t/Structure/Structure.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 51);
  11
  12         use_ok('Bio::Structure::Entry');
  13         use_ok('Bio::Structure::Model');
  14         use_ok('Bio::Structure::Chain');
  15         use_ok('Bio::Structure::Residue');
  16         use_ok('Bio::Structure::Atom');
  17 }
  18
  19 ok my $entry = Bio::Structure::Entry->new;
  20 isa_ok $entry, 'Bio::Structure::Entry';
  21
  22 ok my $model = Bio::Structure::Model->new;
  23 isa_ok $model, 'Bio::Structure::Model';
  24
  25 ok my $chain = Bio::Structure::Chain->new;
  26 isa_ok $chain, 'Bio::Structure::Chain';
  27
  28 ok my $residue = Bio::Structure::Residue->new;
  29 isa_ok $residue, 'Bio::Structure::Residue';
  30
  31 ok my $atom = Bio::Structure::Atom->new;
  32 isa_ok $atom, 'Bio::Structure::Atom';
  33
  34 # adding/removing to Entry
  35 my $m1 = Bio::Structure::Model->new;
  36 $entry->model($m1);
  37 is $entry->model,1;
  38 my $m2 = Bio::Structure::Model->new;
  39 $entry->add_model($m2);
  40 is $entry->get_models, 2;
  41
  42 $entry->model($m2);
  43 is $entry->model, 1;
  44 my @m = ($m1, $m2);
  45 $entry->model(\@m);
  46 is $entry->model, 2;
  47
  48 # does $m2 gest orphaned
  49 $entry->model($m1);
  50 is $entry->parent($m2), undef;
  51
  52
  53 # adding/removing to Model
  54 my $c1 = Bio::Structure::Chain->new;
  55 $entry->add_chain($model,$c1);
  56 is $entry->get_chains($model),1;
  57 my $c2 = Bio::Structure::Chain->new;
  58 $entry->add_chain($model,$c2);
  59 is $entry->get_chains($model), 2;
  60 isa_ok $entry->parent($c1), 'Bio::Structure::Model';
  61 is $entry->parent($c1), $entry->parent($c2);
  62
  63
  64 # adding/removing to Chain
  65 my $r1 = Bio::Structure::Residue->new;
  66 $entry->add_residue($chain,$r1);
  67 is $entry->get_residues($chain),1;
  68 my $r2 = Bio::Structure::Residue->new;
  69 $entry->add_residue($chain,$r2);
  70 is $entry->get_residues($chain), 2;
  71
  72 isa_ok $entry->parent($r2), 'Bio::Structure::Chain';
  73 is $entry->parent($r1), $entry->parent($r2);
  74
  75 # adding/removing to Residue
  76 $entry->add_atom($residue,$atom);
  77 is $entry->get_atoms($residue),1;
  78 my $a2 = Bio::Structure::Atom->new;
  79 my $a3 = Bio::Structure::Atom->new;
  80 my $a4 = Bio::Structure::Atom->new;
  81 my $a5 = Bio::Structure::Atom->new;
  82 my $a6 = Bio::Structure::Atom->new;
  83 $entry->add_atom($residue,$a2);
  84 is $entry->get_atoms($residue), 2;
  85
  86 my @a = ($a3, $a4, $a5);
  87 $entry->add_atom($r2,\@a);
  88 is $entry->get_atoms($r2), 3;
  89
  90 isa_ok $entry->parent($a2), 'Bio::Structure::Residue';
  91 is $entry->parent($a3), $entry->parent($a5);
  92
  93
  94 $atom->x(10.234);
  95 is $atom->x, 10.234;
  96 my $y = 12.345;
  97 $atom->y($y);
  98 is $atom->y, $y;
  99 my $z = $atom->x - $y;
 100 $atom->z($z);
 101 is $atom->z, -2.111;
 102 my @xyz = $atom->xyz;
 103 is (scalar (@xyz), 3);
 104
 105 is $xyz[0], 10.234;
 106 is $xyz[1], 12.345;
 107 is $xyz[2], -2.111;
 108
 109 ok my $e2 = Bio::Structure::Entry->new(-id => "Entry 2");
 110 is $e2->id, "Entry 2";
 111 ok my $m3 = Bio::Structure::Model->new(-id => "Model 2");
 112 is $m3->id, "Model 2";
 113 ok my $c3 = Bio::Structure::Chain->new(-id => "Chain 2");
 114 is $c3->id, "Chain 2";
 115 ok my $r3 = Bio::Structure::Residue->new(-id => "Residue 2");
 116 is $r3->id, "Residue 2";
 117 ok $a2 = Bio::Structure::Atom->new(-id => "Atom 2");
 118 is $a2->id, "Atom 2";
 119
 120 $entry->add_atom($r3,$a6);
 121 $entry->add_residue($c3,$r3);
 122 is $entry->parent( $entry->parent($a6) )->id , "Chain 2";