scripts/tree/tree2pag.PLS

   1 #!perl -w
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 tree2pag - convert Bio::TreeIO parseable format trees to pagel format
   6
   7 =head1 SYNOPSIS
   8
   9  tree2pag -if nexus -i file.nexus > file.pag
  10
  11  # OR pipe in through STDIN, and use newick format instead
  12
  13  cat file.newick | tree2pag -if newick > file.nh
  14
  15  # OR specify an output and input
  16
  17  tree2pag -o file.pag -i file.newick
  18
  19 =head1 DESCRIPTION
  20
  21 Convert TreeIO parseable files into Pagel format tree files.  Be
  22 warned that pagel format only really supports a single tree per file
  23 so.  Also Pagel parsing is not yet available in bioperl.
  24
  25 =cut
  26
  27 use strict;
  28 use Bio::TreeIO;
  29 use Getopt::Long;
  30 my ($iformat,$oformat) = ('newick', 'pag');
  31 my ($outfile,$infile);
  32 GetOptions(
  33            'if|informat:s'    => \$iformat,
  34            'of|outformat:s'   => \$oformat,
  35            'i|in:s'           => \$infile,
  36            'o|out:s'          => \$outfile,
  37            'h|help'           => sub { exec('perldoc', $0);
  38                                        exit(0); },
  39            );
  40 my $in;
  41 if( ! $infile ) {
  42     $in = Bio::TreeIO->new(-format => $iformat,
  43                            -fh     => \*ARGV);
  44 } else {
  45     $in = Bio::TreeIO->new(-format => $iformat,
  46                            -file   => $infile);
  47 }
  48
  49 my $out;
  50 if( $outfile) {
  51     $out = Bio::TreeIO->new(-format => $oformat,
  52                             -file   => ">$outfile");
  53 } else {
  54     $out = Bio::TreeIO->new(-format => $oformat); #print to STDOUT instead
  55 }
  56
  57 while( my $t = $in->next_tree ) {
  58     $out->write_tree($t);
  59 }