t/data/aaml.mlc

   1 AAML (in paml 3.12 February 2002)    stewart.aa   Model: Empirical (wag.dat)
   2 ns = 6          ls = 130
   3 # site patterns = 98
   4     4    1    1    1    1    8    2    1    6    1    1    3    1    1    1
   5     1    1    4    2    1    1    3    1    4    1    1    1    1    1    1
   6     3    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    2    2    2    1
   7     1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
   8     1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
   9     1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
  10     1    1    1    1    1    1    1    1
  11
  12 Langur                KIFERCELAR TLKLGLDGYK VSNWVLAKWG NTETYNPGDE TDYIFQSRYN NGTPGAVDAH ISSALQNNIA DAVARVVSDP QIRVRNHQNK VSQVKGGV
  13 Baboon                .......... ..R......R I........D ..Q......Q .......H.. D......N.. ..N...D..T .......... .........R ....Q...
  14 Human                 .V........ ..R..M...R I...M..... ..R...A..R .......... D......N.. L.....D... .......R.. ......R..R .R..Q...
  15 Rat                   .TY....F.. ..RN.MS..Y ..D....QHN ..QR.D...Q .......... D...R.KN.G .P....DD.T Q.IQ...R.. ....QR.K.R L.GIRN..
  16 Cow                   .V........ .......... ....L.T..S ..K....SS. .......KW. D...N...G. V..EME.D.. K...KI..E- ..T.KS.RDH ..S.E.TL
  17 Horse                 .V.SK....H K.AQEM..FG Y....M.EYN ..RFGKNANG S..L..NKWK DN-RSSSN.N .M.K.DE..D .DIS...R.. KMSKVK.KD. L.ELASNL
  18
  19
  20
  21
  22 Frequencies..
  23                                     A      R      N      D      C      Q      E      G      H      I      L      K      M      F      P      S      T      W      Y      V
  24 Langur                         0.1000 0.0462 0.0846 0.0538 0.0615 0.0385 0.0385 0.0846 0.0154 0.0462 0.0615 0.0692 0.0000 0.0154 0.0231 0.0615 0.0385 0.0385 0.0462 0.0769
  25 Baboon                         0.0923 0.0615 0.0846 0.0692 0.0615 0.0615 0.0231 0.0769 0.0231 0.0538 0.0615 0.0385 0.0000 0.0154 0.0231 0.0538 0.0462 0.0385 0.0462 0.0692
  26 Human                          0.1077 0.1077 0.0769 0.0615 0.0615 0.0462 0.0231 0.0846 0.0077 0.0385 0.0615 0.0385 0.0154 0.0154 0.0154 0.0462 0.0385 0.0385 0.0462 0.0692
  27 Rat                            0.0846 0.0923 0.0692 0.0692 0.0615 0.0692 0.0231 0.0769 0.0154 0.0538 0.0462 0.0462 0.0077 0.0154 0.0308 0.0538 0.0462 0.0308 0.0615 0.0462
  28 Cow                            0.0775 0.0233 0.0620 0.0543 0.0620 0.0155 0.0620 0.0620 0.0233 0.0388 0.0698 0.0930 0.0078 0.0155 0.0155 0.1008 0.0620 0.0465 0.0388 0.0698
  29 Horse                          0.0853 0.0310 0.1008 0.0775 0.0620 0.0155 0.0465 0.0543 0.0155 0.0233 0.0775 0.1163 0.0310 0.0388 0.0078 0.1008 0.0078 0.0388 0.0310 0.0388
  30
  31 Average                        0.0913 0.0604 0.0797 0.0643 0.0617 0.0411 0.0360 0.0733 0.0167 0.0424 0.0630 0.0668 0.0103 0.0193 0.0193 0.0694 0.0398 0.0386 0.0450 0.0617
  32 (Ambiguity characters are used to calculate freqs.)
  33
  34
  35 # constant sites:     46 (35.38%)
  36 AA distances (raw proportions of different sites)
  37
  38 Langur
  39 Baboon           0.1077
  40 Human            0.1385  0.1077
  41 Rat              0.2923  0.2538  0.2846
  42 Cow              0.2462  0.3000  0.3154  0.4231
  43 Horse            0.5000  0.5000  0.4923  0.4923  0.5462
  44
  45 TREE #  1:  (((1, 2), 3), 4, (5, 6));   MP score: -1
  46 lnL(ntime:  9  np:  9):  -1042.768973     +0.000000
  47    7..8     8..9     9..1     9..2     8..3     7..4     7..10   10..5    10..6
  48   0.00950  0.02220  0.08009  0.03337  0.06233  0.27133  0.09393  0.24105  0.58792
  49
  50 tree length =   1.40172
  51
  52 (((1:0.080088, 2:0.033370):0.022202, 3:0.062325):0.009497, 4:0.271333, (5:0.241055, 6:0.587920):0.093926);
  53
  54 (((Langur:0.080088, Baboon:0.033370):0.022202, Human:0.062325):0.009497, Rat:0.271333, (Cow:0.241055, Horse:0.587920):0.093926);