t/AlignIO/selex.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: selex.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 4);
  10
  11         use_ok('Bio::AlignIO::selex');
  12 }
  13
  14 my $DEBUG = test_debug();
  15
  16 my ($str,$aln,$strout,$status);
  17
  18 # SELEX
  19 $str = Bio::AlignIO->new(
  20     '-file' => test_input_file("testaln.selex"),
  21                            '-format' => 'selex');
  22 $aln = $str->next_aln();
  23 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  24 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'HSFAU/1-518', "selex format test ";
  25
  26 $strout = Bio::AlignIO->new(
  27    '-file' => ">".test_output_file(),
  28                               '-format' => 'selex');
  29 $status = $strout->write_aln($aln);
  30 is $status, 1, "selex output test";