t/ace.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 7);
  11
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 my $t_file = test_input_file('test.ace');
  18 my( $before );
  19 {
  20         local $/ = undef;
  21         local *BEFORE;
  22         open BEFORE, $t_file;
  23         $before = <BEFORE>;
  24         close BEFORE;
  25 }
  26
  27 my $a_in = Bio::SeqIO->new( -FILE => $t_file,
  28                                                                          -verbose => $verbose,
  29                                                                          -FORMAT => 'ace');
  30 my( @a_seq );
  31 while (my $a = $a_in->next_seq) {
  32         push(@a_seq, $a);
  33 }
  34
  35 is @a_seq, 3, 'number of sequence objects';
  36
  37 my $esc_name = $a_seq[1]->display_id;
  38 is( $esc_name , 'Name; 4% strewn with \ various / escaped characters',
  39          "unescaping of characters, $esc_name");
  40
  41 is $a_seq[0]->alphabet, 'protein', 'alphabets detected';
  42 is $a_seq[1]->alphabet, 'dna', 'alphabets detected';
  43
  44 my $o_file = test_output_file();
  45 my $a_out = Bio::SeqIO->new(-FILE => "> $o_file",
  46                                                                          -verbose => $verbose,
  47                                                                          -FORMAT => 'ace');
  48 my $a_out_ok = 1;
  49 foreach my $a (@a_seq) {
  50         $a_out->write_seq($a) or $a_out_ok = 0;
  51 }
  52 undef($a_out);  # Flush to disk
  53 is $a_out_ok,1,'writing sequence';
  54
  55 my( $after );
  56 {
  57         local $/ = undef;
  58         local *AFTER;
  59         open AFTER, $o_file;
  60         $after = <AFTER>;
  61         close AFTER;
  62 }
  63
  64 is( ($before and $after and ($before eq $after)),1,
  65          'test output');