t/GOR4.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 13,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String LWP::UserAgent)],
  12                            -requires_networking => 1);
  13
  14         use_ok("Bio::Seq");
  15         use_ok("Bio::Tools::Analysis::Protein::GOR4");
  16 }
  17
  18 my $seq = Bio::Seq->new(-seq => 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS',
  19                         -display_id => 'test2');
  20 ok my $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::GOR4->new(-seq=>$seq->primary_seq);
  21
  22 SKIP: {
  23     ok $tool->run();
  24         skip "Skipping tests since we got terminated by a server error", 9 if $tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR';
  25     ok my $raw = $tool->result('');
  26     ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  27     is $parsed->[0]{'coil'}, '999';
  28     my @res = sort {$a->start <=> $b->start} $tool->result('Bio::SeqFeatureI');
  29     if (scalar @res > 0) {
  30                 ok 1;
  31     }
  32         else {
  33                 skip 'No results - could not connect to GOR4 server?', 6;
  34     }
  35         is $res[0]->start, 1;
  36         is $res[0]->end, 43;
  37     ok my $meta = $tool->result('meta');
  38
  39         test_skip(-tests => 2, -requires_module => 'Bio::Seq::Meta::Array');
  40         is $meta->named_submeta_text('GOR4_coil',1,2), '999 999';
  41         is $meta->seq, 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS';
  42 }