t/FeatureIO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7   use lib 't/lib';
   8   use BioperlTest;
   9
  10   test_begin(-tests => 33,
  11                          -requires_module => 'Graph');
  12
  13   use_ok('Bio::FeatureIO');
  14 }
  15
  16 my $io;
  17 my $f;
  18 my $s;
  19 my $fcount;
  20 my $scount;
  21
  22 ################################################################################
  23 #
  24 # use FeatureIO::gff to read a FASTA file.
  25 #
  26 $fcount = 0;
  27 $scount = 0;
  28
  29 ok( $io = Bio::FeatureIO->new( -file => test_input_file('dna1.fa') ) );
  30
  31 #read features
  32 while($f = $io->next_feature()){
  33 warn $f;
  34   $fcount++;
  35 }
  36 is($fcount, 0);
  37
  38 #then try to read sequences again.  should get seqs now
  39 while($s = $io->next_seq()){
  40   $scount++;
  41 }
  42 is($scount,  1);
  43
  44 ################################################################################
  45 #
  46 # use FeatureIO::gff to read a GFF3 file.
  47 #
  48 $fcount = 0;
  49 $scount = 0;
  50
  51 ok( $io = Bio::FeatureIO->new( -file => test_input_file('knownGene.gff3') ) );
  52
  53 #try to read sequences first.  should be undef
  54 while($s = $io->next_seq()){
  55   $scount++;
  56 }
  57 is($scount,0);
  58
  59 #then read features
  60 while($f = $io->next_feature()){
  61   $fcount++;
  62 }
  63 is($fcount, 15);
  64
  65 #then try to read sequences again.  should still be undef
  66 while($s = $io->next_seq()){
  67   $scount++;
  68 }
  69 is($scount,0);
  70
  71 ################################################################################
  72 #
  73 # use FeatureIO::gff to read a GFF3 file w/ directivized FASTA tail
  74 #
  75 $fcount = 0;
  76 $scount = 0;
  77
  78 ok( $io = Bio::FeatureIO->new( -file => test_input_file('hybrid1.gff3') ) );
  79
  80 #try to read sequences first.  should be undef
  81 while($s = $io->next_seq()){
  82   $scount++;
  83 }
  84 is($scount , 0);
  85
  86 #then read features
  87 while($f = $io->next_feature()){
  88   $fcount++;
  89 }
  90 is($fcount , 6);
  91
  92 #then try to read sequences again.
  93 while($s = $io->next_seq()){
  94   $scount++;
  95 }
  96 is($scount , 1);
  97
  98 ################################################################################
  99 #
 100 # use FeatureIO::gff to read a GFF3 file w/ non-directivized FASTA tail
 101 #
 102 $fcount = 0;
 103 $scount = 0;
 104
 105 ok( $io = Bio::FeatureIO->new( -file => test_input_file('hybrid2.gff3') ) );
 106
 107 #try to read sequences first.  should be undef
 108 while($s = $io->next_seq()){
 109   $scount++;
 110 }
 111 is($scount , 0);
 112
 113 #then read features
 114 while($f = $io->next_feature()){
 115   $fcount++;
 116 }
 117 is($fcount , 6);
 118
 119 ################################################################################
 120 #
 121 # use FeatureIO::gff to read a GFF3 file of directives
 122 #
 123 $fcount = 0;
 124 $scount = 0;
 125
 126 ok( $io = Bio::FeatureIO->new(-file => test_input_file('directives.gff3'),
 127                                                           -verbose => test_debug() ? test_debug() : -1));
 128
 129 #read features
 130 while($f = $io->next_feature()){
 131   $fcount++;
 132 }
 133 is($fcount , 1); #sequence-region
 134
 135 ################################################################################
 136 #
 137 # use FeatureIO::gff to read a GFF3 file as aggregated feature groups
 138 #
 139 $fcount = 0;
 140 $scount = 0;
 141
 142 ok( $io = Bio::FeatureIO->new( -file => test_input_file('hybrid1.gff3') ) );
 143
 144 #try to read sequences first.  should be undef
 145 while($s = $io->next_seq()){
 146   $scount++;
 147 }
 148 is($scount , 0);
 149
 150 #read feature groups
 151 $f = $io->next_feature_group();
 152 is($f , 1);
 153 $f = $io->next_feature_group();
 154 is($f , 0);
 155
 156 #then try to read sequences again.
 157 while($s = $io->next_seq()){
 158   $scount++;
 159 }
 160 is($scount , 1);
 161
 162 ################################################################################
 163 #
 164 # use FeatureIO::gff to read a PTT file.
 165 #
 166 $fcount = 0;
 167
 168 my $ptt_in = Bio::FeatureIO->new(
 169   -file => test_input_file('test.ptt'),
 170   -format => 'ptt',
 171 );
 172 ok($ptt_in);
 173
 174 while (my $f = $ptt_in->next_feature) {
 175   $fcount++;
 176   if ($fcount==2) {
 177     # 2491..3423  + 310 24217063  metF  LB002 - COG0685E  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
 178     is( $f->start , 2491 );
 179     is( $f->end , 3423 );
 180     cmp_ok( $f->strand, '>', 0 );
 181     is( ($f->get_tag_values('PID'))[0],'24217063' );
 182     is( ($f->get_tag_values('Gene'))[0], 'metF' );
 183     is( ($f->get_tag_values('Synonym'))[0], 'LB002' );
 184     ok( ! $f->has_tag('Code') );
 185     is( ($f->get_tag_values('COG'))[0],'COG0685E' );
 186     is( ($f->get_tag_values('Product'))[0], '5,10-methylenetetrahydrofolate reductase' );
 187   }
 188 }
 189 is($fcount , 367);