t/Species.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5 my $WEAKEN;
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9     eval {require Test::Weaken; 1;};
  10     $WEAKEN = $@ ? 0 : 1;
  11     test_begin(-tests => 23);
  12
  13         use_ok('Bio::Species');
  14         use_ok('Bio::DB::Taxonomy');
  15 }
  16
  17 ok my $sps = Bio::Species->new();
  18 $sps->classification(qw( sapiens Homo Hominidae
  19                          Catarrhini Primates Eutheria Mammalia Vertebrata
  20                          Chordata Metazoa Eukaryota));
  21
  22 is $sps->binomial, 'Homo sapiens';
  23
  24 ok $sps->sub_species('sapiensis');
  25 is $sps->binomial, 'Homo sapiens';
  26 is $sps->binomial('FULL'), 'Homo sapiens sapiensis';
  27 is $sps->sub_species, 'sapiensis';
  28
  29 $sps->classification(qw( sapiens Homo Hominidae
  30                          Catarrhini Primates Eutheria Mammalia Vertebrata
  31                          Chordata Metazoa Eukaryota));
  32 is $sps->binomial, 'Homo sapiens';
  33
  34
  35 # test cmd line initializtion
  36 ok my $species = Bio::Species->new( -classification =>
  37                                 [ qw( sapiens Homo Hominidae
  38                                       Catarrhini Primates Eutheria
  39                                       Mammalia Vertebrata
  40                                       Chordata Metazoa Eukaryota) ],
  41                                 -common_name => 'human');
  42 is $species->binomial, 'Homo sapiens';
  43 is $species->species, 'sapiens';
  44 is $species->genus, 'Homo';
  45 # test -common_name parameter, bug 2549
  46 is $species->common_name, 'human';
  47
  48 # A Bio::Species isa Bio::Taxon, so test some things from there briefly
  49 is $species->scientific_name, 'sapiens';
  50 is $species->rank, 'species';
  51
  52 # We can make a species object from just an id an db handle
  53 SKIP: {
  54     test_skip(-tests => 5, -requires_networking => 1);
  55
  56     $species = Bio::Species->new(-id => 51351);
  57     my $taxdb = Bio::DB::Taxonomy->new(-source => 'entrez');
  58     eval {$species->db_handle($taxdb);};
  59     skip "Unable to connect to entrez database; no network or server busy?", 5 if $@;
  60     is $species->binomial, 'Brassica rapa subsp.';
  61     is $species->binomial('FULL'), 'Brassica rapa subsp. pekinensis';
  62     is $species->genus, 'Brassica';
  63     is $species->species, 'rapa subsp.';
  64     is $species->sub_species, 'pekinensis';
  65 }
  66
  67 SKIP: {
  68     skip("Test::Weaken not installed, skipping", 2) if !$WEAKEN;
  69     # this sub leaks, should return true
  70     ok(Test::Weaken::leaks({
  71         constructor => sub { my ($a, $b); $a = \$b; $b = \$a}
  72     }));
  73     # this sub shouldn't leak (no circ. refs)
  74     ok(!Test::Weaken::leaks({
  75       constructor => sub{ Bio::Species->new( -classification =>
  76                                 [ qw( sapiens Homo Hominidae
  77                                       Catarrhini Primates Eutheria
  78                                       Mammalia Vertebrata
  79                                       Chordata Metazoa Eukaryota) ],
  80                                 -common_name => 'human') },
  81       }
  82     ));
  83 }
  84