t/RemoteDB/DB.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 113,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String
  12                                                                             LWP::UserAgent
  13                                                                                 HTTP::Request::Common)],
  14                            -requires_networking => 1);
  15
  16         use_ok('Bio::DB::GenBank');
  17         use_ok('Bio::DB::GenPept');
  18         use_ok('Bio::DB::SwissProt');
  19     use_ok('Bio::DB::MeSH');
  20 }
  21
  22 my %expected_lengths = ('NDP_MOUSE' => 131,
  23                         'NDP_HUMAN' => 133,
  24                         'MUSIGHBA1' => 408,
  25                         'AF303112'  => 1611,
  26                         'J00522'    => 408,
  27                         'AF303112'  => 1611,
  28                         'AF303112.1' => 1611,
  29                         '2981014'   => 1156,
  30                         'AF041456'  => 1156,
  31                         'AY080910'  => 798,
  32                         'AY080909'  => 1042,
  33                         'AF155220'  => 1172,
  34                         '405830'    => 1743,
  35                         'CELRABGDI' => 1743,
  36                         '195055'    => 136,
  37                         'AAD15290'  => 136,
  38                         'AAC06201'  => 353,
  39                         'P43780'    => 103,
  40                         'BOLA_HAEIN'=> 103,
  41                         'YNB3_YEAST'=> 125,
  42                         'O39869'    => 56,
  43                         'P18584'    => 497,
  44                         'DEGP_CHLTR'=> 497,
  45                         'AF442768'  => 2547,
  46                         'P31383'    => 635,
  47                         'CH402638'  => 5041);
  48
  49 my ($gb, $seq, $seqio, $seqin, $query);
  50
  51 #
  52 # Bio::DB::GenBank
  53 #
  54 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay'=>0), 'Bio::DB::GenBank';
  55
  56 # get a single seq
  57 SKIP: {
  58     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('MUSIGHBA1');};
  59     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Do you have network access? Skipping GenBank tests", 4 if $@;
  60     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
  61     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF303112');};
  62     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Transient network problems? Skipping GenBank tests", 3 if $@;
  63     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
  64     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_version('AF303112.1');};
  65     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Transient network problems? Skipping GenBank tests", 2 if $@;
  66     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
  67     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_gi('405830');};
  68     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Transient network problems? Skipping GenBank tests", 1 if $@;
  69     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
  70 }
  71
  72 $seq = $seqio = undef;
  73
  74 # batch mode
  75 SKIP: {
  76     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(J00522 AF303112 2981014)]);};
  77     skip "Batch access test failed for Genbank. Skipping those tests", 4 if $@;
  78     my $done = 0;
  79     while (my $s = $seqio->next_seq) {
  80         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id};
  81         $done++;
  82     }
  83     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
  84     is $done, 3;
  85 }
  86
  87 $seq = $seqio = undef;
  88
  89 # test the temporary file creation and fasta
  90 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-format' => 'fasta', '-retrievaltype' => 'tempfile', '-delay' => 0);
  91 SKIP: {
  92     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('MUSIGHBA1');};
  93     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a tempfile with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 6 if $@;
  94     # last part of id holds the key
  95     is $seq->length, $expected_lengths{(split(/\|/,$seq->display_id))[-1]};
  96     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF303112');};
  97     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a tempfile with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 5 if $@;
  98     # last part of id holds the key
  99     is $seq->length, $expected_lengths{(split(/\|/,$seq->display_id))[-1]};
 100     # batch mode requires genbank format
 101     $gb->request_format("gb");
 102     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(J00522 AF303112 2981014)]);};
 103     skip "Couldn't connect to complete GenBank batch tests with a tempfile with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 4 if $@;
 104     my $done = 0;
 105     while (my $s = $seqio->next_seq) {
 106         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id};
 107         undef $gb; # test the case where the db is gone,
 108         # but a temp file should remain until seqio goes away.
 109         $done++;
 110     }
 111     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
 112     is $done, 3;
 113 }
 114
 115 $seq = $seqio = undef;
 116
 117 # test pipeline creation
 118 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-retrievaltype' => 'pipeline', '-delay' => 0);
 119 SKIP: {
 120     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('MUSIGHBA1');};
 121     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a pipeline with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 6 if $@;
 122     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 123     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF303112');};
 124     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a pipeline with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 5 if $@;
 125     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 126     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(J00522 AF303112 2981014)]);};
 127     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a pipeline with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 4 if $@;
 128     my $done = 0;
 129     while (my $s = $seqio->next_seq) {
 130         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id};
 131         undef $gb; # test the case where the db is gone,
 132         # but the pipeline should remain until seqio goes away
 133         $done++;
 134     }
 135     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
 136     is $done, 3;
 137 }
 138
 139 $seq = $seqio = undef;
 140
 141 # test query facility
 142 ok $query = Bio::DB::Query::GenBank->new('-db'      => 'nucleotide',
 143                                          '-query'   => 'Onchocerca volvulus[Organism]',
 144                                          '-mindate' => '2002/1/1',
 145                                          '-maxdate' => '2002/12/31'), 'Bio::DB::Query::GenBank';
 146 SKIP: {
 147     cmp_ok $query->count, '>', 0;
 148     my @ids = $query->ids;
 149     cmp_ok @ids, '>', 0;
 150     is @ids, $query->count;
 151     ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay' => 0);
 152     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_query($query);};
 153     skip "Couldn't connect to complete GenBank query tests. Skipping those tests", 5 if $@;
 154     my $done = 0;
 155     while (my $s = $seqio->next_seq) {
 156         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id};
 157         undef $gb; # test the case where the db is gone,
 158         # but the pipeline should remain until seqio goes away
 159         $done++;
 160     }
 161     skip('No seqs returned', 5) if !$done;
 162     is $done, 4;
 163 }
 164
 165 $seq = $seqio = undef;
 166
 167 # test query facility (again)
 168 ok $query = Bio::DB::Query::GenBank->new('-db'  => 'nucleotide',
 169                                          '-ids' => [qw(J00522 AF303112 2981014)]);
 170 SKIP: {
 171     cmp_ok $query->count, '>', 0;
 172     my @ids = $query->ids;
 173     cmp_ok @ids, '>', 0;
 174     is @ids, $query->count;
 175     $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay' => 0);
 176     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_query($query);};
 177     skip "Couldn't connect to complete GenBank query tests. Skipping those tests: $@", 4 if $@;
 178     my $done = 0;
 179     while (my $s = $seqio->next_seq) {
 180         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id};
 181         $done++;
 182     }
 183     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
 184     is $done, 3;
 185     $seqio->close(); # the key to preventing errors during make test, no idea why
 186 }
 187
 188 $seq = $seqio = undef;
 189
 190 # and yet again, for bug 2133
 191 $query = Bio::DB::Query::GenBank->new('-query'  => 'AF303112',
 192                                       '-ids' => [qw(J00522 AF303112 2981014)]);
 193 is $query->query, 'J00522[PACC]|AF303112[PACC]|2981014[UID]';
 194
 195 # test contig retrieval
 196 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay'  => 0, '-format' => 'gbwithparts');
 197 SKIP: {
 198     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('CH402638');};
 199     skip "Couldn't connect to GenBank with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 3 if $@;
 200     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 201     # now to check that postprocess_data in NCBIHelper catches CONTIG...
 202     ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay' => 0, '-format' => 'gb');
 203     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('CH402638');};
 204     skip "Couldn't connect to GenBank with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 1 if $@;
 205     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 206 }
 207
 208 $seq = $seqio = undef;
 209
 210 # bug 1405
 211 my @result;
 212 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new(-format => 'Fasta', -seq_start  => 2, -seq_stop   => 7);
 213 SKIP: {
 214     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc("A11111");};
 215     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests. Skipping those tests", 15 if $@;
 216     is $seq->length, 6;
 217     # complexity tests
 218     ok $gb = Bio::DB::GenBank->new(-format => 'Fasta', -complexity => 0);
 219     eval {$seqin = $gb->get_Stream_by_acc("5");};
 220     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests. Skipping those tests", 13 if $@;
 221     @result = (1136, 'dna', 342, 'protein');
 222     while ($seq = $seqin->next_seq) {
 223         is $seq->length, shift(@result);
 224         is $seq->alphabet, shift(@result);
 225     }
 226     is @result, 0;
 227     # Real batch retrieval using epost/efetch
 228     # these tests may change if integrated further into Bio::DB::Gen*
 229     # Currently only useful for retrieving GI's via get_seq_stream
 230     $gb = Bio::DB::GenBank->new();
 231     eval {$seqin = $gb->get_seq_stream(-uids => [4887706 ,431229, 147460], -mode => 'batch');};
 232     skip "Couldn't connect to complete GenBank batchmode epost/efetch tests. Skipping those tests", 8 if $@;
 233     my %result = ('M59757' => 12611 ,'X76083'=> 3140, 'J01670'=> 1593);
 234         my $ct = 0;
 235     while ($seq = $seqin->next_seq) {
 236                 $ct++;
 237                 my $acc = $seq->accession;
 238         ok exists $result{ $acc };
 239         is $seq->length, $result{ $acc };
 240                 delete $result{$acc};
 241     }
 242     skip('No seqs returned', 8) if !$ct;
 243         is $ct, 3;
 244     is %result, 0;
 245 }
 246
 247 $seq = $seqin = undef;
 248
 249 #
 250 # Bio::DB::GenPept
 251 #
 252 ok $gb = Bio::DB::GenPept->new();
 253 SKIP: {
 254     eval {$seqin = $gb->get_seq_stream(-uids => [2981015, 1621261, 195055], -mode => 'batch');};
 255     skip "Couldn't connect to complete GenPept tests. Skipping those tests", 8 if $@;
 256     my %result = ('AAC06201' => 353, 'CAB02640' => 193, 'AAD15290' => 136);
 257     my $ct = 0;
 258     while ($seq = $seqin->next_seq) {
 259                 $ct++;
 260                 my $acc = $seq->accession;
 261         ok exists $result{ $acc };
 262         is $seq->length, $result{ $acc };
 263                 delete $result{$acc};
 264     }
 265     skip('No seqs returned', 8) if !$ct;
 266         is $ct, 3;
 267     is %result, 0;
 268 }
 269
 270 $seq = $seqio = undef;
 271
 272 ok $gb = Bio::DB::GenPept->new('-delay' => 0);
 273 SKIP: {
 274     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('195055');};
 275     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 10 if $@;
 276     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 277     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AAC06201');};
 278     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 9 if $@;
 279     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 280     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(AAC06201 195055)]);};
 281     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 8 if $@;
 282     my $done = 0;
 283     while( my $s = $seqio->next_seq ) {
 284         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id};
 285         $done++;
 286     }
 287     skip('No seqs returned', 8) if !$done;
 288     is $done, 2;
 289     # swissprot genpept parsing
 290     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('2AAA_YEAST');};
 291     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 5 if $@;
 292     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 293
 294     # test dbsource stuff
 295     # small chance this might change but hopefully not
 296     my @annot = $seq->annotation->get_Annotations('dblink');
 297     cmp_ok(scalar(@annot), '>', 31);
 298     is $annot[0]->database, 'UniProtKB';
 299     is $annot[0]->primary_id, '2AAA_YEAST';
 300     is (($seq->annotation->get_Annotations('swissprot_dates'))[0]->value, 'Jul 1, 1993');
 301 }
 302
 303 $seq = $seqio = undef;
 304
 305 #
 306 # Bio::DB::SwissProt
 307 #
 308 ok $gb = Bio::DB::SwissProt->new(-retrievaltype =>'pipeline', -delay => 0);
 309 SKIP: {
 310     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('YNB3_YEAST');};
 311     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::Swiss.pm. Skipping those tests", 14 if $@;
 312     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 313     is $seq->division, 'YEAST';
 314
 315     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('P43780');};
 316     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::Swiss.pm. Skipping those tests", 12 if $@;
 317     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 318     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('O39869');};
 319     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::Swiss.pm. Skipping those tests", 11 if $@;
 320     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->accession_number};
 321     is $seq->accession_number, 'O39869';
 322     is $seq->division, '9PICO';
 323
 324     # test for bug #958
 325     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('P18584');};
 326     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::Swiss.pm. Skipping those tests", 8 if $@;
 327     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 328     is $seq->display_id, 'DEGP_CHLTR';
 329     is $seq->division, 'CHLTR';
 330
 331     ok $gb = Bio::DB::SwissProt->new('-retrievaltype' => 'tempfile', '-delay' => 0);
 332     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id(['NDP_MOUSE', 'NDP_HUMAN']);};
 333     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::Swiss.pm. Skipping those tests", 4 if $@;
 334     undef $gb; # testing to see if we can remove gb
 335     ok $seq = $seqio->next_seq();
 336     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 337     ok $seq = $seqio->next_seq();
 338     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 339 }
 340
 341 $seq = $seqio = undef;
 342
 343 #
 344 # Bio::DB::EntrezGene
 345 #
 346 SKIP: {
 347         test_skip(-tests => 8, -requires_module => 'Bio::ASN1::EntrezGene');
 348     use_ok('Bio::DB::EntrezGene');
 349     ok $gb = Bio::DB::EntrezGene->new(-retrievaltype => 'tempfile', -delay => 0);
 350     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([2,3064]);};
 351     skip "Couldn't connect to Entrez with Bio::DB::EntrezGene. Skipping those tests", 6 if $@;
 352     $seq = $seqio->next_seq;
 353     is $seq->display_id, "A2M";
 354     is $seq->accession_number, 2;
 355     $seq = $seqio->next_seq;
 356     is $seq->display_id, "HTT";
 357     is $seq->accession_number, 3064;
 358     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id(6099);};
 359     skip "Couldn't connect to Entrez with Bio::DB::EntrezGene. Skipping those tests", 2 if $@;
 360     is $seq->display_id, "RP";
 361     is $seq->accession_number, 6099;
 362 }
 363
 364 $seq = $seqio = undef;
 365
 366 #
 367 # Bio::DB::MeSH
 368 #
 369 ok my $mesh = Bio::DB::MeSH->new();
 370 SKIP: {
 371     my $t;
 372     eval {$t = $mesh->get_exact_term('Dietary Fats');};
 373     skip "Couldn't connect to MeSH with Bio::DB::MeSH. Skipping those tests", 3 if $@;
 374     is $t->each_twig(), 2;
 375     eval {$t = $mesh->get_exact_term("Sinus Thrombosis, Intracranial");};
 376     skip "Couldn't connect to MeSH with Bio::DB::MeSH. Skipping those tests", 2 if $@;
 377     is $t->description, "Thrombus formation in an intracranial venous sinus, including the superior sagittal, cavernous, lateral, and petrous sinuses. Etiologies include thrombosis due to infection,  DEHYDRATION, coagulation disorders (see  THROMBOPHILIA), and  CRANIOCEREBRAL TRAUMA.";
 378     is $t->id, "D012851";
 379 }
 380
 381 $seq = $seqio = undef;