t/LiveSeq.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib 't/lib';
   9     use BioperlTest;
  10
  11     test_begin(-tests => 48,
  12                -requires_module => 'IO::String');
  13
  14         use_ok('Bio::LiveSeq::IO::BioPerl');
  15 }
  16
  17 my $loader=Bio::LiveSeq::IO::BioPerl->load(-db=>"EMBL",
  18                                            -file=>test_input_file('factor7.embl'));
  19 ok $loader;
  20 my $gene=$loader->gene2liveseq(-gene_name => "factor7");
  21 ok $gene;
  22 ok ref($gene), "Bio::LiveSeq::Gene";
  23 is $gene->name, "factor7";
  24 is $gene->get_DNA->alphabet, "dna";
  25 is $gene->get_DNA->display_id, "HSCFVII";
  26 is $gene->get_DNA->accession_number, "J02933";
  27 is $gene, $gene->get_DNA->gene;
  28 is $gene->get_DNA->desc, "Human blood coagulation factor VII gene, complete cds.";
  29 is $gene->get_DNA->source, "Homo sapiens";
  30 is $gene->get_DNA->start, 1;
  31 is $gene->get_DNA->end, 12850;
  32 is $gene->maxtranscript->start, 487;
  33 is $gene->maxtranscript->end, 12686;
  34 is $gene->upbound, 487;
  35 is $gene->downbound, 12686;
  36 ok not(defined($gene->get_Repeat_Units));
  37
  38 my @exons   = @{$gene->get_Exons};
  39 my @introns = @{$gene->get_Introns};
  40 is scalar(@exons), 9;
  41 is scalar(@introns), 8;
  42 is $introns[4]->desc, "Intron D";
  43 is $introns[4]->start, 6592;
  44 is $introns[4]->end, 8306;
  45 is $exons[1]->desc, "optional";
  46 is $exons[4]->end, 6591;
  47
  48 my $transcript  = $gene->get_Transcripts->[0];
  49 my $translation = $gene->get_Translations->[0];
  50 is $transcript , $translation->get_Transcript;
  51 is $translation , $transcript->get_Translation;
  52
  53 @exons = $transcript->all_Exons;
  54 is $exons[4]->end , 6591;
  55 is $exons[4]->length , 114;
  56 is $transcript->upstream_seq, "tcaacaggcaggggcagcactgcagagatttcatc";
  57 is substr($transcript->downstream_seq,0,16), "cccagcagccctggcc";
  58 is $transcript->position($transcript->label(666)), 666;
  59 is $transcript->position($transcript->label(666),9419), 95;
  60 is $transcript->labelsubseq(8447,undef,9419), "gt";
  61 is $transcript->labelsubseq(8447,2), "gt";
  62 is $gene->get_DNA->labelsubseq(8447,2), "gg";
  63 is substr($gene->get_DNA->labelsubseq(8447,undef,9419),0,16), "ggtgaccaggcttcat";
  64 is $gene->get_DNA, $transcript->{seq};
  65 my ($nothing,$whichexon) = $transcript->in_which_Exon(9419);
  66 is $whichexon , 7;
  67 is $transcript->frame(9419) , 1;
  68 is $transcript->frame(9420) , 2;
  69 is substr($translation->seq,0,16), "MVSQALRLLCLLLGLQ";
  70 is substr($transcript->seq,0,32), "atggtctcccaggccctcaggctcctctgcct";
  71 ok $transcript->translation_table(2);
  72 is $transcript->translation_table , 2;
  73 is substr($translation->seq,0,16), "MVSQAL*"; # mitochondrial table creates stop codon
  74 is $gene->verbose(2), 2;
  75 ok $gene->delete_Obj(); # to free all memory, deleting circular references