t/AlignIO.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 # $Id$
   3 use strict;
   4
   5 my $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
   6 BEGIN {
   7         eval { require Test::More; };
   8         if( $@ ) {
   9                 use lib 't/lib';
  10         }
  11         use Test::More;
  12         plan tests => 168;
  13 }
  14 use_ok('Bio::SimpleAlign');
  15 use_ok('Bio::AlignIO');
  16 use_ok('Bio::Root::IO');
  17
  18 END {
  19     unlink(Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout2.pfam"),
  20            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.selex"),
  21            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.pfam"),
  22            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.msf"),
  23            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.fasta"),
  24            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.clustal"),
  25            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.phylip"),
  26            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.nexus"),
  27            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.mega"),
  28            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.po"),
  29            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.largemultifasta")
  30           );
  31 }
  32
  33 my ($str,$aln,$strout,$status);
  34
  35 #PSI format
  36 $str  = new Bio::AlignIO (
  37     '-file'     => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.psi"),
  38     '-format'   => 'psi');
  39 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  40 $aln = $str->next_aln();
  41 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  42 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'QUERY/1-798');
  43 is($aln->no_sequences, 56);
  44
  45 # STOCKHOLM (multiple concatenated files, as Pfam flatfile)
  46 $str  = new Bio::AlignIO (
  47     '-file'     => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.stockholm"),
  48     '-format'   => 'stockholm');
  49 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  50 $aln = $str->next_aln();
  51 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  52 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, '1433_LYCES/9-246');
  53 $aln = $str->next_aln();
  54 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  55 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, '1433_LYCES/9-246');
  56 $aln = $str->next_aln();
  57 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  58 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, '1433_LYCES/9-246');
  59
  60
  61 # PFAM
  62 $str = Bio::AlignIO->new(
  63           '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.pfam"));
  64 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  65 $aln = $str->next_aln();
  66 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  67 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, '1433_LYCES/9-246');
  68
  69 $strout = Bio::AlignIO->new(
  70    '-file' => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.pfam"),
  71                             '-format' => 'pfam');
  72 $status = $strout->write_aln($aln);
  73 is($status, 1, " failed pfam output test");
  74
  75
  76 # MAF
  77 $str = Bio::AlignIO->new(
  78           '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","humor.maf"));
  79 $aln = $str->next_aln();
  80 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  81 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'NM_006987/1-5000', " failed maf input test";
  82 is $aln->get_seq_by_pos(1)->strand, '-';
  83
  84 # MSF
  85 $str = Bio::AlignIO->new(
  86     '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.msf"));
  87 $aln = $str->next_aln();
  88 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  89 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, '1433_LYCES/9-246', " failed msf input test";
  90
  91 $strout = Bio::AlignIO->new(
  92    '-file' => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.msf"),
  93                             '-format' => 'msf');
  94 $status = $strout->write_aln($aln);
  95 is $status, 1, "  failed msf output test";
  96
  97
  98 # FASTA
  99 $str = Bio::AlignIO->new(
 100                  -file => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.fasta"),
 101                  -format => 'fasta');
 102 $aln = $str->next_aln();
 103 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 104 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/114-431',
 105   " failed fasta input test ";
 106 is ($aln->get_seq_by_pos(1)->description, 'DESCRIPTION HERE',
 107     " failed fasta input test for description");
 108 is ($aln->get_seq_by_pos(11)->display_id, 'AK_YEAST',
 109     " failed fasta input test for id");
 110
 111 is ($aln->get_seq_by_pos(2)->end, 318,
 112     " failed fasta input test for end");
 113
 114 is ($aln->get_seq_by_pos(11)->description, 'A COMMENT FOR YEAST',
 115     " failed fasta input test for description");
 116
 117 $strout = Bio::AlignIO->new(
 118    '-file' => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.fasta"),
 119                               '-format' => 'fasta');
 120 $status = $strout->write_aln($aln);
 121 is $status, 1,"  failed fasta output test";
 122
 123 my $in = Bio::AlignIO->newFh(
 124    '-file'  => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.fasta"),
 125                                '-format' => 'fasta');
 126 my $out = Bio::AlignIO->newFh(
 127    '-file' => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout2.pfam"),
 128                                 '-format' => 'pfam');
 129 while ( $aln = <$in>) {
 130     is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/114-431',
 131      "  failed filehandle input test  ";
 132     $status = print $out $aln;
 133     last;
 134 }
 135 is $status, 1, "  failed filehandle output test";
 136
 137
 138 # SELEX
 139 $str = Bio::AlignIO->new(
 140     '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.selex"),
 141                            '-format' => 'selex');
 142 $aln = $str->next_aln();
 143 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 144 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/114-431', " failed selex format test ";
 145
 146 $strout = Bio::AlignIO->new(
 147    '-file' => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.selex"),
 148                               '-format' => 'selex');
 149 $status = $strout->write_aln($aln);
 150 is $status, 1, "  failed selex output test";
 151
 152
 153 # MASE
 154 $str = Bio::AlignIO->new(
 155    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.mase"),
 156                            '-format' => 'mase');
 157 $aln = $str->next_aln();
 158 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 159 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/1-318', " failed mase input test ";
 160
 161
 162 # PRODOM
 163 $str = Bio::AlignIO->new(
 164    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.prodom"),
 165                            '-format' => 'prodom');
 166 $aln = $str->next_aln();
 167 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 168 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'P04777/1-33', " failed prodom input test ";
 169
 170
 171 # CLUSTAL
 172 $strout = Bio::AlignIO->new(
 173    '-file' => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.clustal"),
 174                               '-format' => 'clustalw');
 175 $status = $strout->write_aln($aln);
 176 is $status, 1, "  failed clustalw (.aln) output test";
 177 undef $strout;
 178 $str = Bio::AlignIO->new(
 179    '-file'=> Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.clustal"),
 180                            '-format' => 'clustalw');
 181 $aln = $str->next_aln($aln);
 182 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 183 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'P04777/1-33', "  failed clustalw (.aln) input test";
 184 my $io = Bio::AlignIO->new(
 185    -file => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.aln") );
 186 $aln = $io->next_aln();
 187 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 188 is $aln->consensus_string, 'MNEGEHQIKLDELFEKLLRARKIFKNKDVLRHSWEPKDLPHRHEQIEALAQILVPVLRGETMKIIFCGHHACELGEDRGTKGFVIDELKDVDEDRNGKVDVIEINCEHMDTHYRVLPNIAKLFDDCTGIGVPMHGGPTDEVTAKLKQVIDMKERFVIIVLDEIDKLVKKSGDEVLYSLTRINTELKRAKVSVIGISNDLKFKEYLDPRVLSSLSEEEVVFPPYDANQLRDILTQRAEEAFYPGVLDEGVIPLCAALAAREHGDARKALDLLRVAGEIAEREGASKVTEKHVWKAQEKIEQDMMEEVIKTLPLQSKVLLYAIVLLDENGDLPANTGDVYAVYRELCEYIDLEPLTQRRISDLINELDMLGIINAKVVSKGRYGRTKEIRLMVTSYKIRNVLRYDYSIQPLLTISLKSEQRRLI', " failed clustalw consensus_string test";
 189
 190
 191 # BL2SEQ
 192 $str = Bio::AlignIO->new(
 193    '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t","data","bl2seq.out"),
 194                          '-format' => 'bl2seq',
 195                          '-report_type' => 'blastp');
 196 $aln = $str->next_aln();
 197 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 198 is $aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, 'ALEU_HORVU/60-360',
 199     "failed BLAST bl2seq format test";
 200
 201
 202 # PHYLIP interleaved
 203 $str = Bio::AlignIO->new(
 204     '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.phylip"),
 205     '-format' => 'phylip');
 206 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 207 $aln = $str->next_aln();
 208 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 209 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Homo_sapie/1-45';
 210
 211 $strout = Bio::AlignIO->new(
 212     '-file'  => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.phylip"),
 213     '-format' => 'phylip');
 214 $status = $strout->write_aln($aln);
 215 is $status, 1, "  failed phylip output test";
 216
 217
 218 # METAFASTA (tests 37-39)
 219 print STDERR "Better Metafasta tests needed\n" if $DEBUG;
 220 $io = Bio::AlignIO->new(-verbose => -1,
 221    -file => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.metafasta"));
 222 $aln = $io->next_aln;
 223 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 224 is $aln->consensus_string,'CDEFHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ', " failed consensus_string on metafasta";
 225 is $aln->symbol_chars,'23'," failed symbol_chars() using metafasta";
 226
 227 # NEXUS
 228 $str = Bio::AlignIO->new(
 229    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.nexus"),
 230                           '-format' => 'nexus');
 231 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 232 $aln = $str->next_aln();
 233 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 234 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Homo_sapiens/1-45';
 235 $strout = Bio::AlignIO->new('-file'  => ">".
 236                           Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "testout.nexus"),
 237                             '-format' => 'nexus', );
 238 $status = $strout->write_aln($aln);
 239 is $status, 1, "  failed nexus output test";
 240
 241 $str = Bio::AlignIO->new(
 242    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","Bird_Ovomucoids.nex"),
 243                           '-format' => 'nexus');
 244 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 245 $aln = $str->next_aln();
 246 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 247 $str = Bio::AlignIO->new(
 248    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","basic-ladder.nex"),
 249                           '-format' => 'nexus');
 250 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 251 $aln = $str->next_aln();
 252 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 253 $str = Bio::AlignIO->new(
 254    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","Kingdoms_DNA.nex"),
 255                           '-format' => 'nexus');
 256 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 257 $aln = $str->next_aln();
 258 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 259 $str = Bio::AlignIO->new(
 260   '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","char-interleave.nex"),
 261                           '-format' => 'nexus');
 262 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 263 $aln = $str->next_aln();
 264 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 265 $str = Bio::AlignIO->new(
 266    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","Primate_mtDNA.nex"),
 267                           '-format' => 'nexus');
 268 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 269 $aln = $str->next_aln();
 270 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 271 $str = Bio::AlignIO->new(
 272    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","char-matrix-spaces.nex"),
 273                           '-format' => 'nexus');
 274 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 275 $aln = $str->next_aln();
 276 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 277 $str = Bio::AlignIO->new(
 278    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","SPAN_Family4nl.nex"),
 279                           '-format' => 'nexus');
 280 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 281 $aln = $str->next_aln();
 282 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 283 $str = Bio::AlignIO->new(
 284    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","intrablock-comment.nex"),
 285                           '-format' => 'nexus');
 286 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 287 $aln = $str->next_aln();
 288 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 289 $str = Bio::AlignIO->new(
 290    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","SPAN_Family7n.nex"),
 291                           '-format' => 'nexus');
 292 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 293 $aln = $str->next_aln();
 294 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 295 $str = Bio::AlignIO->new(
 296    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","long-names.nex"),
 297                           '-format' => 'nexus');
 298 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 299 $aln = $str->next_aln();
 300 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 301 $str = Bio::AlignIO->new(
 302    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","SPAN_Family8a.nex"),
 303                           '-format' => 'nexus');
 304 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 305 $aln = $str->next_aln();
 306 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 307 $str = Bio::AlignIO->new(
 308    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","multiline-intrablock-comment.nex"),
 309                           '-format' => 'nexus');
 310 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 311 $aln = $str->next_aln();
 312 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 313 $str = Bio::AlignIO->new(
 314   '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","Treebase-chlamy-dna.nex"),
 315                           '-format' => 'nexus');
 316 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 317 $aln = $str->next_aln();
 318 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 319 $str = Bio::AlignIO->new(
 320   '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","quoted-strings1.nex"),
 321                           '-format' => 'nexus');
 322 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 323 $aln = $str->next_aln();
 324 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 325 $str = Bio::AlignIO->new(
 326    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","UnaSmithHIV-both.nex"),
 327                           '-format' => 'nexus');
 328 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 329 $aln = $str->next_aln();
 330 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 331 $str = Bio::AlignIO->new(
 332   '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","quoted-strings2.nex"),
 333                           '-format' => 'nexus');
 334 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 335 $aln = $str->next_aln();
 336 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 337 $str = Bio::AlignIO->new(
 338    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","barns-combined.nex"),
 339                           '-format' => 'nexus');
 340 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 341 $aln = $str->next_aln();
 342 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 343 $str = Bio::AlignIO->new(
 344    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","radical-whitespace.nex"),
 345                           '-format' => 'nexus');
 346 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 347 $aln = $str->next_aln();
 348 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 349 $str = Bio::AlignIO->new(
 350    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","basic-bush.nex"),
 351                           '-format' => 'nexus');
 352 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 353 $aln = $str->next_aln();
 354 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 355 $str = Bio::AlignIO->new(
 356   '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","radical-whitespace_02.nex"),
 357                           '-format' => 'nexus');
 358
 359
 360 # EMBOSS water
 361 $str = new Bio::AlignIO('-format' => 'emboss',
 362                  '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", 'cysprot.water'));
 363 $aln = $str->next_aln();
 364 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 365 is($aln->score,'501.50');
 366 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'PAPA_CARPA/3-342');
 367 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'CATL_HUMAN/1-331');
 368 is(sprintf("%.1f",$aln->overall_percentage_identity),33.8);
 369 is(sprintf("%.1f",$aln->average_percentage_identity),40.1);
 370
 371 is($aln->get_seq_by_pos(1)->start, 3);
 372 is($aln->length,364);
 373
 374
 375 # EMBOSS needle
 376 $str = new Bio::AlignIO('-format' => 'emboss',
 377           '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", 'cysprot.needle'));
 378 $aln = $str->next_aln();
 379 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 380 is($aln->score,'499.50');
 381 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'PAPA_CARPA/1-345');
 382 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'CATL_HUMAN/1-333');
 383
 384
 385 # EMBOSS water 2.2.x
 386 $str = new Bio::AlignIO('-format' => 'emboss',
 387          '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", 'cys1_dicdi.water'));
 388 $aln = $str->next_aln();
 389 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 390 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'CYS1_DICDI/1-343');
 391 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'CYS1_DICDI-1/1-343');
 392 is($aln->score,'1841.0');
 393 $aln = $str->next_aln();
 394 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 395 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'CYS1_DICDI/29-343');
 396 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'ALEU_HORVU/61-360');
 397
 398
 399 # EMBOSS water 2.2.x sparse needle
 400 $str = new Bio::AlignIO(-verbose => $DEBUG,
 401           '-format' => 'emboss',
 402         '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", 'sparsealn.needle'));
 403 $aln = $str->next_aln();
 404 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 405 is($aln->score,'18.0');
 406 is(sprintf("%.1f",$aln->overall_percentage_identity), 2.1);
 407 is(sprintf("%.1f",$aln->average_percentage_identity), 38.5);
 408 is($aln->get_seq_by_pos(1)->length, 238);
 409 is($aln->length,238);
 410 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'KV1K_HUMAN/1-108');
 411 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'IF1Y_HUMAN/1-143');
 412 is($aln->get_seq_by_pos(1)->seq(), 'DIQMTQSPSTLSVSVGDRVTITCEASQTVLSYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLETGVPSRFSGQGSGTBFTFTISSVZPZBFATYYCQZYLDLPRTFGQGTKVDLKR'.'-'x130);
 413 is($aln->get_seq_by_pos(2)->seq(), ('-'x94).'PKNKGKGGK-NRRRGKNENESEKRELVFKEDGQEYAQVIKMLGNGRLEALCFDGVKRLCHIRGKLRKKVWINTSDIILVGLRDYQDNKADVILKYNADEARSLKAYGGLPEHAKINETDTFGPGDDDEIQFDDIGDDDEDIDDI');
 414 is($aln->is_flush, 1);
 415
 416
 417 # MEGA
 418 $str = new Bio::AlignIO('-format' => 'mega',
 419         '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t","data","hemoglobinA.meg"));
 420
 421 $aln = $str->next_aln();
 422 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 423 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'Human/1-141');
 424 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'Horse/1-144');
 425 $aln->unmatch();
 426 is($aln->get_seq_by_pos(3)->subseq(1,10), 'V-LSAADKGN');
 427
 428 $strout = new Bio::AlignIO('-format' => 'mega',
 429           '-file'   => ">" .Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.mega"));
 430
 431 $status = $strout->write_aln($aln);
 432 is $status, 1, "  failed mega output test";
 433
 434
 435 # EMBOSS needle
 436 $str = new Bio::AlignIO('-format' => 'emboss',
 437           '-file'   => Bio::Root::IO->catfile('t','data','gf-s71.needle'));
 438 $aln = $str->next_aln();
 439 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 440 is($aln->get_seq_by_pos(2)->seq(), 'MEDVTLFQFTWRKPI-RLQGEIVYKTSETQTIETNKKDVECVANFQENKEVQTDS-VDNGVGENVKKDITISKEVLNLLYDFVRDDSKVNYDRLLEFHKFDKVALETVQKYHVETRNENIILMISSSSRKTLILFGGISHETFCSHQARALLCSSSTSFSIPLPVCAISAVFYSSTQFILGDVSGNISMCSKDKIIFEKKITDGAVTCLEMCRHGLLSGSDDGNIILWQIGTSGLEKLGGTKLTVSDLSRKIRRSSTSNKPVAIVSMQVYVWPSGEEACVATETGGLYLLTLPTLDYKPLSHQTATSINKILFENQFVAVIYHTSNAAVFNSEGLVDEIPFVATLAVR----------PKLVLF--YTSVCVQDITLNCTSPFREFNNEYNPVIKFSKIRFSADLSVING-FRTSSPNSNN-----------------------------------------------');
 441 is($aln->get_seq_by_pos(1)->seq(), 'MEDVTLHHFRWRKPVENKNGEIVYKTSETQTAEISRKDVECVANFQKSQESQTDDFMQNGVGDGIKKEIRISKEVLGHIYDFLRDDSKVNYDRLLEFHKFDKVSLETVQKYHVETRNENIILMISNSSRKTLILFGGLSHETFCSHQARAVLCSSSTTSSLPLPVCAISAVFYSSTQFLLGDISGNISMWTKEKMIFENKVTDGSVTSLELCRYGLLSGSDDGNVILWKVEESKIEKIEGIKLTVSDLSRKIRRSSTSNKPVAIVSMQV----SGDEVCVATETGGLYLLTLPTLESKPLT-QSATSIFKILYEHPYIAVVYHTSNSAIFNSEGLVDEIPFVATLAVRCGAYFIFSNQSRLIIWSMNTRSTVIDENLNCHS-ICSLSND--------------TLQVLDGDFNLNSQSENSATSESENLRISDLQNLRMLKLQNLRTSEFQNFRTSESQYFKKDNGEL');
 442 is($aln->is_flush(), 1);
 443 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'gf.s71.44/1-448');
 444 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'Y50C1A.2/1-406');
 445
 446
 447 # PHYLIP sequential/non-interleaved
 448 $strout = Bio::AlignIO->new('-file'  =>
 449                             Bio::Root::IO->catfile("t","data",
 450                                                    "noninterleaved.phy"),
 451                             '-format' => 'phylip');
 452 $aln = $strout->next_aln($aln);
 453 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 454 is($aln->get_seq_by_pos(2)->seq(), 'CCTCAGATCACTCTTTGGCAACGACCCCTCGTCACAATAAAGGTAGGGGGGCAACTAAAGGAAGCTCTATTAGATACAGGAGCAGATGATACAGTATTAGAAGACATGAATTTGCCAGGAAGATGGAAACCAAAAATGATAGGGGGAATTGGAGGGTTTATCAAAGTAAGACAGTATGATCAGATACCCATAGAGATCTGTGGACATAAAGCTATAGGTACAGTATTAGTAGGACCCACACCTGTCAATATAATTGGAAGAAATCTGTTGACTCAGATTGGTTGCACTTTAAATTTT' );
 455
 456
 457 # LARGEMULTIFASTA
 458 $str = Bio::AlignIO->new(
 459    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t", "data","little.largemultifasta"),
 460                          '-format' => 'largemultifasta');
 461 $aln = $str->next_aln();
 462 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 463 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Human:/1-81', " failed fasta input test ";
 464 is ($aln->get_seq_by_pos(1)->description,
 465     '72.0:1018606-3386002; 73.0:0-14850845; 74.0:0-83355922; SPECIAL_hsApr2003_3.0:0-414023;',
 466     " failed fasta input test for description");
 467 is ($aln->get_seq_by_pos(3)->display_id, 'Rat:',
 468     " failed fasta input test for id");
 469
 470 is ($aln->get_seq_by_pos(3)->description,
 471     '72.0:1018606-3386002; 73.0:0-14850845; 74.0:0-83355922; SPECIAL_hsApr2003_3.0:0-414023;',
 472     " failed fasta input test for description");
 473
 474 $strout = Bio::AlignIO->new(
 475    '-file' => ">".Bio::Root::IO->catfile("t", "data",
 476                                        "testout.largemultifasta"),
 477                             '-format' => 'largemultifasta');
 478 $status = $strout->write_aln($aln);
 479 is $status, 1,"  failed fasta output test";
 480
 481
 482 # POA
 483 # just skip on perl 5.6.0 and earlier as it causes a crash on
 484 # default perl with OS X 10.2
 485 # fink perl 5.6.0 does not seem to have the problem
 486 # can't figure out what it is so just skip for now
 487 if( $^O ne 'darwin' || $] > 5.006 ) {
 488         $str = new Bio::AlignIO(
 489                           -file   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "testaln.po"),
 490                           -format => 'po',
 491                           );
 492         isa_ok($str, 'Bio::AlignIO');
 493         $aln = $str->next_aln();
 494         isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 495         is $aln->no_sequences, 6;
 496
 497 # output is? i.e. does conversion from clustalw to po give the same alignment?
 498         $str = new Bio::AlignIO(
 499                   '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "testaln.aln"),
 500                   '-format' => 'clustalw');
 501         isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 502         $aln = $str->next_aln();
 503         isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 504         $strout = Bio::AlignIO->new(
 505                  '-file'   => ">" . Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "testout.po"),
 506                  '-format' => 'po');
 507         $status = $strout->write_aln($aln);
 508         is $status, 1, " failed po output test";
 509
 510         $str = new Bio::AlignIO(
 511                  '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "testaln.po"),
 512                  '-format' => 'po');
 513         isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 514         my $aln2 = $str->next_aln();
 515         isa_ok($aln2,'Bio::Align::AlignI');
 516         is $aln2->no_sequences, $aln->no_sequences;
 517         is $aln2->length, $aln->length;
 518 } else {
 519         for ( 1..14 ) {
 520                 skip(1,"skipping due to bug in perl 5.6.0 that comes with OS X 10.2");
 521         }
 522 }
 523
 524
 525 # MEME
 526 # this file has no Strand column
 527 $str = new Bio::AlignIO(
 528                 -file => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "test.meme"),
 529                 -format => 'meme');
 530 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 531 $aln = $str->next_aln();
 532 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');is $aln->length,25;
 533 is $aln->no_sequences,4;
 534 is $aln->get_seq_by_pos(3)->seq(),"CCTTAAAATAAAATCCCCACCACCA";
 535 is $aln->get_seq_by_pos(3)->strand,"1";
 536
 537 # this file has a Strand column
 538 $str = new Bio::AlignIO(
 539                 -file => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "test.meme2"),
 540                 -format => 'meme');
 541 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 542 $aln = $str->next_aln();
 543 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');is $aln->length,20;
 544 is $aln->no_sequences,8;
 545 is $aln->get_seq_by_pos(8)->seq(),"CCAGTCTCCCCTGAATACCC";
 546 is $aln->get_seq_by_pos(7)->strand,"-1";
 547 is $aln->get_seq_by_pos(6)->strand,"1";