t/ProtDist.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 47);
  11
  12     use_ok('Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist');
  13 }
  14
  15 my $inputfilename= test_input_file('phylipdist.out');
  16 my $tool= Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist->new(-file => $inputfilename);
  17 my $phy = $tool->next_matrix;
  18 is(@{$phy->names}, 5);
  19 is $phy->get_entry('Alpha','Beta'), '4.23419';
  20 is $phy->get_entry('Gamma','Alpha'),'3.63330';
  21 my @column =  $phy->get_column('Alpha');
  22 is $column[0], '0.00000';
  23 is $column[1], '4.23419';
  24 is $column[2], '3.63330';
  25 is $column[3], '6.20865';
  26 is $column[4], '3.45431';
  27
  28 my @row    = $phy->get_row('Gamma');
  29 is $row[0], '3.63330';
  30 is $row[1], '3.49289';
  31 is $row[2], '0.00000';
  32 is $row[3], '3.68733';
  33 is $row[4], '5.84929';
  34
  35 my @diag   = $phy->get_diagonal;
  36
  37
  38 is $diag[0], '0.00000';
  39 is $diag[1], '0.00000';
  40 is $diag[2], '0.00000';
  41 is $diag[3], '0.00000';
  42 is $diag[4], '0.00000';
  43
  44 my $matrix =<<END;
  45     5
  46 Alpha          0.00000  4.23419  3.63330  6.20865  3.45431
  47 Beta           4.23419  0.00000  3.49289  3.36540  4.29179
  48 Gamma          3.63330  3.49289  0.00000  3.68733  5.84929
  49 Delta          6.20865  3.36540  3.68733  0.00000  4.43345
  50 Epsilon        3.45431  4.29179  5.84929  4.43345  0.00000
  51 END
  52 ;
  53 is $phy->print_matrix , $matrix;
  54
  55 # now parse Phylip 3.6 output
  56
  57 $inputfilename= test_input_file('phylipdist-36.out');
  58 $tool= Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist->new(-file => $inputfilename);
  59 $phy = $tool->next_matrix;
  60
  61 is(@{$phy->names}, 39);
  62 is $phy->get_entry('CBG01299','CBG00435'), '4.7793';
  63 is $phy->get_entry('CBG22788','CBG22521'),'5.3195';
  64 is $phy->get_entry('CBG01466', 'CBG01473'), '3.3944';
  65
  66 @row = $phy->get_row('CBG01473');
  67 is(scalar @row, 39);
  68 @column =  $phy->get_column('CBG01300');
  69 is $column[0], '0.0817';
  70 is $column[1], '0.0000';
  71 is $column[2], '0.0950';
  72 is $column[3], '0.3111';
  73 is $column[37], '4.7190';
  74 is $column[38], '4.7592';
  75
  76 @row    = $phy->get_row('CBG17433');
  77 is $row[0], '4.8451';
  78 is $row[1], '4.5982';
  79 is $row[2], '4.0620';
  80 is $row[3], '5.9673';
  81 is $row[4], '4.6224';
  82 is $row[5], '5.1993';
  83 is $row[6], '5.4427';
  84 is $row[7], '4.2783';
  85
  86 @diag   = $phy->get_diagonal;
  87
  88 is $diag[0], '0.0000';
  89 is $diag[1], '0.0000';
  90 is $diag[2], '0.0000';
  91 is $diag[3], '0.0000';
  92 is $diag[4], '0.0000';
  93 is $diag[5], '0.0000';
  94 is $diag[37], '0.0000';
  95 is $diag[38], '0.0000';