t/AlignIO/po.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: po.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 11);
  10
  11         use_ok('Bio::AlignIO::po');
  12 }
  13
  14 my $DEBUG = test_debug();
  15
  16 my ($str,$aln,$strout,$status);
  17
  18 # POA
  19 # just skip on perl 5.6.0 and earlier as it causes a crash on
  20 # default perl with OS X 10.2
  21 # fink perl 5.6.0 does not seem to have the problem
  22 # can't figure out what it is so just skip for now
  23 SKIP: {
  24         skip("skipping due to bug in perl 5.6.0 that comes with OS X 10.2", 10) unless ($^O ne 'darwin' || $] > 5.006);
  25
  26         $str = Bio::AlignIO->new(
  27                           -file   => test_input_file('testaln.po'),
  28                           -format => 'po',
  29                           );
  30         isa_ok($str, 'Bio::AlignIO');
  31         $aln = $str->next_aln();
  32         isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  33         is $aln->num_sequences, 6;
  34
  35         # output is? i.e. does conversion from clustalw to po give the same alignment?
  36         $str = Bio::AlignIO->new(
  37                   '-file'   => test_input_file('testaln.clustalw'),
  38                   '-format' => 'clustalw');
  39         isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  40         $aln = $str->next_aln();
  41         isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  42         $strout = Bio::AlignIO->new(
  43                  '-file'   => ">" . test_output_file(),
  44                  '-format' => 'po');
  45         $status = $strout->write_aln($aln);
  46         is $status, 1, "po output test";
  47
  48         $str = Bio::AlignIO->new(
  49                  '-file'   => test_input_file('testaln.po'),
  50                  '-format' => 'po');
  51         isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  52         my $aln2 = $str->next_aln();
  53         isa_ok($aln2,'Bio::Align::AlignI');
  54         is $aln2->num_sequences, $aln->num_sequences;
  55         is $aln2->length, $aln->length;
  56 }