t/data/bug2937.fasta

   1  /usr/local/fasta3/bin/fasta35 -O test_revcomp.fasta35 test_revcomp.fa clusters.fasta
   2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 35.04 Mar. 26, 2009
   3 Please cite:
   4  W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
   5
   6 Query: ILTV-miR1, 70 nt
   7   1>>>ILTV-miR1  - 70 nt - 70 nt
   8 Library: clusters.fasta 3924656 residues in 179575 sequences
   9
  10        opt      E()
  11 < 20  8261     0:==============================
  12   22    16     0:=          one = represents 279 library sequences
  13   24     5     0:=
  14   26    38     4:*
  15   28   262    41:*
  16   30   712   247:*==
  17   32  1499   956:===*==
  18   34  4618  2593:=========*=======
  19   36  5199  5325:===================*
  20   38  7360  8800:===========================    *
  21   40  9090 12276:=================================          *
  22   42 15194 15005:=====================================================*=
  23   44 16710 16552:===========================================================*
  24   46 14217 16859:===================================================        *
  25   48 11294 16141:=========================================                *
  26   50 13398 14728:=================================================   *
  27   52 14142 12949:==============================================*====
  28   54 10605 11060:=======================================*
  29   56  6654  9239:========================         *
  30   58  7042  7585:========================== *
  31   60  7276  6144:======================*====
  32   62  9388  4926:=================*================
  33   64  3357  3918:============= *
  34   66  3240  3096:===========*
  35   68  3655  2435:========*=====
  36   70  1842  1909:======*
  37   72  1001  1491:==== *
  38   74   718  1163:=== *
  39   76   747   905:===*
  40   78   478   703:==*
  41   80   334   546:=*
  42   82   284   418:=*
  43   84   196   331:=*
  44   86   156   256:*
  45   88   126   198:*          inset = represents 2 library sequences
  46   90    96   153:*
  47   92    79   119:*         :=======================================*
  48   94    47    92:*         :========================               *
  49   96    40    71:*         :====================               *
  50   98    33    55:*         :=================          *
  51  100    24    43:*         :============         *
  52  102    12    33:*         :======          *
  53  104    15    25:*         :========    *
  54  106     9    20:*         :=====    *
  55  108     6    15:*         :===    *
  56  110     0    12:*         :     *
  57  112     0     9:*         :    *
  58  114     1     7:*         :=  *
  59  116     1     5:*         := *
  60  118     1     4:*         :=*
  61 >120    94     3:*         :=*======================================
  62 3924656 residues in 179575 sequences
  63 Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7921+/-0.000406; mu= 7.9651+/- 0.013
  64  mean_var=36.4967+/-12.281, 0's: 2734 Z-trim: 2761  B-trim: 0 in 0/14
  65  Lambda= 0.212299
  66  statistics sampled from 60000 to 179478 sequences
  67  Kolmogorov-Smirnov  statistic: 0.0718 (N=29) at  58
  68 Algorithm: FASTA (3.5 Sept 2006) [optimized]
  69 Parameters: +5/-4 matrix (5:-4) ktup: 3
  70  join: 60, opt: 45, open/ext: -12/-4, width:  16
  71
  72 The best scores are:                                      opt bits E(179572)
  73 cluster_79238:1                                (  27) [r]  126 41.0 0.00012
  74
  75
  76 >>cluster_79238:1                                         (27 nt)
  77 rev-comp initn: 125 init1: 125 opt: 126  Z-score: 208.3  bits: 41.0 E(): 0.00012
  78 banded Smith-Waterman score: 126; 96.3% identity (96.3% similar) in 27 nt overlap (29-3:1-27)
  79
  80      60        50        40        30        20        10
  81 ILTV-- TGATTGGGGAATGATTGGGAAGCTTGTGCCAATTCCATTCCTCTTTCTGTCTCCACCGC
  82                                      ::::::::::::::::::::::::: :
  83 cluste                               AATTCCATTCCTCTTTCTGTCTCCAAC
  84                                              10        20
  85
  86
  87
  88 70 residues in 1 query   sequences
  89 3924656 residues in 179575 library sequences
  90  Scomplib [35.04]
  91  start: Tue Oct 27 08:58:20 2009 done: Tue Oct 27 08:58:25 2009
  92  Total Scan time:  1.360 Total Display time:  0.000
  93
  94 Function used was FASTA [version 35.04 Mar. 26, 2009]