t/Tools/Run/WBCommandExts.t

   1 #-*-perl-*-
   2 #$Id$
   3 # testing CommandExts
   4 use strict;
   5 use warnings;
   6 our $home;
   7 BEGIN {
   8     use Bio::Root::Test;
   9     use lib '.';
  10     use lib 't/Tools/Run';
  11     $home = '../../..'; # set to '.' for Build use,
  12                       # '../../..' for debugging from .t file
  13     unshift @INC, $home;
  14     test_begin(-tests => 25,
  15                -requires_modules => [qw(Bio::Tools::Run::WrapperBase
  16                                         Bio::Tools::Run::WrapperBase::CommandExts)]);
  17 }
  18
  19 use_ok( 'Dummy::Config' );
  20 use_ok( 'Dummy' );
  21 use_ok('Bio::Tools::Run::WrapperBase');
  22 use_ok('Bio::Tools::Run::WrapperBase::CommandExts');
  23
  24 ok my $fac = Dummy->new( -command => 'goob',
  25                          -narf => 42.0,
  26                          -schlurb => 'breb',
  27                          -freen => 1 ), "make factory";
  28 ok $fac->parameters_changed, "parm changed flag set";
  29 is $fac->program_name, 'flurb', "correct prog name";
  30 ok $fac->is_pseudo, "is pseudo";
  31 is $fac->narf, 42, "correct parm set";
  32 ok !$fac->parameters_changed, "parm flag cleared";
  33 my $param_str = join(' ',@{$fac->_translate_params});
  34
  35 like ($param_str, qr/--schlurb breb/, 'translate opts to command line');
  36 like ($param_str, qr/-n 42/, 'translate opts to command line');
  37 like ($param_str, qr/-f/, 'translate opts to command line');
  38
  39 TODO: {
  40     local $TODO ='Determine whether the order of the parameters should be set somehow; this sporadically breaks hash randomization introduced in perl 5.17+';
  41     is join(' ',@{$fac->_translate_params}), '--schlurb breb -n 42 -f', "translate opts to command line";
  42 }
  43
  44 ok $fac->reset_parameters, "parm reset";
  45 ok !$fac->narf, "parm cleared after reset";
  46
  47 is_deeply( [$fac->available_parameters('parameters')], [qw( command narf schlurb )], "avail parms");
  48 is_deeply( [$fac->available_parameters('switches')], ['freen'], "avail switches");
  49 is_deeply( [$fac->available_parameters('commands')], [qw(rpsblast cat goob blorb multiglob)], "avail commands");
  50
  51 ok $fac = Dummy->new( -command => 'multiglob',
  52                      -g_freen => 1,
  53                      -b_scroob => 10.5,
  54                       -trud => 'sklim' ), "make composite cmd factory";
  55
  56 is $fac->trud, 'sklim', "comp cmd parm set";
  57
  58 ok my %facs = $fac->_create_factory_set, "make subfactories";
  59 is $facs{goob}->freen, 1, "subfactory 1 parm correct";
  60 is $facs{blorb}->scroob, 10.5, "subfactory 2 parm correct";
  61
  62 $fac->program_dir('.');
  63 # ok $fac->executables('rpsblast'), "find in program_dir";
  64 ok $fac->executables('cat'), "find in syspath";
  65
  66 1;