t/SeqTools/Backtranslate.t

   1 use strict;
   2 use warnings;
   3
   4 BEGIN {
   5     use Bio::Root::Test;
   6     test_begin( -tests => 8, -requires_module => 'List::MoreUtils');
   7 }
   8
   9 use_ok 'Bio::Tools::SeqPattern::Backtranslate';
  10
  11 can_ok 'Bio::Tools::SeqPattern::Backtranslate', '_reverse_translate_motif';
  12
  13 my @data;
  14 while (<DATA>) {
  15     chomp;
  16     push @data, [split];
  17 }
  18
  19 foreach my $line (@data) {
  20     if ( $line->[1] ) {
  21         is _reverse_translate_motif( $line->[0] ), $line->[1];
  22     } else {
  23         throws_ok { _reverse_translate_motif( $line->[0] ) }
  24         qr/syntax token/;
  25     }
  26 }
  27
  28 __DATA__
  29 MAEELKAVAP ATGGCNGARGARYTNAARGCNGTNGCNCCN
  30 LKGHB[WhYq]Q YTNAARGGNCAYRAYYRNCAR
  31 (LK){2,3}[^GHB][WHYQ]Q (YTNAAR){2,3}HBNYRNCAR
  32 LK[^GHB][WHYQ]Q YTNAARHBNYRNCAR
  33 (LK){2,3}[^GHB][WHYQ]QX.X (YTNAAR){2,3}HBNYRNCARNNNNNNNNN
  34 /&%/&%(/)(/%