t/Variation/SNP.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 13);
  11
  12         use_ok('Bio::Variation::SNP');
  13 }
  14
  15 my($a);
  16
  17 #
  18 # SNP
  19 #
  20
  21 ok $a = Bio::Variation::SNP->new();
  22 is $a->id('123'), 123;
  23 eval { $a->di('123'); };
  24 ok $@;
  25 is $a->validated('by-cluster'), 'by-cluster';
  26 my @alleles = ('A', 'T');
  27 is $a->validated(\@alleles), \@alleles;
  28 is $a->desc('abc'), 'abc'; # Bio::Variation::Allele method
  29 is $a->chromosome('X'), 'X'; # Bio::Variation::Allele method
  30 ok my $s = $a->add_subsnp;
  31 ok $s->is_subsnp;
  32 is $s->handle('HGBASE'), 'HGBASE';
  33 ok $a->add_subsnp;
  34 is $a->each_subsnp, 2;