST parser (regular expressions, ...)
1672      fixed.
1673
1674    o Old syntax calls have been replaced with more modern syntax
1675
1676    o Modules that did not work at all, in particular the Sim4
1677      set have been removed
1678
1679    o Bio::SeqFeature::Generic and Bio::SeqFeature::FeaturePair
1680      have improved compliance with interface specs and documentation
1681
1682    o Mailing list documentation updated throughout the distribution
1683
1684    o Most minor bug fixes have happened.
1685
1686    o The scripts in /examples now work and have the modern syntax
1687      rather than the deprecated syntax
1688
1689
1690 0.6.1  Sun April 2 2000
1691
1692    o Sequences can have Sequence Features attached to them
1693         - The sequence features can be read from or written to
1694           EMBL and GenBank style flat files
1695
1696    o Objects for Annotation, including References (but not
1697      full medline abstracts), Database links and Comments are
1698      provided
1699
1700    o A Species object to represent nodes on a taxonomy tree
1701      is provided
1702
1703    o The ability to parse HMMER and Sim4 output has been added
1704
1705    o The Blast parsing has been improved, with better PSI-BLAST
1706      support and better overall behaviour.
1707
1708    o Flat file indexed databases provide both random access
1709      and sequential access to their component sequences.
1710
1711    o A CodonTable object has been written with all known
1712      CodonTables accessible.
1713
1714    o A number of new lightweight analysis tools have been
1715      added, such as molecular weight determination.
1716
1717     The 0.6 release also has improved software engineering
1718
1719    o The sequence objects have been rewritten, providing more
1720      maintainable and easier to implement objects. These
1721      objects are backwardly compatible with the 0.05.1 objects
1722
1723    o Many objects are defined in terms of interfaces and then
1724      a Perl implementation has been provided. The interfaces
1725      are found in the 'I' files (module names ending in 'I').
1726
1727      This means that it is possible to wrap C/CORBA/SQL access
1728      as true "bioperl" objects, compatible with the rest of
1729      bioperl.
1730
1731    o The SeqIO system has been overhauled to provide better
1732      processing and perl-like automatic interpretation of <>
1733      over arguments.
1734
1735    o Many more tests have been added (a total of 172 automatic
1736      tests are now run before release).
1737
1738
1739
1740 0.05.1 Tue Jun 29 05:30:44 1999
1741         - Central distribution now requires Perl 5.004. This was
1742           done to get around 5.003-based problems in Bio/Index/*
1743           and SimpleAlign.
1744         - Various bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules
1745           including better exception handling and PSI-Blast
1746           support. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1747         - Fixed the Parse mechanism in Seq.pm to use readseq.
1748           Follow the instructions in README for how to install
1749           it (basically, you have to edit Parse.pm).
1750         - Improved documentation of Seq.pm, indicating where
1751           objects are returned and where strings are returned.
1752         - Fixed uninitialized warnings in Bio::Root::Object.pm
1753           and Bio::Tools::SeqPattern.pm.
1754         - Bug fixes for PR#s: 30,31,33-35,41,42,44,45,47-50,52.
1755
1756 0.05  Sun Apr 25 01:14:11 1999
1757         - Bio::Tools::Blast modules have less memory problems
1758           and faster parsing. Webblast uses LWP and supports
1759           more functionality. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1760         - The Bio::SeqIO system has been started, moving the
1761           sequence reformatting code out of the sequence object
1762         - The Bio::Index:: system has been started, providing
1763           generic index capabilities and specifically works for
1764           Fasta formatted databases and EMBL .dat formatted
1765           databases
1766         - The Bio::DB:: system started, providing access to
1767           databases, both via flat file + index (see above) and
1768           via http to NCBI
1769         - The scripts/ directory, where industrial strength scripts
1770           are put has been started.
1771         - Many changes - a better distribution all round.
1772
1773 0.04.4  Wed Feb 17 02:20:13 1999
1774         - Bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules and postclient.pl
1775           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1776         - Fixed a bug in Bio::Tools::Fasta::num_seqs().
1777         - Beefed up the t/Fasta.t test script.
1778         - Small fix in Bio::Seq::type() (now always returns a string).
1779         - Changed Bio::Root::Utilities::get_newline_char() to
1780           get_newline() since it could return more than one char.
1781         - Added $NEWLINE and $TIMEOUT_SECS to Bio::Root::Global.
1782         - Changed default timeout to 20 seconds (was 3).
1783         - Moved lengthy modification notes to the bottom of some files.
1784         - Fixed SimpleAlign write_fasta bug.
1785         - Beefed up SimpleAlign.t test
1786
1787 0.04.3  Thu Feb  4 07:48:53 1999
1788         - Bio::Root::Object.pm and Global.pm now detect when
1789           script is run as a CGI and suppress output that is only
1790           appropriate when running interactively.
1791         - Bio::Root::Err::_set_context() adds name of script ($0).
1792         - Added comments in Bio::Tools::WWW.pm and Bio::Root::Utilities.pm
1793           regarding the use of the static objects via the qw(:obj) tag.
1794         - Fixed the ambiguous reverse calls in Seq.pm and UnivAln.pm to
1795           CORE::reverse, avoiding Perl warnings.
1796         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules (version 0.074) and
1797           example scripts (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1798         - examples/seq/seqtools.pl no longer always warns about using
1799           -prot or -nucl command-line arguments; only when using the
1800           -debug argument.
1801         - Methods added to Bio::Root::Utilities: create_filehandle(),
1802           get_newline_char(), and taste_file() to generalize filehandle
1803           creation and autodetect newline characters in files/streams
1804           (see bug report #19).
1805         - Bio::Root::IOManager::read() now handles timeouts and uses
1806           Utilities::create_filehandle().
1807         - Bio::Tools::Fasta.pm uses Utilities::get_newline_char() instead
1808           of hardwiring in "\n".
1809         - Bug fixes in the Bio::SimpleAlign and Bio::Tools::pSW
1810
1811 0.04.2  Wed Dec 30 02:27:36 1998
1812         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.073
1813           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1814         - Changed reverse calls in Bio/Seq.pm and Bio/UnivAln.pm
1815           to CORE::reverse (prevents ambiguous warnings with 5.005).
1816         - Appending '.tmp.bioperl' to temporary files created by
1817           Bio::Root::Utilities::compress() or uncompress() to
1818           make it easy to identify & cleanup these files as needed.
1819         - Developers: Created CVS branch release-0-04-bug from
1820           release-0-04-1. Before making bug fixes to the 0.04.1 release,
1821           be sure to cvs checkout this branch into a clean area.
1822
1823 0.04.1  Wed Dec 16 05:39:15 1998
1824         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.072
1825           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1826         - Compile/SW/Makefile.PL now removes *.o and *.a files
1827           with make clean.
1828
1829 0.04  Tue Dec  8 07:49:19 1998
1830         - Lots of new modules added including:
1831            * Ewan Birney's Bio::SimpleAlign.pm, Bio::Tools::AlignFactory.pm,
1832              and Bio/Compile directory containing XS-linked C code for
1833              creating Smith-Waterman sequence alignments from within Perl.
1834            * Steve Chervitz's Blast distribution has been incorporated.
1835            * Georg Fuellen's Bio::UnivAln.pm for multiple alignment objects.
1836         - Bio/examples directory for demo scripts for all included modules.
1837         - Bio/t directory containing test suit for all included modules.
1838         - For changes specific to the Blast-related modules prior to
1839           incorporation in this central distribution, see the CHANGES
1840           file in the Bio/Tools/Blast directory.
1841
1842 0.01  Tue Sep  8 14:23:22 1998
1843         - original version from central CVS tree; created by h2xs 1.18