t/LocalDB/Index/Index.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7    use lib '.';
   8    use Bio::Root::Test;
   9
  10    test_begin(-tests => 73,
  11               -requires_modules => [qw(DB_File
  12                                        Storable
  13                                        Fcntl)]);
  14
  15    use_ok('Bio::Index::Fasta');
  16    use_ok('Bio::Index::Qual');
  17    use_ok('Bio::Index::SwissPfam');
  18    use_ok('Bio::Index::EMBL');
  19    use_ok('Bio::Index::GenBank');
  20    use_ok('Bio::Index::Stockholm');
  21    use_ok('Bio::Index::Swissprot');
  22    use_ok('Bio::Index::Hmmer');
  23    use_ok('Bio::DB::InMemoryCache');
  24    use_ok('Bio::DB::InMemoryCache');
  25 }
  26
  27 my $ind = Bio::Index::Fasta->new(-filename => 'Wibbl',
  28                                  -write_flag => 1,
  29                                  -verbose => 0);
  30 $ind->make_index(test_input_file('multifa.seq'));
  31 $ind->make_index(test_input_file('seqs.fas'));
  32
  33 ok ( -e "Wibbl" || -e "Wibbl.pag" );
  34 my $seq = $ind->fetch('HSEARLOBE');
  35 is($seq->length,321);
  36 is($seq->primary_id(),'HSEARLOBE');
  37 $seq = $ind->fetch('HSMETOO');
  38 is($seq->length,134);
  39 is($seq->primary_id(),'HSMETOO');
  40 $seq = $ind->fetch('MMWHISK');
  41 is($seq->length,62);
  42 is($seq->primary_id(),'MMWHISK');
  43 $seq = $ind->fetch('gi|238775|bbs|65126');
  44 is($seq->length,70);
  45
  46 my $stream = $ind->get_PrimarySeq_stream();
  47 $seq = $stream->next_seq;
  48 isa_ok $seq, 'Bio::PrimarySeqI';
  49
  50 $ind = Bio::Index::Fasta->new(-filename => 'multifa_index',
  51                               -write_flag => 1,
  52                               -verbose => 0);
  53 $ind->make_index(test_input_file('multifa.seq.qual'));
  54
  55 ok ( -e "multifa_index" );
  56
  57 $ind = Bio::Index::Qual->new(-filename => 'multifa_qual_index',
  58                              -write_flag => 1,
  59                              -verbose => 0);
  60 $ind->make_index(test_input_file('multifa.seq.qual'));
  61
  62 ok ( -e "multifa_qual_index" );
  63
  64 ok ( defined($seq) );
  65 isa_ok $seq, 'Bio::SeqI';
  66 $seq = $ind->fetch('HSEARLOBE');
  67 is($seq->length,321);
  68 is($seq->primary_id(),'HSEARLOBE');
  69 $seq = $ind->fetch('HSMETOO');
  70 is($seq->length,134);
  71 is($seq->primary_id(),'HSMETOO');
  72 $seq = $ind->fetch('MMWHISK');
  73 is($seq->length,62);
  74 is($seq->primary_id(),'MMWHISK');
  75 $seq = $ind->fetch('NONEXISTENT_SEQ');
  76 ok(! defined $seq);
  77
  78 $ind = Bio::Index::SwissPfam->new(-filename => 'Wibbl2',
  79                                   -write_flag =>1);
  80 $ind->make_index(test_input_file('swisspfam.data'));
  81
  82 ok ( -e "Wibbl2" || -e "Wibbl2.pag" );
  83
  84 $ind = Bio::Index::EMBL->new(-filename   => 'Wibbl3',
  85                              -write_flag =>1);
  86 $ind->make_index(test_input_file('test.embl'));
  87 ok ( -e "Wibbl3" || -e "Wibbl3.pag" );
  88 is ($ind->fetch('AL031232')->length, 4870);
  89
  90 $ind = Bio::Index::Swissprot->new(-filename   => 'Wibbl4',
  91                                   -write_flag => 1);
  92 $ind->make_index(test_input_file('roa1.swiss'));
  93 ok ( -e "Wibbl4" || -e "Wibbl4.pag" );
  94 $seq = $ind->fetch('ROA1_HUMAN');
  95 is ($seq->display_id(), 'ROA1_HUMAN');
  96 $seq = $ind->fetch('P09651');
  97 is ($seq->display_id(), 'ROA1_HUMAN');
  98
  99 # test id_parser
 100 $ind = Bio::Index::Swissprot->new(-filename   => 'Wibbl4',
 101                                   -write_flag => 1);
 102 $ind->id_parser(\&get_id);
 103 $ind->make_index(test_input_file('roa1.swiss'));
 104 ok ( -e "Wibbl4" || -e "Wibbl4.pag" );
 105 $seq = $ind->fetch('X12671');
 106 is ($seq->length,371);
 107
 108
 109 my $gb_ind = Bio::Index::GenBank->new(-filename => 'Wibbl5',
 110                                       -write_flag =>1,
 111                                       -verbose    => 0);
 112 $gb_ind->make_index(test_input_file('roa1.genbank'));
 113 ok ( -e "Wibbl5" || -e "Wibbl5.pag" );
 114 $seq = $gb_ind->fetch('AI129902');
 115 is ($seq->length, 37);
 116 is ($seq->species->binomial, 'Homo sapiens');
 117 $seq = $gb_ind->fetch(3598416);
 118 is ($seq->seq,"CTCCGCGCCAACTCCCCCCACCCCCCCCCCACACCCC");
 119
 120 my $cache = Bio::DB::InMemoryCache->new( -seqdb => $gb_ind );
 121
 122 ok ( $cache->get_Seq_by_id('AI129902') );
 123
 124 SKIP: {
 125    test_skip(-tests => 22, -requires_module => 'Bio::DB::FileCache');
 126
 127    $cache = Bio::DB::FileCache->new(-seqdb => $gb_ind,
 128                                     -keep  => 1,
 129                                     -file  => 'filecache.idx');
 130    # problem:
 131    my $seq = $cache->get_Seq_by_id('AI129902');
 132    ok ( $seq);
 133    is ( $seq->length, 37);
 134    is ( lc($seq->seq()), 'ctccgcgccaactccccccaccccccccccacacccc');
 135
 136    my ( $f1 ) = $seq->get_SeqFeatures();
 137    is ( ($f1->get_tag_values('sex'))[0], 'female');
 138    is ( ($f1->get_tag_values('lab_host'))[0], 'DH10B');
 139    my $species = $seq->species;
 140    ok( $species );
 141    is( $species->binomial, 'Homo sapiens');
 142    is( $species->species(), 'sapiens');
 143    is( $species->genus(), 'Homo');
 144    # changes in GenBank file SOURCE line
 145    # this is now the abbreviated name
 146    ok defined($species->name('abbreviated'));
 147    is ($species->name('abbreviated')->[0], 'human');
 148
 149    $cache = undef;
 150    $cache = Bio::DB::FileCache->new(-seqdb => $gb_ind,
 151                                     -keep  => 0,
 152                                     -file  => 'filecache.idx');
 153    $seq = $cache->get_Seq_by_id('AI129902');
 154    ok ( $seq);
 155    is ( $seq->length, 37);
 156    is ( lc($seq->seq()), 'ctccgcgccaactccccccaccccccccccacacccc');
 157
 158    ( $f1 ) = $seq->get_SeqFeatures();
 159    is ( ($f1->get_tag_values('sex'))[0], 'female');
 160    is ( ($f1->get_tag_values('lab_host'))[0], 'DH10B');
 161    $species = $seq->species;
 162    ok( $species );
 163    is( $species->binomial, 'Homo sapiens');
 164    is( $species->species(), 'sapiens');
 165    is( $species->genus(), 'Homo');
 166    # changes in GenBank file SOURCE line
 167    # this is now the abbreviated name
 168    ok defined($species->name('abbreviated'));
 169    is ($species->name('abbreviated')->[0], 'human');
 170 }
 171
 172 # test id_parser
 173 $gb_ind = Bio::Index::GenBank->new(-filename => 'Wibbl5',
 174                                    -write_flag =>1,
 175                                    -verbose    => 0);
 176 $gb_ind->id_parser(\&get_id);
 177 $gb_ind->make_index(test_input_file('roa1.genbank'));
 178 ok ( -e "Wibbl5" || -e "Wibbl5.pag" );
 179 $seq = $gb_ind->fetch('alpha D-globin');
 180 is ($seq->length,141);
 181
 182 # test Stockholm
 183 my $st_ind = Bio::Index::Stockholm->new(-filename => 'Wibbl6',
 184                                         -write_flag => 1,
 185                                         -verbose    => 0);
 186 isa_ok $st_ind, 'Bio::Index::Stockholm';
 187 $st_ind->make_index(test_input_file('testaln.stockholm'));
 188 ok ( -e "Wibbl6" );
 189 my $aln = $st_ind->fetch_aln('PF00244');
 190 isa_ok($aln,'Bio::SimpleAlign');
 191
 192 # test Hmmer
 193 my $hmmer_ind = Bio::Index::Hmmer->new(-filename => 'Wibbl7',
 194                                        -write_flag => 1,
 195                                        -verbose    => 0);
 196 isa_ok $hmmer_ind, 'Bio::Index::Hmmer';
 197 $hmmer_ind->make_index(test_input_file('hmmpfam_multiresult.out'));
 198 ok ( -e "Wibbl7" );
 199 my $hmm_result = $hmmer_ind->fetch_report('lcl|gi|340783625|Plus1');
 200 is ($hmm_result->query_description, 'megaplasmid, complete sequence [UNKNOWN]');
 201
 202
 203
 204
 205 sub get_id {
 206    my $line = shift;
 207    return $1 if ($line =~ /product="([^"]+)"/);
 208    return $1 if ($line =~ /^DR\s+EMBL;\s+([^;]+)/);
 209 }
 210
 211 END {
 212    cleanup();
 213 }
 214
 215 sub cleanup {
 216    for my $root ( qw( Wibbl Wibbl2 Wibbl3 Wibbl4 Wibbl5 Wibbl6 Wibbl7
 217                       multifa_index multifa_qual_index ) ) {
 218       unlink $root if( -e $root );
 219       unlink "$root.pag" if( -e "$root.pag");
 220       unlink "$root.dir" if( -e "$root.dir");
 221    }
 222 }