t/AlignIO/mase.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: mase.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 3);
  10
  11         use_ok('Bio::AlignIO::mase');
  12 }
  13
  14 my $DEBUG = test_debug();
  15
  16 my ($str,$aln,$strout,$status);
  17
  18 # MASE
  19 $str = Bio::AlignIO->new(
  20    '-file' => test_input_file("testaln.mase"),
  21                            '-format' => 'mase');
  22 $aln = $str->next_aln();
  23 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  24 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/1-318', "mase input test ";
  25