t/SeqWords.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib 't/lib';
   9     use BioperlTest;
  10
  11     test_begin(-tests => 19);
  12
  13         use_ok('Bio::PrimarySeq');
  14         use_ok('Bio::Tools::SeqWords');
  15 }
  16
  17 my ($seqobj, $count, $seqobj_stats, $wt);
  18
  19 $seqobj = Bio::PrimarySeq->new(-seq=>'ACTGTGGCGTCAACTGACTGGC',
  20                                -alphabet=>'dna', -id=>'test');
  21 ok $seqobj_stats  =  Bio::Tools::SeqWords->new(-seq=>$seqobj);
  22 isa_ok $seqobj_stats, 'Bio::Tools::SeqWords';
  23
  24 $count = $seqobj_stats->count_words(4);
  25 is $count->{'ACTG'}, 3;
  26 is $count->{'TGGC'}, 1;
  27 is $count->{'GTCA'}, 1;
  28
  29 $count = $seqobj_stats->count_overlap_words(4);
  30 is $count->{'ACTG'}, 3;
  31 is $count->{'TGGC'}, 2;
  32 is $count->{'GTCA'}, 1;
  33 is $count->{'GTGG'}, 1;
  34
  35 # now test a protein
  36 $seqobj = Bio::PrimarySeq->new(-seq=>'MQSERGITIDISLWKFETSKYYVTIDISSLWKF',
  37                                -alphabet=>'protein', -id=>'test');
  38 ok $seqobj_stats  =  Bio::Tools::SeqWords->new('-seq' => $seqobj);
  39 isa_ok $seqobj_stats, 'Bio::Tools::SeqWords';
  40
  41 $count = $seqobj_stats->count_words(4);
  42 is $count->{'MQSE'}, 1;
  43 is $count->{'LWKF'}, 1;
  44 is $count->{'IDIS'}, 2;
  45
  46 $count = $seqobj_stats->count_overlap_words(4);
  47 is $count->{'MQSE'}, 1;
  48 is $count->{'LWKF'}, 2;
  49 is $count->{'IDIS'}, 2;