.travis.yml

   1 language: perl
   2 perl:
   3   - "5.20"
   4   - "5.18"
   5   - "5.16"
   6   - "5.14"
   7   - "5.12"
   8   - "5.10"
   9
  10 env: PERL_CPANM_OPT="--notest --force --skip-satisfied"
  11
  12 install:
  13     #This should solve problem installing Perl's DB_File & GraphViz
  14     - "sudo apt-get install libdb-dev graphviz libgd2-xpm-dev libxml2-dev 2>&1 | tail -n 4"
  15     #These are recommended or required Perl libraries:
  16     - "cpanm GD 2>&1 | tail -n 1"
  17     - "cpanm HTML::TableExtract DBI Data::Stag DB_File 2>&1 | tail -n 1"
  18     - "cpanm DBD::mysql DBD::Pg DBD::SQLite 2>&1 | tail -n 1"
  19     - "cpanm Algorithm::Munkres Array::Compare Convert::Binary::C Error 2>&1 | tail -n 1"
  20     - "cpanm Graph SVG SVG::Graph GraphViz 2>&1 | tail -n 1"
  21     - "cpanm XML::DOM::XPath XML::Parser XML::Parser::PerlSAX 2>&1 | tail -n 1"
  22     - "cpanm XML::SAX XML::SAX::Writer XML::Simple XML::LibXML XML::Twig XML::Writer 2>&1 | tail -n 1"
  23     - "cpanm PostScript::TextBlock Set::Scalar Sort::Naturally YAML | tail -n 1"
  24     - "cpanm Math::Random SOAP::Lite Spreadsheet::ParseExcel | tail -n 1"
  25     - "cpanm Bio::ASN1::EntrezGene | tail -n 1"
  26     - "cpanm Bio::Phylo | tail -n 1"
  27     - "cpanm Test::Weaken | tail -n 1"
  28     - "cpanm Test::Memory::Cycle | tail -n 1"
  29     #Test coverage from Coveralls
  30     #- cpanm --quiet --notest Devel::Cover::Report::Coveralls
  31     #for some reason tests and deps aren't skipped here.  Will have to look into it more...
  32     #git repos, seems to only work for simple checkouts, so pure perl only (TODO: look into before_script for more detail)
  33     #- "git clone https://github.com/bioperl/Bio-Root.git; export PERL5LIB=$( pwd )/Bio-Root/lib:$PERL5LIB"
  34     #This installs BioPerl itself:
  35     - "perl ./Build.PL --accept"
  36
  37 script:
  38     - "./Build test"
  39     #Devel::Cover coverage options are: statement, branch, condition, path, subroutine, pod, time, all and none
  40     #- "./Build build && cover -test -report coveralls" #complete version coverage test
  41     #- PERL5OPT=-MDevel::Cover=+ignore,prove,-coverage,statement,subroutine prove -lr t #limited version coverage test
  42     #- cover -report coveralls
  43
  44 #TODO - send emails to bioperl-guts-l
  45 notifications:
  46   email:
  47     recipients:
  48       - bioperl-guts-l@lists.open-bio.org
  49       - cjfields1@gmail.com
  50     on_success: change
  51     on_failure: change
  52
  53 # whitelist branches
  54 branches:
  55   only:
  56     - master