t/Tools/Est2Genome.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use Bio::Root::Test;
   8
   9         test_begin(-tests => 61);
  10
  11         use_ok('Bio::Tools::Est2Genome');
  12 }
  13
  14 my $parser = Bio::Tools::Est2Genome->new(-file   => test_input_file('hs_est.est2genome'));
  15
  16 ok($parser);
  17 my $feature_set = $parser->parse_next_gene;
  18 like(ref($feature_set), qr/ARRAY/i );
  19
  20 is(scalar @$feature_set, 7);
  21 my @exons = grep { $_->primary_tag eq 'Exon' } @$feature_set;
  22 my @introns = grep { $_->primary_tag eq 'Intron' } @$feature_set;
  23
  24 my @expected_exons = ( [695,813,1,1,119,1],
  25                        [1377,1493,1,120,236,1],
  26                        [1789,1935,1,237,382,1],
  27                        [2084,2180,1,383,479,1]);
  28 my @expected_introns = ( [814,1376,1],
  29                          [1494,1788,1],
  30                          [1936,2083,1] );
  31
  32 foreach my $e ( @exons ) {
  33     my $test_e = shift @expected_exons;
  34     my $i = 0;
  35     is($e->query->start, $test_e->[$i++]);
  36     is($e->query->end, $test_e->[$i++]);
  37     is($e->query->strand, $test_e->[$i++]);
  38
  39     is($e->hit->start, $test_e->[$i++]);
  40     is($e->hit->end, $test_e->[$i++]);
  41     is($e->hit->strand, $test_e->[$i++]);
  42 }
  43 ok(! @expected_exons);
  44 foreach my $intron ( @introns ) {
  45     my $test_i = shift @expected_introns;
  46     my $i = 0;
  47     is($intron->start, $test_i->[$i++]);
  48     is($intron->end, $test_i->[$i++]);
  49     is($intron->strand, $test_i->[$i++]);
  50 }
  51 ok(! @expected_introns);
  52
  53 $parser = Bio::Tools::Est2Genome->new(-file   => test_input_file('hs_est.est2genome'));
  54
  55 ok($parser);
  56 my $gene = $parser->parse_next_gene(1);
  57 @expected_exons = ( [695,813,1,1,119,1],
  58                        [1377,1493,1,120,236,1],
  59                        [1789,1935,1,237,382,1],
  60                        [2084,2180,1,383,479,1]);
  61 @expected_introns = ( [814,1376,1],
  62                          [1494,1788,1],
  63                          [1936,2083,1] );
  64
  65 foreach my $trans($gene->transcripts){
  66    my @exons = $trans->exons;
  67    foreach my $e(@exons){
  68     my $test_e = shift @expected_exons;
  69     my $i = 0;
  70     is($e->start, $test_e->[$i++]);
  71     is($e->end, $test_e->[$i++]);
  72     is($e->strand, $test_e->[$i++]);
  73   }
  74   my @introns = $trans->introns;
  75   foreach my $intron ( @introns ) {
  76     my $test_i = shift @expected_introns;
  77     my $i = 0;
  78     is($intron->start, $test_i->[$i++]);
  79     is($intron->end, $test_i->[$i++]);
  80     is($intron->strand, $test_i->[$i++]);
  81   }
  82 }