t/Tree/TreeIO/lintree.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: TreeIO.t 14580 2008-03-01 17:01:30Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 24);
  10     use_ok('Bio::TreeIO');
  11 }
  12
  13 my $verbose = test_debug();
  14
  15 # try lintree parsing
  16 my $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'lintree',
  17                               -file   => test_input_file('crab.njb'));
  18
  19 my ($tree, @leaves, $node);
  20 while( $tree = $treeio->next_tree ) {
  21
  22     isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
  23
  24     my @nodes = $tree->get_nodes;
  25
  26     @leaves = $tree->get_leaf_nodes;
  27     is(@leaves, 13);
  28 #\maj    is(@nodes, 25);
  29     is(@nodes, 24);
  30     ($node) = $tree->find_node(-id => '18');
  31     ok($node);
  32     is($node->id, '18');
  33     is($node->branch_length, '0.030579');
  34     is($node->bootstrap, 998);
  35 }
  36
  37 $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'lintree',
  38                            -file   => test_input_file('crab.nj'));
  39
  40 $tree = $treeio->next_tree;
  41
  42 isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
  43
  44 my @nodes = $tree->get_nodes;
  45 @leaves = $tree->get_leaf_nodes;
  46 is(@leaves, 13);
  47 #/maj is(@nodes, 25);
  48 is(@nodes, 24); #/maj
  49 ($node) = $tree->find_node('18');
  50 is($node->id, '18');
  51 is($node->branch_length, '0.028117');
  52
  53 ($node) = $tree->find_node(-id => 'C-vittat');
  54 is($node->id, 'C-vittat');
  55 is($node->branch_length, '0.087619');
  56 is($node->ancestor->id, '14');
  57
  58 $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'lintree',
  59                           -file   => test_input_file('crab.dat.cn'));
  60
  61 $tree = $treeio->next_tree;
  62
  63 isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
  64
  65 @nodes = $tree->get_nodes;
  66 @leaves = $tree->get_leaf_nodes;
  67 is(@leaves, 13, "Leaf nodes");
  68
  69 #/maj is(@nodes, 25, "All nodes");
  70 is(@nodes, 24, "All nodes"); #/maj
  71 ($node) = $tree->find_node('18');
  72 is($node->id, '18');
  73
  74 is($node->branch_length, '0.029044');
  75
  76 ($node) = $tree->find_node(-id => 'C-vittat');
  77 is($node->id, 'C-vittat');
  78 is($node->branch_length, '0.097855');
  79 is($node->ancestor->id, '14');