t/data/biodbgff/test.gff

   1 ## sequence-region Contig1 1 37450
   2 Contig1 confirmed       transcript      1001    2000    42      +       .       Transcript trans-1; Gene "abc-1"; Gene "xyz-2"; Note "function unknown"
   3 Contig1 confirmed       exon    1001    1100    .       +       .       Transcript trans-1
   4 Contig1 confirmed       exon    1201    1300    .       +       .       Transcript trans-1
   5 Contig1 confirmed       exon    1401    1450    .       +       .       Transcript trans-1
   6 Contig1 confirmed       CDS     1051    1100    .       +       0       Transcript trans-1
   7 Contig1 confirmed       CDS     1201    1300    .       +       2       Transcript trans-1
   8 Contig1 confirmed       CDS     1401    1440    .       +       0       Transcript trans-1
   9 Contig1 est     similarity      1001    1100    96      .       .       Target "EST:CEESC13F" 1 100
  10 Contig1 est     similarity      1201    1300    99      .       .       Target "EST:CEESC13F" 101 200
  11 Contig1 est     similarity      1401    1450    99      .       .       Target "EST:CEESC13F" 201 250
  12 Contig1 tc1     transposon      5001    6000    .       +       .       Transposon c128.1
  13 Contig1 tc1     transposon      8001    9000    .       -       .       Transposon c128.2
  14 Contig1 confirmed       transcript      30001   31000   .       -       .       Transcript trans-2; Gene "xyz-2"; Note "Terribly interesting"
  15 Contig1 confirmed       exon    30001   30100   .       -       .       Transcript trans-2; Gene "abc-1"; Note "function unknown"
  16 Contig1 confirmed       exon    30701   30800   .       -       .       Transcript trans-2
  17 Contig1 confirmed       exon    30801   31000   .       -       .       Transcript trans-2
  18
  19 ## sequence-region Contig2 1 37450
  20 Contig2 clone   Component       1       2000    .       .       .       Target "Clone:AL12345.1" 1 2000; Note "Terribly interesting"
  21 Contig2 clone   Component       2001    5000    .       .       .       Target "Clone:AL11111.1" 6000 3001
  22 Contig2 clone   Component       5001    20000   .       .       .       Target "Clone:AC13221.2" 1 15000
  23 Contig2 clone   Component       2001    37450   .       .       .       Target "Clone:M7.3" 1001 36450
  24 Contig2 predicted       transcript      2501    4500    .       +       .       Transcript trans-3 ; Alias trans-18
  25 Contig2 predicted       transcript      5001    8001    .       -       .       Transcript trans-4
  26
  27
  28 #processed_transcript
  29 Contig3 clone   Component       1       50000   .       .       .       Clone AL12345.2
  30 Contig3 confirmed       mRNA    32000   35000   .       +       .       mRNA trans-8
  31 Contig3 confirmed       UTR     32000   32100   .       +       .       mRNA trans-8
  32 Contig3 confirmed       CDS     32101   33000   .       +       .       mRNA trans-8
  33 Contig3 confirmed       CDS     34000   34500   .       +       .       mRNA trans-8
  34 Contig3 confirmed       CDS     34600   34900   .       +       .       mRNA trans-8
  35 Contig3 confirmed       UTR     34901   35000   .       +       .       mRNA trans-8
  36
  37 ## preferred group assignments
  38 Contig4 clone   Component       1       50000   .       .       .       Clone ABC123
  39 Contig4 confirmed       gene    32000   35000   .       +       .       Misc thing1 ; gene gene-9
  40 Contig4 confirmed       mRNA    32000   35000   .       +       .       Misc thing2 ; mRNA trans-9 ; gene gene-9
  41 Contig4 confirmed       CDS     32000   35000   .       +       .       Misc thing3 ; mRNA trans-9
  42