t/Variation/AAReverseMutate.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 16);
  11
  12         use_ok('Bio::Variation::AAReverseMutate');
  13 }
  14
  15 my $obj = Bio::Variation::AAReverseMutate->new
  16     ('-aa_ori' => 'F',
  17      '-aa_mut' => 'S'
  18      );
  19 ok defined $obj;
  20 isa_ok($obj, 'Bio::Variation::AAReverseMutate');
  21
  22 is $obj->aa_ori, 'F';
  23
  24 is $obj->aa_mut, 'S';
  25
  26 my @points = $obj->each_Variant;
  27 # F>S has two solutions
  28 is scalar @points, 2;
  29
  30 $obj->codon_ori('ttc');
  31 ok defined $obj;
  32
  33 #now there should be only one left
  34 @points = $obj->each_Variant;
  35 is scalar @points, 1;
  36
  37 $obj->codon_table(3);
  38 is $obj->codon_table, 3;
  39
  40 #Check the returned object
  41 my $rna = pop @points;
  42 isa_ok($rna, 'Bio::Variation::RNAChange');
  43
  44 is $rna->length, 1;
  45 is $rna->allele_ori->seq, 't';
  46 is $rna->allele_mut->seq, 'c';
  47
  48 is $rna->codon_ori, 'ttc', "Codon_ori is |". $rna->codon_ori. "|";
  49
  50 is $rna->codon_pos, 2;
  51
  52 $obj->codon_table(11);
  53 is $obj->codon_table, 11;