t/SeqFeature/FeatureIO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 50,
  11                -requires_module => 'Graph');
  12
  13     use_ok('Bio::FeatureIO');
  14 }
  15
  16 my $io;
  17 my $f;
  18 my $s;
  19 my $fcount;
  20 my $scount;
  21
  22 ################################################################################
  23 #
  24 # use FeatureIO::gff to read a FASTA file.
  25 #
  26 $fcount = 0;
  27 $scount = 0;
  28
  29 ok( $io = Bio::FeatureIO->new( -file => test_input_file('dna1.fa') ) );
  30
  31 #read features
  32 while($f = $io->next_feature()){
  33     warn $f;
  34     $fcount++;
  35 }
  36 is($fcount, 0);
  37
  38
  39 #then try to read sequences again.  should get seqs now
  40 while($s = $io->next_seq()){
  41     $scount++;
  42     TODO: {
  43         local $TODO = 'How did this ever work?!?';
  44         if ($scount == 1) {
  45             is($s->seq, 'Test1');
  46         }
  47     }
  48 }
  49 is($scount,  1);
  50
  51 ################################################################################
  52 #
  53 # use FeatureIO::gff to read a GFF3 file.
  54 #
  55 $fcount = 0;
  56 $scount = 0;
  57
  58 ok( $io = Bio::FeatureIO->new( -file => test_input_file('knownGene.gff3') ) );
  59
  60 #try to read sequences first.  should be undef
  61 while($s = $io->next_seq()){
  62     $scount++;
  63 }
  64 is($scount,0);
  65
  66 #then read features
  67 while($f = $io->next_feature()){
  68     $fcount++;
  69 }
  70 is($fcount, 15);
  71
  72 #then try to read sequences again.  should still be undef
  73 while($s = $io->next_seq()){
  74     $scount++;
  75 }
  76 is($scount,0);
  77
  78 ################################################################################
  79 #
  80 # use FeatureIO::gff to read a GFF3 file w/ directivized FASTA tail
  81 #
  82 $fcount = 0;
  83 $scount = 0;
  84
  85 ok( $io = Bio::FeatureIO->new( -file => test_input_file('hybrid1.gff3') ) );
  86
  87 #try to read sequences first.  should be undef
  88 is $io->seqio, undef;
  89 while($s = $io->next_seq()){
  90     $scount++;
  91 }
  92 is($scount , 0);
  93
  94 #then read features
  95 while($f = $io->next_feature()){
  96     $fcount++;
  97 }
  98 is($fcount , 6);
  99
 100 #then try to read sequences again.
 101 isa_ok $io->seqio, 'Bio::SeqIO';
 102 while($s = $io->next_seq()){
 103     $scount++;
 104     isa_ok $s, 'Bio::Seq';
 105     TODO: {
 106         local $TODO = 'How did this ever work?!?';
 107         if ($scount == 1) {
 108             is($s->seq, 'Test1');
 109         }
 110     }
 111 }
 112 is($scount , 1);
 113
 114 ################################################################################
 115 #
 116 # use FeatureIO::gff to read a GFF3 file w/ non-directivized FASTA tail
 117 #
 118 $fcount = 0;
 119 $scount = 0;
 120
 121 ok( $io = Bio::FeatureIO->new( -file => test_input_file('hybrid2.gff3') ) );
 122
 123 #try to read sequences first.  should be undef
 124 while($s = $io->next_seq()){
 125     $scount++;
 126 }
 127 is($scount , 0);
 128
 129 #then read features
 130 while($f = $io->next_feature()){
 131     $fcount++;
 132 }
 133 is($fcount , 6);
 134
 135 ################################################################################
 136 #
 137 # use FeatureIO::gff to read a GFF3 file of directives
 138 #
 139 $fcount = 0;
 140 $scount = 0;
 141
 142 ok( $io = Bio::FeatureIO->new(-file => test_input_file('directives.gff3'),
 143                               -verbose => test_debug() ? test_debug() : -1));
 144
 145 #read features
 146 while($f = $io->next_feature()){
 147     $fcount++;
 148 }
 149 is($fcount , 1); #sequence-region
 150
 151 ################################################################################
 152 #
 153 # use FeatureIO::gff to read a GFF3 file as aggregated feature groups
 154 #
 155 $fcount = 0;
 156 $scount = 0;
 157
 158 ok( $io = Bio::FeatureIO->new( -file => test_input_file('hybrid1.gff3') ) );
 159
 160 #try to read sequences first.  should be undef
 161 while($s = $io->next_seq()){
 162     $scount++;
 163 }
 164 is($scount , 0);
 165
 166 #read feature groups
 167 $f = $io->next_feature_group();
 168 is($f , 1);
 169 $f = $io->next_feature_group();
 170 is($f , 0);
 171
 172 #then try to read sequences again.
 173 while($s = $io->next_seq()){
 174     $scount++;
 175     TODO: {
 176         local $TODO = 'How did this ever work?!?';
 177         if ($scount == 1) {
 178             is($s->seq, 'Test1');
 179         }
 180     }
 181 }
 182 is($scount , 1);
 183
 184
 185 ################################################################################
 186 #
 187 # use FeatureIO::bed to read a bed file
 188 #
 189 ok($io = Bio::FeatureIO->new(-file => test_input_file('1.bed')));
 190
 191 ok($f = $io->next_feature);
 192 # Check correct conversion of [0, feature-end+1) bed-coordinates into [1, feature-end]
 193 # bioperl coordinates.  (here: bed [0, 10))
 194 is($f->start, 1);
 195 is($f->end, 10);
 196
 197 # Check field values.
 198 my @tags = $f->get_tag_values("Name");
 199 is(scalar(@tags), 1);
 200 is($tags[0], "test-coordinates-1");
 201
 202 is($f->seq_id, "chr1");
 203
 204
 205
 206
 207
 208 ################################################################################
 209 #
 210 # use FeatureIO::ptt to read a PTT file.
 211 #
 212 $fcount = 0;
 213
 214 my $ptt_in = Bio::FeatureIO->new(
 215     -file => test_input_file('test.ptt'),
 216     -format => 'ptt',
 217     );
 218 ok($ptt_in);
 219
 220 while (my $f = $ptt_in->next_feature) {
 221     $fcount++;
 222     if ($fcount==2) {
 223         # 2491..3423  + 310 24217063  metF  LB002 - COG0685E  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
 224         is( $f->start , 2491 );
 225         is( $f->end , 3423 );
 226         cmp_ok( $f->strand, '>', 0 );
 227         is( ($f->get_tag_values('PID'))[0],'24217063' );
 228         is( ($f->get_tag_values('Gene'))[0], 'metF' );
 229         is( ($f->get_tag_values('Synonym'))[0], 'LB002' );
 230         ok( ! $f->has_tag('Code') );
 231         is( ($f->get_tag_values('COG'))[0],'COG0685E' );
 232         is( ($f->get_tag_values('Product'))[0], '5,10-methylenetetrahydrofolate reductase' );
 233     }
 234 }
 235 is($fcount , 367);
 236
 237 ################################################################################
 238 #
 239 # use FeatureIO::vecscreen_simple to read a vecscreen file
 240 #
 241
 242
 243 {
 244     my @expected_features =
 245         (
 246          {
 247              'seq_id' => 'C02HBa0072A04.1',
 248              'primary_tag' => 'moderate_match',
 249              'end' => '60548',
 250              'start' => '60522'
 251          },
 252          {
 253              'seq_id' => 'SL_FOS91h17_SP6_0',
 254              'primary_tag' => 'strong_match',
 255              'end' => '122',
 256              'start' => '60'
 257          },
 258          {
 259              'seq_id' => 'SL_FOS91h18_T7_0',
 260              'primary_tag' => 'strong_match',
 261              'end' => '102',
 262              'start' => '35'
 263          },
 264          {
 265              'seq_id' => 'SL_FOS91h18_T7_0',
 266              'primary_tag' => 'moderate_match',
 267              'end' => '103',
 268              'start' => '76'
 269          },
 270          {
 271              'seq_id' => 'SL_FOS91h18_T7_0',
 272              'primary_tag' => 'weak_match',
 273              'end' => '104',
 274              'start' => '82'
 275          },
 276          {
 277              'seq_id' => 'SL_FOS91h18_T7_0',
 278              'primary_tag' => 'suspect_origin',
 279              'end' => '34',
 280              'start' => '1'
 281          },
 282          {
 283              'seq_id' => 'SL_FOS91i01_SP6_0',
 284              'primary_tag' => 'strong_match',
 285              'end' => '110',
 286              'start' => '46'
 287          },
 288          {
 289              'seq_id' => 'SL_FOS91i01_SP6_0',
 290              'primary_tag' => 'suspect_origin',
 291              'end' => '45',
 292              'start' => '1'
 293          },
 294          {
 295              'seq_id' => 'SL_FOS92b12_T7_0',
 296              'primary_tag' => 'strong_match',
 297              'end' => '108',
 298              'start' => '41'
 299          },
 300          {
 301              'seq_id' => 'SL_FOS92b12_T7_0',
 302              'primary_tag' => 'moderate_match',
 303              'end' => '109',
 304              'start' => '82'
 305          },
 306          {
 307              'seq_id' => 'SL_FOS92b12_T7_0',
 308              'primary_tag' => 'weak_match',
 309              'end' => '110',
 310              'start' => '88'
 311          },
 312          {
 313              'seq_id' => 'SL_FOS92b12_T7_0',
 314              'primary_tag' => 'weak_match',
 315              'end' => '1329',
 316              'start' => '1313'
 317          },
 318          {
 319              'seq_id' => 'SL_FOS92b12_T7_0',
 320              'primary_tag' => 'suspect_origin',
 321              'end' => '40',
 322              'start' => '1'
 323          },
 324          {
 325              'seq_id' => 'SL_FOS92b12_T7_0',
 326              'primary_tag' => 'suspect_origin',
 327              'end' => '1334',
 328              'start' => '1330'
 329          }
 330         );
 331     my @vs_features;
 332     my $vs_in = Bio::FeatureIO->new( -file => test_input_file('vecscreen_simple.test_output'),
 333                                      -format => 'vecscreen_simple',
 334         );
 335     ok( $vs_in );
 336     while(my $feat = $vs_in->next_feature) {
 337         push @vs_features,$feat;
 338     }
 339
 340     #convert the array of feature objects to something that can more easily be checked with is_deeply
 341     @vs_features = map {
 342         my $f = $_;
 343         my $rec = { map {$_ => $f->$_()} qw/start end primary_tag seq_id/ };
 344     } @vs_features;
 345
 346     is_deeply(\@vs_features,\@expected_features,'vecscreen_simple gets the correct features');
 347 }
 348
 349 ###############################################################################
 350 #
 351 # use FeatureIO to get some attributes from a GFF file
 352 #
 353
 354 ok( $io = Bio::FeatureIO->new( -file => test_input_file('knownGene.gff3') ) );
 355
 356 while($f = $io->next_feature()){
 357     if ($f->get_Annotations('Target')) {
 358         # the last feature in the file should have a Target attribute
 359         my $value_obj = $f->get_Annotations('Target');
 360         is($value_obj->target_id, "BC046356.1%20space%20test");
 361     }
 362 }
 363