t/Tools/Promoterwise.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 7);
  11
  12     use_ok('Bio::Tools::Promoterwise');
  13 }
  14
  15 my $file = test_input_file('promoterwise.out');
  16 my $parser = Bio::Tools::Promoterwise->new(-file=>$file);
  17 isa_ok $parser,'Bio::Tools::Promoterwise';
  18 my @fp;
  19 while (my $fp = $parser->next_result){
  20   push @fp,$fp;
  21 }
  22 my $first = $fp[0]->feature1;
  23 my $second = $fp[0]->feature2;
  24
  25 my @sub = $first->sub_SeqFeature;
  26 my @sub2 = $second->sub_SeqFeature;
  27
  28 is $sub[0]->start,4;
  29 is $sub2[0]->start,29;
  30 is $sub[0]->end,18;
  31 is $sub2[0]->end,43;
  32 is $sub[0]->score,1596.49