t/SeqIO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 41);
  11
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 # Basic read and/or write tests for SeqIO. Specific tests for
  18 # given module should go into their own file.
  19
  20 my @formats = qw(gcg fasta raw pir tab ace );
  21 # The following files or formats are failing: swiss genbank interpro embl
  22
  23 foreach my $format (@formats) {
  24         print "======== $format ========\n" if $verbose;
  25         read_write($format);
  26 }
  27
  28 sub read_write {
  29         my $format = shift;
  30         my $seq;
  31         my $str = Bio::SeqIO->new(-file=> test_input_file("test.$format"),
  32                                                           -format => $format);
  33         ok $seq = $str->next_seq();
  34         print "Sequence 1 of 2 from $format stream:\n", $seq->seq, "\n\n" if  $verbose;
  35         unless ($format eq 'raw') {
  36                 is $seq->id, 'roa1_drome',"ID for format $format";
  37                 is $seq->length, 358;
  38         }
  39
  40         unless ($format eq 'gcg') { # GCG file can contain only one sequence
  41                 ok $seq = $str->next_seq();
  42                 print "Sequence 2 of 2 from $format stream:\n", $seq->seq, $seq->seq, "\n" if $verbose;
  43         }
  44
  45         my $outfile = test_output_file();
  46         my $out = Bio::SeqIO->new(-file => ">$outfile",
  47                                                           -format => $format);
  48         ok $out->write_seq($seq);
  49         if ($format eq 'fasta') {
  50                 my $id_type;
  51                 ok($id_type = $out->preferred_id_type('accession.version'),
  52                         'accession.version');
  53         }
  54
  55         ok -s $outfile;
  56 }
  57
  58 # from testformats.pl
  59 SKIP: {
  60     test_skip(-tests => 6, -requires_modules => [qw(Algorithm::Diff
  61                                                     IO::ScalarArray
  62                                                     IO::String)]);
  63     use_ok('Algorithm::Diff');
  64     eval "use Algorithm::Diff qw(diff LCS);";
  65     use_ok('IO::ScalarArray');
  66     use_ok('IO::String');
  67
  68     my %files = (
  69              #'test.embl'      => 'embl',
  70              #'test.ace'       => 'ace',
  71               'test.fasta'     => 'fasta',
  72              #'test.game'      => 'game',
  73               'test.gcg'       => 'gcg',
  74              #'test.genbank'   => 'genbank',
  75               'test.raw'       => 'raw',
  76              #'test_badlf.gcg' => 'gcg'
  77               );
  78
  79     while( my ($file, $type) = each %files ) {
  80         my $filename = test_input_file($file);
  81         print "processing file $filename\n" if $verbose;
  82         open(FILE, "< $filename") or die("cannot open $filename");
  83         my @datain = <FILE>;
  84         my $in = new IO::String(join('', @datain));
  85         my $seqin = new Bio::SeqIO( -fh => $in,
  86                     -format => $type);
  87         my $out = new IO::String;
  88         my $seqout = new Bio::SeqIO( -fh => $out,
  89                      -format => $type);
  90         my $seq;
  91         while( defined($seq = $seqin->next_seq) ) {
  92         $seqout->write_seq($seq);
  93         }
  94         $seqout->close();
  95         $seqin->close();
  96         my $strref = $out->string_ref;
  97         my @dataout = map { $_."\n"} split(/\n/, $$strref );
  98         my @diffs = &diff( \@datain, \@dataout);
  99         is @diffs, 0;
 100
 101         if(@diffs && $verbose) {
 102             foreach my $d ( @diffs ) {
 103                 foreach my $diff ( @$d ) {
 104                     chomp($diff->[2]);
 105                     print $diff->[0], $diff->[1], "\n>", $diff->[2], "\n";
 106                 }
 107             }
 108             print "in is \n", join('', @datain), "\n";
 109             print "out is \n", join('',@dataout), "\n";
 110         }
 111     }
 112 }