t/SearchIO/hmmer.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin( -tests => 591 );
  11
  12     use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my $searchio = Bio::SearchIO->new(
  16     -format => 'hmmer',
  17     -file   => test_input_file('hmmpfam.out')
  18 );
  19 my $result;
  20
  21 while ( $result = $searchio->next_result ) {
  22     is( ref($result),
  23         'Bio::Search::Result::HMMERResult',
  24         'Check for the correct result reference type'
  25     );
  26     is( $result->algorithm,         'HMMPFAM', 'Check algorithm' );
  27     is( $result->algorithm_version, '2.1.1',   'Check algorithm version' );
  28     is( $result->hmm_name,          'pfam',    'Check hmm_name' );
  29     is( $result->sequence_file,
  30         '/home/birney/src/wise2/example/road.pep',
  31         'Check sequence_file'
  32     );
  33     is( $result->query_name,        'roa1_drome', 'Check query_name' );
  34     is( $result->query_description, '',           'Check query_description' );
  35     is( $result->num_hits(),        2,            'Check num_hits' );
  36     my ( $hsp, $hit );
  37
  38     if ( $hit = $result->next_model ) {
  39         is( $hit->name,      'SEED',  'Check hit name' );
  40         is( $hit->raw_score, '146.1', 'Check hit raw_score' );
  41         float_is( $hit->significance, 6.3e-40, 'Check hit significance' );
  42         is( ref($hit), 'Bio::Search::Hit::HMMERHit',
  43             'Check for the correct hit reference type' );
  44         is( $hit->num_hsps, 1, 'Check num_hsps' );
  45
  46         if ( defined( $hsp = $hit->next_domain ) ) {
  47             is( $hsp->hit->start,   1,    'Check for hit hmmfrom value' );
  48             is( $hsp->hit->end,     77,   'Check for hit hmm to value' );
  49             is( $hsp->query->start, 33,   'Check for query alifrom value' );
  50             is( $hsp->query->end,   103,  'Check for query ali to value' );
  51             is( $hsp->score,        71.2, 'Check for hsp score' );
  52             float_is( $hsp->evalue, 2.2e-17, 'Check for hsp c-Evalue' );
  53
  54             is( $hsp->length('query'), 71, 'Check for hsp query length' );
  55             is( $hsp->length('hit'),   77, 'Check for hsp hit length' );
  56             is( $hsp->length('total'), 78, 'Check for hsp total length' );
  57             is( $hsp->gaps('query'),   7,   'Check for hsp query gaps' );
  58             is( $hsp->gaps('hit'),     1, 'Check for hsp hit gaps' );
  59             is( $hsp->gaps('total'),   8, 'Check for hsp total gaps' );
  60
  61             ($hit->length == 0) ?
  62                   is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hsp->hit->length, 'Check hit length consistency' )
  63                 : is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hit->length,      'Check hit length consistency' );
  64             ($result->query_length == 0) ?
  65                   is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $hsp->query->length,   'Check query length consistency' )
  66                 : is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $result->query_length, 'Check query length consistency' );
  67
  68             is( $hsp->query_string,
  69                 'LFIGGLDYRTTDENLKAHFEKWGNIVDVVVMKD-----PRTKRSRGFGFITYSHSSMIDEAQK--SRpHKIDGRVVEP',
  70                 'Check for query string'
  71             );
  72             is( $hsp->gaps('query'), 7, 'Check for number of gaps in query' );
  73             is( $hsp->hit_string,
  74                 'lfVgNLppdvteedLkdlFskfGpivsikivrDiiekpketgkskGfaFVeFeseedAekAlealnG-kelggrklrv',
  75                 'Check for hit string'
  76             );
  77             is( $hsp->homology_string,
  78                 'lf+g+L + +t+e Lk++F+k G iv++ +++D     + t++s+Gf+F+++  ++  + A +    +++++gr+++ ',
  79                 'Check for homology string'
  80             );
  81             is( length( $hsp->homology_string ),
  82                 length( $hsp->hit_string ),
  83                 'Check if homology string and hit string have an equal length'
  84             );
  85             is( length( $hsp->query_string ),
  86                 length( $hsp->homology_string ),
  87                 'Check if query string and homology string have an equal length'
  88             );
  89             # Hmmpfam don't have PP or CS strings, these are tests to check for side effects
  90             is( $hsp->posterior_string,    '' );
  91             is( $hsp->consensus_structure, '' );
  92         }
  93     }
  94     if ( defined( $hit = $result->next_model ) ) {
  95         if ( defined( $hsp = $hit->next_domain ) ) {
  96             is( $hsp->hit->start,   1,       'Check for hit hmmfrom value' );
  97             is( $hsp->hit->end,     77,      'Check for hit hmm to value' );
  98             is( $hsp->query->start, 124,     'Check for query alifrom value' );
  99             is( $hsp->query->end,   193,     'Check for query ali to value' );
 100             is( $hsp->score,        75.5,    'Check for hsp score' );
 101             float_is( $hsp->evalue, 1.1e-18, 'Check for hsp c-Evalue' );
 102
 103             is( $hsp->length('query'), 70, 'Check for hsp query length' );
 104             is( $hsp->length('hit'),   77, 'Check for hsp hit length' );
 105             is( $hsp->length('total'), 77, 'Check for hsp total length' );
 106             is( $hsp->gaps('query'),   7,  'Check for hsp query gaps' );
 107             is( $hsp->gaps('hit'),     0,  'Check for hsp hit gaps' );
 108             is( $hsp->gaps('total'),   7,  'Check for hsp total gaps' );
 109
 110             ($hit->length == 0) ?
 111                   is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hsp->hit->length, 'Check hit length consistency' )
 112                 : is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hit->length,      'Check hit length consistency' );
 113             ($result->query_length == 0) ?
 114                   is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $hsp->query->length,   'Check query length consistency' )
 115                 : is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $result->query_length, 'Check query length consistency' );
 116
 117             is( $hsp->query_string,
 118                 'LFVGALKDDHDEQSIRDYFQHFGNIVDINIVID-----KETGKKRGFAFVEFDDYDPVDKVVL--KQHQLNGKMVDV',
 119                 'Check for query string'
 120             );
 121             is( $hsp->hit_string,
 122                 'lfVgNLppdvteedLkdlFskfGpivsikivrDiiekpketgkskGfaFVeFeseedAekAlealnGkelggrklrv',
 123                 'Check for hit string'
 124             );
 125             is( $hsp->homology_string,
 126                 'lfVg L  d +e+ ++d+F++fG iv+i+iv+D     ketgk +GfaFVeF++++ ++k +     ++l+g+ + v',
 127                 'Check for homology string'
 128             );
 129             is( length( $hsp->homology_string ),
 130                 length( $hsp->hit_string ),
 131                 'Check if homology string and hit string have an equal length'
 132             );
 133             is( length( $hsp->query_string ),
 134                 length( $hsp->homology_string ),
 135                 'Check if query string and homology string have an equal length'
 136             );
 137         }
 138         last;
 139     }
 140 }
 141
 142 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 143     -format => 'hmmer',
 144     -file   => test_input_file('hmmsearch.out')
 145 );
 146 while ( $result = $searchio->next_result ) {
 147     is( ref($result),
 148         'Bio::Search::Result::HMMERResult',
 149         'Check for the correct result reference type'
 150     );
 151     is( $result->algorithm,         'HMMSEARCH',  'Check algorithm' );
 152     is( $result->algorithm_version, '2.0',        'Check algorithm version' );
 153     is( $result->hmm_name,          'HMM [SEED]', 'Check hmm_name' );
 154     is( $result->sequence_file, 'HMM.dbtemp.29591', 'Check sequence_file' );
 155     is( $result->database_name, 'HMM.dbtemp.29591', 'Check database_name' );
 156     is( $result->query_name,    'SEED',             'Check query_name' );
 157     is( $result->query_description, '',   'Check query_description' );
 158     is( $result->num_hits(),        1215, 'Check num_hits' );
 159     my $hit = $result->next_model;
 160     is( $hit->name, 'Q91581', 'Check hit name' );
 161     is( $hit->description,
 162         'Q91581 POLYADENYLATION FACTOR 64 KDA SUBUN',
 163         'Check for hit description'
 164     );
 165     float_is( $hit->significance, 2e-31, 'Check hit significance' );
 166     is( $hit->raw_score, 119.7, 'Check hit raw_score' );
 167     my $hsp = $hit->next_domain;
 168     is( $hsp->score, 119.7, 'Check for hsp score' );
 169     float_is( $hsp->evalue, 2e-31, 'Check for hsp c-Evalue' );
 170     is( $hsp->query->start,    18,       'Check for query alifrom value' );
 171     is( $hsp->query->end,      89,       'Check for query ali to value' );
 172     is( $hsp->hit->start,      1,        'Check for hit hmmfrom value' );
 173     is( $hsp->hit->end,        77,       'Check for hit hmm to value' );
 174     is( $hsp->query->seq_id(), 'SEED',   'Check for query seq_id' );
 175     is( $hsp->hit->seq_id(),   'Q91581', 'Check for hit seq_id' );
 176 }
 177
 178 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 179     -format => 'hmmer',
 180     -file   => test_input_file('L77119.hmmer')
 181 );
 182
 183 while ( $result = $searchio->next_result ) {
 184     is( ref($result),
 185         'Bio::Search::Result::HMMERResult',
 186         'Check for the correct result reference type'
 187     );
 188     is( $result->algorithm,         'HMMPFAM',    'Check algorithm' );
 189     is( $result->algorithm_version, '2.2g',       'Check algorithm version' );
 190     is( $result->hmm_name,          'Pfam',       'Check hmm_name' );
 191     is( $result->sequence_file,     'L77119.faa', 'Check sequence_file' );
 192     is( $result->query_name, 'gi|1522636|gb|AAC37060.1|',
 193         'Check query_name' );
 194     is( $result->query_description,
 195         'M. jannaschii predicted coding region MJECS02 [Methanococcus jannaschii]',
 196         'Check query_description'
 197     );
 198     is( $result->num_hits(), 1, 'Check num_hits' );
 199     my $hit = $result->next_hit;
 200     is( $hit->name, 'Methylase_M', 'Check hit name' );
 201     is( $hit->description,
 202         'Type I restriction modification system, M',
 203         'Check for hit description'
 204     );
 205     float_is( $hit->significance, 0.0022, 'Check hit significance' );
 206     is( $hit->raw_score, -105.2, 'Check hit raw_score' );
 207     my $hsp = $hit->next_hsp;
 208     is( $hsp->score, -105.2, 'Check for hsp score' );
 209     float_is( $hsp->evalue, 0.0022, 'Check for hsp evalue' );
 210     is( $hsp->query->start, 280, 'Check for query alifrom value' );
 211     is( $hsp->query->end,   481, 'Check for query ali to value' );
 212     is( $hsp->hit->start,   1,   'Check for hit hmmfrom value' );
 213     is( $hsp->hit->end,     279, 'Check for hit hmm to value' );
 214     is( $hsp->query->seq_id(),
 215         'gi|1522636|gb|AAC37060.1|', 'Check for query seq_id' );
 216     is( $hsp->hit->seq_id(), 'Methylase_M', 'Check for hit seq_id' );
 217
 218     ($hit->length == 0) ?
 219           is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hsp->hit->length, 'Check hit length consistency' )
 220         : is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hit->length,      'Check hit length consistency' );
 221     ($result->query_length == 0) ?
 222           is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $hsp->query->length,   'Check query length consistency' )
 223         : is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $result->query_length, 'Check query length consistency' );
 224
 225     is( $hsp->hit_string,
 226         'lrnELentLWavADkLRGsmDaseYKdyVLGLlFlKYiSdkFlerrieieerktdtesepsldyakledqyeqlededlekedfyqkkGvFilPsqlFwdfikeaeknkldedigtdldkifseledqialgypaSeedfkGlfpdldfnsnkLgskaqarnetLtelidlfselelgtPmHNG-dfeelgikDlfGDaYEYLLgkFAeneGKsGGeFYTPqeVSkLiaeiLtigqpsegdfsIYDPAcGSGSLllqaskflgehdgkrnaisyYGQEsn',
 227         'Check for hiy string'
 228     );
 229     is( $hsp->query_string,
 230         'NTSELDKKKFAVLLMNR--------------LIFIKFLEDK------GIV---------PRDLLRRTYEDY---KKSNVLI-NYYDAY-L----KPLFYEVLNTPEDER--KENIRT-NPYYKDIPYL---N-G-------GLFRSNNV--PNELSFTIKDNEIIGEVINFLERYKFTLSTSEGsEEVELNP-DILGYVYEKLINILAEKGQKGLGAYYTPDEITSYIAKNT-IEPIVVE----------------RFKEIIK--NWKINDINF----ST',
 231         'Check for query string'
 232     );
 233     is( $hsp->homology_string,
 234         ' ++EL+++  av+   R              L+F K++ dk      +i+         p +   + +++y   ++   ++ ++y ++      + lF++++   e ++  ++++ + +    ++      + +       Glf ++++  ++ +s+   +ne ++e+i+ +++ +++     G++ +el   D++G +YE L+   Ae   K+ G +YTP e++  ia+ + i+  ++                  +++ ++    k+n+i +    s+',
 235         'Check for homology string'
 236     );
 237     is( join( ' ', $hsp->seq_inds( 'query', 'nomatch', 1 ) ),
 238         '280 288 289 293-295 300 304 311 313-315 317 324-326 332 335 337 344-346 348 355 358-361 364-366 372 379 383-385 389 396 400 404-408 412 416 417 422 426 429-431 434-436 439 441 446 450 451 455 459 460 463 464 468 471 472 478',
 239         'Check for nomatch indices in query'
 240     );
 241     is( join( ' ', $hsp->seq_inds( 'hit', 'nomatch', 1 ) ),
 242         '1 9 10 14-16 18-31 35 39 42-47 51-59 61 63-65 67 72-74 77-79 82 86 89-94 96 103-105 107 110 111 116 118 120-123 126-131 133 135-141 145 150 151 154 158-160 164 171 175 179-183 187 191-193 198 202 205-207 210-212 215 217 222 226 227 231 233 236 237 240-257 261 264-267 273 275-278',
 243         'Check for nomatch indices in hit'
 244     );
 245     is( join( ' ', $hsp->seq_inds( 'query', 'gap', 1 ) ),
 246         '296 306 309 321 328 334 335 350 356 366-368 376 417 456 463 470 479',
 247         'Check for gap indices in query'
 248     );
 249     is( join( ' ', $hsp->seq_inds( 'hit', 'gap', 1 ) ),
 250         '', 'Check for gap indices in hit' );
 251 }
 252
 253 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 254     -format => 'hmmer',
 255     -file   => test_input_file('cysprot1b.hmmsearch')
 256 );
 257
 258 while ( $result = $searchio->next_result ) {
 259     is( ref($result),
 260         'Bio::Search::Result::HMMERResult',
 261         'Check for the correct result reference type'
 262     );
 263     is( $result->algorithm,         'HMMSEARCH', 'Check algorithm' );
 264     is( $result->algorithm_version, '2.2g',      'Check algorithm version' );
 265     is( $result->hmm_name,
 266         'Peptidase_C1.hmm [Peptidase_C1]',
 267         'Check hmm_name'
 268     );
 269     is( $result->database_name,   'cysprot1b.fa', 'Check database_name' );
 270     is( $result->sequence_file,   'cysprot1b.fa', 'Check sequence_file' );
 271
 272     is( $result->query_name,      'Peptidase_C1', 'Check query_name' );
 273     is( $result->query_length,     0,             'Check query_length absence' );
 274     is( $result->query_accession, 'PF00112',      'Check query_accession' );
 275     is( $result->query_description,
 276         'Papain family cysteine protease',
 277         'Check query_description'
 278     );
 279     is( $result->num_hits(), 4, 'Check num_hits' );
 280
 281     my $hit = $result->next_hit;
 282     is( ref($hit), 'Bio::Search::Hit::HMMERHit',
 283         'Check for the correct hit reference type' );
 284     is( $hit->name, 'CATL_RAT', 'Check hit name' );
 285     is( $hit->description,
 286         '',
 287         'Check for hit description'
 288     );
 289     is( $hit->raw_score,          449.4,  'Check hit raw_score' );
 290     float_is( $hit->significance, 2e-135, 'Check hit significance' );
 291     is( $hit->num_hsps,           1,      'Check num_hsps' );
 292
 293     # Query and Hit lengths are unknown by default in HMMER2,
 294     # but sometimes they can be deduced from domain data '[]'
 295     is( $hit->length,             0,      'Check hit length absence' );
 296     is( $hit->frac_aligned_query, undef );
 297     is( $hit->frac_aligned_hit,   undef );
 298
 299     my $hsp = $hit->next_hsp;
 300     is( ref($hsp), 'Bio::Search::HSP::HMMERHSP',
 301         'Check for correct hsp reference type' );
 302     is( $hsp->query->seq_id(), 'Peptidase_C1', 'Check for query seq_id' );
 303     is( $hsp->hit->seq_id(),   'CATL_RAT',     'Check for hit seq_id' );
 304
 305     is( $hsp->hit->start,       114,           'Check for hit hmmfrom value' );
 306     is( $hsp->hit->end,         332,           'Check for hit hmm to value' );
 307     is( $hsp->query->start,     1,             'Check for query alifrom value' );
 308     is( $hsp->query->end,       337,           'Check for query ali to value' );
 309     is( $hsp->score,            449.4,         'Check for hsp score' );
 310     float_is( $hsp->evalue,     2e-135,        'Check for hsp evalue' );
 311
 312     is( $hsp->length('query'), 337, 'Check for hsp query length' );
 313     is( $hsp->length('hit'),   219, 'Check for hsp hit length' );
 314     is( $hsp->length('total'), 337, 'Check for hsp total length' );
 315     is( $hsp->gaps('query'),   0,   'Check for hsp query gaps' );
 316     is( $hsp->gaps('hit'),     118, 'Check for hsp hit gaps' );
 317     is( $hsp->gaps('total'),   118, 'Check for hsp total gaps' );
 318
 319     ($hit->length == 0) ?
 320           is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hsp->hit->length, 'Check hit length consistency' )
 321         : is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hit->length,      'Check hit length consistency' );
 322     ($result->query_length == 0) ?
 323           is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $hsp->query->length,   'Check query length consistency' )
 324         : is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $result->query_length, 'Check query length consistency' );
 325
 326     is ( $hsp->num_conserved, 204 );
 327     is ( $hsp->num_identical, 131 );
 328     is( sprintf( "%.2f", $hsp->percent_identity ),        38.87 );
 329     is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_identical('query') ), 0.389 );
 330     is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_identical('hit') ),   0.598 );
 331     is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_identical('total') ), 0.389 );
 332     is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_conserved('query') ), 0.605 );
 333     is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_conserved('hit') ),   0.932 );
 334     is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_conserved('total') ), 0.605 );
 335
 336     is (length($hsp->homology_string), length($hsp->query_string));
 337
 338     is( $hsp->hit_string,
 339         'IPKTVDWRE-KG-CVTPVKNQG-QCGSCWAFSASGCLEGQMFLKT------GKLISLSEQNLVDCSH-DQGNQ------GCNG-GLMDFAFQYIKE-----NGGLDSEESY-----PYE----AKD-------------------GSCKYR-AEYAV-----ANDTGFVDIPQQ-----EKALMKAVATVGPISVAMDASHPS---LQFYSSG-------IYYEP---NCSSK---DLDHGVLVVGYGYEG-T------------------------------------DSNKDKYWLVKNSWGKEWGMDGYIKIAKDRN----NHCGLATAASYPI',
 340         'Check for hiy string'
 341     );
 342     is( $hsp->homology_string,
 343         '+P+++DWRe kg  VtpVK+QG qCGSCWAFSa g lEg+ ++kt      gkl+sLSEQ+LvDC++ d gn+      GCnG Glmd Af+Yik+     NgGl++E++Y     PY+    +kd                   g+Cky+  + ++     a+++g++d+p++     E+al+ka+a++GP+sVa+das+ s    q+Y+sG       +Y+++    C+++   +LdH+Vl+VGYG e+                                      ++++ +YW+VKNSWG++WG++GY++ia+++n    n+CG+a+ asypi',
 344         'Check for homology string'
 345     );
 346     is( $hsp->query_string,
 347         'lPesfDWReWkggaVtpVKdQGiqCGSCWAFSavgalEgryciktgtkawggklvsLSEQqLvDCdgedygnngesCGyGCnGGGlmdnAfeYikkeqIsnNgGlvtEsdYekgCkPYtdfPCgkdggndtyypCpgkaydpndTgtCkynckknskypktyakikgygdvpynvsTydEealqkalaknGPvsVaidasedskgDFqlYksGendvgyGvYkhtsageCggtpfteLdHAVliVGYGteneggtfdetssskksesgiqvssgsngssgSSgssgapiedkgkdYWIVKNSWGtdWGEnGYfriaRgknksgkneCGIaseasypi',
 348         'Check for query string'
 349     );
 350     # Hmmsearch2 don't have PP or CS strings, these are tests to check for side effects
 351     is( $hsp->posterior_string,    '' );
 352     is( $hsp->consensus_structure, '' );
 353
 354     $hit = $result->next_hit;
 355     is( $hit->name,              'CATL_HUMAN', 'Check hit name' );
 356     is( $hit->description,       '',           'Check for hit description' );
 357     float_is( $hit->significance, 6.1e-134,    'Check hit significance' );
 358     is( $hit->raw_score,          444.5,       'Check hit raw_score' );
 359 }
 360
 361 # test for bug 2632 - CS lines should get ignored without breaking the parser
 362 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 363     -format => 'hmmer',
 364     -file   => test_input_file('hmmpfam_cs.out')
 365 );
 366 $result = $searchio->next_result;
 367 my $hit = $result->next_hit;
 368 my $hsp = $hit->next_hsp;
 369 is( $hsp->seq_str,
 370     'CGV-GFIADVNNVANHKIVVQALEALTCMEHRGACSADRDSGDGAGITTAIPWNLFQKSLQNQNIKFEQnDSVGVGMLFLPAHKLKES--KLIIETVLKEENLEIIGWRLVPTVQEVLGKQAYLNKPHVEQVFCKSSNLSKDRLEQQLFLVRKKIEKYIGINGKDwaheFYICSLSCYTIVYKGMMRSAVLGQFYQDLYHSEYTSSFAIYHRRFSTNTMPKWPLAQPMR---------FVSHNGEINTLLGNLNWMQSREPLLQSKVWKDRIHELKPITNKDNSDSANLDAAVELLIASGRSPEEALMILVPEAFQNQPDFA-NNTEISDFYEYYSGLQEPWDGPALVVFTNGKV-IGATLDRNGL-RPARYVIT----KDNLVIVSSES',
 371     'Check for hsp seq_str'
 372 );
 373
 374 # Tests for hmmer3 output here
 375 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 376     -format  => 'hmmer',
 377     -file    => test_input_file('hmmscan.out'),
 378     -verbose => 1
 379 );
 380 is( ref($searchio), 'Bio::SearchIO::hmmer3',
 381     'Check if correct searchio object is returned' );
 382 my $counter = 0;
 383 while ( $result = $searchio->next_result ) {
 384     $counter++;
 385     if ($counter == 1) {
 386         is( ref($result),
 387             'Bio::Search::Result::HMMERResult',
 388             'Check for the correct result reference type'
 389         );
 390         is( $result->algorithm,         'HMMSCAN', 'Check algorithm' );
 391         is( $result->algorithm_version, '3.0',     'Check algorithm version' );
 392         is( $result->hmm_name,
 393             '/data/biodata/HMMerDB/Pfam.hmm',
 394             'Check hmm_name'
 395         );
 396         is( $result->sequence_file,
 397             'BA000019.orf1.fasta',
 398             'Check sequence_file'
 399         );
 400         is( $result->query_name,        'BA000019.orf1', 'Check query_name' );
 401         is( $result->query_length,       198,            'Check query_length' );
 402         is( $result->query_accession,   '',              'Check query_accession' );
 403         is( $result->query_description, '',              'Check query_description' );
 404         # 1 hit above and 6 below inclusion threshold
 405         is( $result->num_hits(), 7, 'Check num_hits' );
 406
 407         my ( $hsp, $hit );
 408         if ( $hit = $result->next_model ) {
 409             is( ref($hit), 'Bio::Search::Hit::HMMERHit',
 410                 'Check for the correct hit reference type' );
 411             is( $hit->name, 'Peripla_BP_2', 'Check hit name' );
 412             is( $hit->description,
 413                 'Periplasmic binding protein',
 414                 'Check for hit description'
 415             );
 416             is( $hit->raw_score,          105.2, 'Check hit raw_score' );
 417             float_is( $hit->significance, 6e-30, 'Check hit significance' );
 418             is( $hit->num_hsps,           1,     'Check num_hsps' );
 419
 420             # Hit length is unknown for HMMSCAN and HMMSEARCH but not for NHMMER
 421             is( $hit->length,             0,     'Check hit length absence' );
 422             is( $hit->frac_aligned_query, 0.87 );
 423             is( $hit->frac_aligned_hit,   undef );
 424
 425             if ( defined( $hsp = $hit->next_domain ) ) {
 426                 is( ref($hsp), 'Bio::Search::HSP::HMMERHSP',
 427                     'Check for correct hsp reference type' );
 428                 is( $hsp->hit->seq_id(),   'Peripla_BP_2',  'Check for hit seq_id' );
 429                 is( $hsp->query->seq_id(), 'BA000019.orf1', 'Check for query seq_id' );
 430
 431                 is( $hsp->hit->start,   59,      'Check for hit hmmfrom value' );
 432                 is( $hsp->hit->end,     236,     'Check for hit hmm to value' );
 433                 is( $hsp->query->start, 2,       'Check for query alifrom value' );
 434                 is( $hsp->query->end,   173,     'Check for query ali to value' );
 435                 is( $hsp->score,       '105.0',  'Check for hsp score' );
 436                 float_is( $hsp->evalue, 1.5e-33, 'Check for hsp c-Evalue' );
 437
 438                 is( $hsp->length('query'), 172, 'Check for hsp query length' );
 439                 is( $hsp->length('hit'),   178, 'Check for hsp hit length' );
 440                 is( $hsp->length('total'), 180, 'Check for hsp total length' );
 441                 is( $hsp->gaps('query'),   8,   'Check for hsp query gaps' );
 442                 is( $hsp->gaps('hit'),     2,   'Check for hsp hit gaps' );
 443                 is( $hsp->gaps('total'),   10,  'Check for hsp total gaps' );
 444
 445                 ($hit->length == 0) ?
 446                       is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hsp->hit->length, 'Check hit length consistency' )
 447                     : is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hit->length,      'Check hit length consistency' );
 448                 ($result->query_length == 0) ?
 449                       is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $hsp->query->length,   'Check query length consistency' )
 450                     : is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $result->query_length, 'Check query length consistency' );
 451
 452                 is ( $hsp->num_conserved, 140 );
 453                 is ( $hsp->num_identical, 50 );
 454                 is( sprintf( "%.2f", $hsp->percent_identity ),        27.78 );
 455                 is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_identical('query') ), 0.291 );
 456                 is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_identical('hit') ),   0.281 );
 457                 is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_identical('total') ), 0.278 );
 458                 is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_conserved('query') ), 0.814 );
 459                 is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_conserved('hit') ),   0.787 );
 460                 is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_conserved('total') ), 0.778 );
 461
 462                 is (length($hsp->homology_string), length($hsp->query_string));
 463
 464                 is( $hsp->query_string,
 465                     'LKPDLIIGREYQ---KNIYNQLSNFAPTVLVDWGSF-TSFQDNFRYIAQVLNEEEQGKLVLQQYQKRIRDLQDRMGERlQKIEVSVIGFSGQSIKSLNR-DAVFNQVLDDAGIKRIsIQKNQQERYLEISIENLNKYDADVLFVINE---SKEQLYPDLKNPLWHHLRAVKKQQVYVVNQ',
 466                     'Check for query string'
 467                 );
 468                 is( $hsp->hit_string,
 469                     'lkPDlvivsafgalvseieellelgipvvavessstaeslleqirllgellgeedeaeelvaelesridavkaridsl-kpktvlvfgyadegikvvfgsgswvgdlldaaggeni-iaeakgseseeisaEqilaadpdviivsgrgedtktgveelkenplwaelpAvkngrvyllds',
 470                     'Check for hit string'
 471                 );
 472                 is( $hsp->homology_string,
 473                     'lkPDl+i+ +++   ++i+++l++ +p+v v+  s+  s+++ +r ++++l+ee++++ + +++++ri+++++r  +  ++ +v+v+g+++ +ik+++  +  ++++ld+ag++ i i++++++ + eis+E+++++d+dv++v       k+ +   ++nplw +l+Avk+++vy++++',
 474                     'Check for homology string'
 475                 );
 476                 is( $hsp->posterior_string,
 477                     '8***********...********************9.*****************************************999999999999997777776.5678999999****99777777*************************...77777777899***************9976',
 478                     'Check for posterior probability string'
 479                 );
 480             }
 481         }
 482     }
 483     # Check for errors in HSP caused by the existence of 2 hits with the same ID
 484     elsif ($counter == 2) {
 485         is( $result->algorithm,         'HMMSCAN', 'Check algorithm' );
 486         is( $result->algorithm_version, '3.0',     'Check algorithm version' );
 487         is( $result->hmm_name,
 488             '/data/biodata/HMMerDB/Pfam.hmm',
 489             'Check hmm_name'
 490         );
 491         is( $result->sequence_file,
 492             'BA000019.orf1.fasta',
 493             'Check sequence_file'
 494         );
 495         is( $result->query_name,        'lcl|Test_ID.1|P1', 'Check query_name' );
 496         is( $result->query_length,       463,               'Check query_length' );
 497         is( $result->query_description, '281521..282909',   'Check query_description' );
 498         is( $result->num_hits(),         2,                 'Check num_hits' );
 499
 500         my ( $hsp, $hit );
 501         my $hit_counter = 0;
 502         while ( $hit = $result->next_model ) {
 503             $hit_counter++;
 504             if ($hit_counter == 1) {
 505                 is( ref($hit), 'Bio::Search::Hit::HMMERHit',
 506                     'Check for the correct hit reference type' );
 507                 is( $hit->name,        'IS4.original', 'Check hit name' );
 508                 is( $hit->description, '',             'Check for hit description' );
 509                 is( $hit->num_hsps,     1,             'Check num_hsps' );
 510                 if ( defined( $hsp = $hit->next_domain ) ) {
 511                     is( ref($hsp), 'Bio::Search::HSP::HMMERHSP',
 512                         'Check for correct hsp reference type' );
 513                     is( $hsp->hit->seq_id(),   'IS4.original',     'Check for hit seq_id' );
 514                     is( $hsp->query->seq_id(), 'lcl|Test_ID.1|P1', 'Check for query seq_id' );
 515
 516                     is( $hsp->hit->start,   315,     'Check for hit hmmfrom value' );
 517                     is( $hsp->hit->end,     353,     'Check for hit hmm to value' );
 518                     is( $hsp->query->start, 335,     'Check for query alifrom value' );
 519                     is( $hsp->query->end,   369,     'Check for query ali to value' );
 520                     is( $hsp->score,        18.9,    'Check for hsp score' );
 521                     float_is( $hsp->evalue, 8.9e-08, 'Check for hsp c-Evalue' );
 522                 }
 523             }
 524             elsif ($hit_counter == 2) {
 525                 is( ref($hit), 'Bio::Search::Hit::HMMERHit',
 526                     'Check for the correct hit reference type' );
 527                 is( $hit->name,        'IS4.original', 'Check hit name' );
 528                 is( $hit->description, '',             'Check for hit description' );
 529                 is( $hit->num_hsps,     1,             'Check num_hsps' );
 530                 if ( defined( $hsp = $hit->next_domain ) ) {
 531                     is( ref($hsp), 'Bio::Search::HSP::HMMERHSP',
 532                         'Check for correct hsp reference type' );
 533                     is( $hsp->hit->seq_id(),   'IS4.original',     'Check for hit seq_id' );
 534                     is( $hsp->query->seq_id(), 'lcl|Test_ID.1|P1', 'Check for query seq_id' );
 535
 536                     is( $hsp->hit->start,   315,    'Check for hit hmmfrom value' );
 537                     is( $hsp->hit->end,     353,    'Check for hit hmm to value' );
 538                     is( $hsp->query->start, 335,    'Check for query alifrom value' );
 539                     is( $hsp->query->end,   369,    'Check for query ali to value' );
 540                     is( $hsp->score,        18.8,   'Check for hsp score' );
 541                     float_is( $hsp->evalue, 9e-08, 'Check for hsp c-Evalue' );
 542                 }
 543             }
 544         }
 545     }
 546 }
 547
 548 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 549     -format  => 'hmmer',
 550     -file    => test_input_file('hmmsearch3.out'),
 551     -verbose => 1
 552 );
 553 while ( $result = $searchio->next_result ) {
 554     is( ref($result),
 555         'Bio::Search::Result::HMMERResult',
 556         'Check for the correct result reference type'
 557     );
 558     is( $result->algorithm,         'HMMSEARCH', 'Check algorithm' );
 559     is( $result->algorithm_version, '3.0',       'Check algorithm version' );
 560     is( $result->hmm_name,          'Kv9.hmm',   'Check hmm_name' );
 561     is( $result->sequence_file,
 562         '/home/pboutet/Desktop/databases/nr_May26',
 563         'Check sequence_file'
 564     );
 565     is( $result->query_name,        'Kv9', 'Check query_name' );
 566     is( $result->query_length,      '481', 'Check query_length' );
 567     is( $result->query_description, '',    'Check query_description' );
 568     is( $result->num_hits(),        2,     'Check num_hits' );
 569
 570     while ( my $hit = $result->next_model ) {
 571     }
 572 }
 573
 574 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 575     -format  => 'hmmer',
 576     -file    => test_input_file('hmmsearch3_multi.out'),
 577     -verbose => 1
 578 );
 579 is( ref($searchio), 'Bio::SearchIO::hmmer3',
 580     'Check if correct searchio object is returned' );
 581 $counter = 0;
 582 while ( $result = $searchio->next_result ) {
 583     $counter++;
 584     if ($counter == 1) {
 585         is( ref($result),
 586             'Bio::Search::Result::HMMERResult',
 587             'Check for the correct result reference type'
 588         );
 589         is( $result->algorithm,         'HMMSEARCH',             'Check algorithm' );
 590         is( $result->algorithm_version, '3.0',                   'Check algorithm version' );
 591         is( $result->hmm_name,          'Pfam-A.hmm',            'Check hmm_name' );
 592         is( $result->sequence_file,     'test_seqs.seq_raw.txt', 'Check sequence_file' );
 593
 594         is( $result->query_name,      '1-cysPrx_C', 'Check query_name' );
 595         is( $result->query_length,     40,          'Check query_length' );
 596         is( $result->query_accession, 'PF10417.4',  'Check query_accession' );
 597         is( $result->query_description,
 598             'C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin',
 599             'Check query_description'
 600         );
 601         is( $result->num_hits(), 0, 'Check num_hits' );
 602     }
 603     elsif ($counter == 2) {
 604         is( ref($result),
 605             'Bio::Search::Result::HMMERResult',
 606             'Check for the correct result reference type'
 607         );
 608         is( $result->algorithm,         'HMMSEARCH',             'Check algorithm' );
 609         is( $result->algorithm_version, '3.0',                   'Check algorithm version' );
 610         is( $result->hmm_name,          'Pfam-A.hmm',            'Check hmm_name' );
 611         is( $result->sequence_file,     'test_seqs.seq_raw.txt', 'Check sequence_file' );
 612
 613         is( $result->query_name,      'DUF4229',   'Check query_name' );
 614         is( $result->query_length,     69,         'Check query_length' );
 615         is( $result->query_accession, 'PF14012.1', 'Check query_accession' );
 616         is( $result->query_description,
 617             'Protein of unknown function (DUF4229)',
 618             'Check query_description'
 619         );
 620         is( $result->num_hits(), 1, 'Check num_hits' );
 621
 622         my ( $hsp, $hit );
 623         if ( $hit = $result->next_model ) {
 624             is( ref($hit), 'Bio::Search::Hit::HMMERHit',
 625                 'Check for the correct hit reference type' );
 626             is( $hit->name, 'lcl|Protein_ID1.3|M3', 'Check hit name' );
 627             is( $hit->description,
 628                 'complement(48376..51420)',
 629                 'Check for hit description'
 630             );
 631             is( $hit->raw_score,         -17.8, 'Check hit raw_score' );
 632             float_is( $hit->significance, 3,    'Check hit significance' );
 633             is( $hit->num_hsps,           5,    'Check num_hsps' );
 634
 635             # Check first HSP
 636             if ( defined( $hsp = $hit->next_domain ) ) {
 637                 is( ref($hsp), 'Bio::Search::HSP::HMMERHSP',
 638                     'Check for correct hsp reference type' );
 639                 is( $hsp->hit->seq_id(),   'lcl|Protein_ID1.3|M3', 'Check for hit seq_id' );
 640                 is( $hsp->query->seq_id(), 'DUF4229',              'Check for query seq_id' );
 641
 642                 is( $hsp->hit->start,   305, 'Check for hit alifrom value' );
 643                 is( $hsp->hit->end,     311, 'Check for hit ali to value' );
 644                 is( $hsp->query->start, 34,  'Check for query hmmfrom value' );
 645                 is( $hsp->query->end,   40,  'Check for query hmm to value' );
 646                 is( $hsp->score,       -4.3, 'Check for hsp score' );
 647                 float_is( $hsp->evalue, 1,   'Check for hsp c-Evalue' );
 648
 649                 is( $hsp->length('query'), 7, 'Check for hsp query length' );
 650                 is( $hsp->length('hit'),   7, 'Check for hsp hit length' );
 651                 is( $hsp->length('total'), 7, 'Check for hsp total length' );
 652                 is( $hsp->gaps('query'),   0, 'Check for hsp query gaps' );
 653                 is( $hsp->gaps('hit'),     0, 'Check for hsp hit gaps' );
 654                 is( $hsp->gaps('total'),   0, 'Check for hsp total gaps' );
 655
 656                 ($hit->length == 0) ?
 657                       is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hsp->hit->length, 'Check hit length consistency' )
 658                     : is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hit->length,      'Check hit length consistency' );
 659                 ($result->query_length == 0) ?
 660                       is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $hsp->query->length,   'Check query length consistency' )
 661                     : is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $result->query_length, 'Check query length consistency' );
 662
 663                 is( $hsp->consensus_structure,
 664                     '',
 665                     'Check for consensus structure string'
 666                 );
 667                 is( $hsp->query_string,
 668                     'laallAl',
 669                     'Check for query string'
 670                 );
 671                 is( $hsp->hit_string,
 672                     'LAILSAI',
 673                     'Check for hit string'
 674                 );
 675                 is( $hsp->homology_string,
 676                     'la+l A+',
 677                     'Check for homology string'
 678                 );
 679                 is( $hsp->posterior_string,
 680                     '3333332',
 681                     'Check for posterior probability string'
 682                 );
 683             }
 684         }
 685     }
 686     elsif ($counter == 3) {
 687         is( ref($result),
 688             'Bio::Search::Result::HMMERResult',
 689             'Check for the correct result reference type'
 690         );
 691         is( $result->algorithm,         'HMMSEARCH',             'Check algorithm' );
 692         is( $result->algorithm_version, '3.0',                   'Check algorithm version' );
 693         is( $result->hmm_name,          'Pfam-A.hmm',            'Check hmm_name' );
 694         is( $result->sequence_file,     'test_seqs.seq_raw.txt', 'Check sequence_file' );
 695
 696         is( $result->query_name,      'ACR_tran',   'Check query_name' );
 697         is( $result->query_length,     1021,        'Check query_length' );
 698         is( $result->query_accession, 'PF00873.14', 'Check query_accession' );
 699         is( $result->query_description,
 700             'AcrB/AcrD/AcrF family',
 701             'Check query_description'
 702         );
 703         is( $result->num_hits(), 1, 'Check num_hits' );
 704
 705         my ( $hsp, $hit );
 706         if ( $hit = $result->next_model ) {
 707             is( ref($hit), 'Bio::Search::Hit::HMMERHit',
 708                 'Check for the correct hit reference type' );
 709             is( $hit->name, 'lcl|Protein_ID1.3|M3', 'Check hit name' );
 710             is( $hit->description,
 711                 'complement(48376..51420)',
 712                 'Check for hit description'
 713             );
 714             is( $hit->raw_score,          616.9,    'Check hit raw_score' );
 715             float_is( $hit->significance, 9.3e-189, 'Check hit significance' );
 716             is( $hit->num_hsps,           1,        'Check num_hsps' );
 717
 718             # Hit length is unknown for HMMSCAN and HMMSEARCH but not for NHMMER
 719             is( $hit->length,             0,        'Check hit length absence' );
 720             is( $hit->frac_aligned_query, 0.93 );
 721             is( $hit->frac_aligned_hit,   undef );
 722
 723             if ( defined( $hsp = $hit->next_domain ) ) {
 724                 is( ref($hsp), 'Bio::Search::HSP::HMMERHSP',
 725                     'Check for correct hsp reference type' );
 726                 is( $hsp->hit->seq_id(),   'lcl|Protein_ID1.3|M3', 'Check for hit seq_id' );
 727                 is( $hsp->query->seq_id(), 'ACR_tran',             'Check for query seq_id' );
 728
 729                 is( $hsp->hit->start,   11,       'Check for hit alifrom value' );
 730                 is( $hsp->hit->end,     1000,     'Check for hit ali to value' );
 731                 is( $hsp->query->start, 71,       'Check for query hmmfrom value' );
 732                 is( $hsp->query->end,   1021,     'Check for query hmm to value' );
 733                 is( $hsp->score,        616.6,    'Check for hsp score' );
 734                 float_is( $hsp->evalue, 3.9e-189, 'Check for hsp c-Evalue' );
 735
 736                 is( $hsp->length('query'), 951,  'Check for hsp query length' );
 737                 is( $hsp->length('hit'),   990,  'Check for hsp hit length' );
 738                 is( $hsp->length('total'), 1003, 'Check for hsp total length' );
 739                 is( $hsp->gaps('query'),   52,   'Check for hsp query gaps' );
 740                 is( $hsp->gaps('hit'),     13,   'Check for hsp hit gaps' );
 741                 is( $hsp->gaps('total'),   65,   'Check for hsp total gaps' );
 742
 743                 ($hit->length == 0) ?
 744                       is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hsp->hit->length, 'Check hit length consistency' )
 745                     : is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hit->length,      'Check hit length consistency' );
 746                 ($result->query_length == 0) ?
 747                       is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $hsp->query->length,   'Check query length consistency' )
 748                     : is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $result->query_length, 'Check query length consistency' );
 749
 750                 is ( $hsp->num_conserved, 690 );
 751                 is ( $hsp->num_identical, 262 );
 752                 is( sprintf( "%.2f", $hsp->percent_identity ),        26.12 );
 753                 is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_identical('query') ), 0.275 );
 754                 is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_identical('hit') ),   0.265 );
 755                 is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_identical('total') ), 0.261 );
 756                 is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_conserved('query') ), 0.726 );
 757                 is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_conserved('hit') ),   0.697 );
 758                 is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_conserved('total') ), 0.688 );
 759
 760                 is (length($hsp->homology_string), length($hsp->query_string));
 761
 762                 is( $hsp->consensus_structure,
 763                     'S-TTEEEEEEEETTSEEEEEEEESTTS-HHHHHHHHHHHHHHHGGGS-HHHHHH-EEEEEEECCECEEEEEEESSSTS-HHHHHHHHHHCTHHHHHTSTTEEEEEESS.--EEEEEEE-HHHHHCTT--HHHHHHHHHHHSSB-EEEECTT-SB-EEEE-SB---SCCHHCT-EEEETTSEEEEHHHCEEEEEEESSSS-EEEETTCEEEEEEEEEETTSBHHHHHHHHHHHHHCCGGGSSTTEEEEEEEESHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT--EEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSS-HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCGGGGSBHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCS----TT-CC..............................CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH.HHHHHCCS-BESS----TSEEEEEEE-STTC-HHHHHHHHHHHHHHHH...TTTTEEEEEEEESESSSS..E........CTTEEEEEEEE--CTTS-SCCCSHHHHHHHHHHHC.CTSTSSEEEEEE-SSSCCCSSSSSEEEEEEE.TSSSCHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTEECEEESS-S-EEEEEEEE-HHHHHHCTB-HHHHHHHHHHHHT-..EEEEEEEETTE...EEEEEEEE-GGGSSSGGGGCC-EEEETTSE.EEECGGCEEEEEEEE-SEEEEETTCEEEEEEEEESTTS...-HHHHHHHHHHCCTT..SSTTEEEEEECHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTSSSTCHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHTT--BSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTBHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHTT-STTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHH',
 764                     'Check for consensus structure string'
 765                 );
 766                 is( $hsp->query_string,
 767                     'gldglkyvsSqSseglssitvtFedgtdidiArqqvqnrlqeaknkLPeevqepgiskiktssseilvlavtskdgsltktdlrdlaesnikdqlsrveGVgdvqliGgsekavriwldpqklaklgltltdvvsalkeqnvqvaaGqlegqqeelliraqgrlqsaediekiivksqdgskvrlrDvAkvelgaeeeriaatlngkpavllavkklpganaievvkavkekleelketlPegveivvvydttefvrasieeVvktlleaivLvvlvlflFLqnlratlipaiavPlsllgtfavlkalglsiNlltlfgLvlAiGlvvDdAiVvvEnverkleeegekpleaalksmkeiegalvaialvllavfvPilflgGveGklfrqfaltivlaillsvlvaltltPalcallLkarkeekek..............................gffrefnrlfdalerrYekllekvlrhravvllvalllvvg.slllfvripkeflPeedegvlvtsvqlppgvsleqtekvlkqvekilk...ekpevesvfavtGfafagdta........gqnsakvfisLkpekerkeeektvealierlrkel.ekikganvellapiqlreletlsgvrlelqvklfgddleaLseareqllaalkqlpeladvrseqqedepqlqvkidrekaaalGvsiadinetlstalgg..syvndfieegr...vvkvvvqleedlrsspedlkklyvrnkkgk.mvplsavakieeekgpnsierenglrsveisgevaegd...slgeaeeavekiakqvklPagvgiewtglseqeqeagnsllllvalalllvflvLaalyeslsdpllvlltvPlalvGallalllrglelsviaqvGlilliGlavkNailivefakelrekeglsleeAileaaklRLrPiLMTalaailGvlPLalstGaGselqqplgivvlGGlvtstvLtlllvPvlYvlva',
 768                     'Check for query string'
 769                 );
 770                 is( $hsp->hit_string,
 771                     'TVNDIEHIESQSLFGYGIVKIFFQPDVDIRTANAQVTAISQTVLKQMPPGITPPLILNYNAATVPILQLALSSK--VLSEDRIFDLGQNFIRPQLATVRGSAVPSPYGGKVRQIQIDLDPQAMQSKRVSPDDVARALSQQNLVLSPGTEKIGSFEYNVKINDSPDEFTLLNNLPIKNVGGVTIFIHDVAHVRDGFPPQINVVRDDGRRSVLMTILKNGATSTLDIIQGTKELIPKLKETLPNNLVLKVVGDQSIFVKSAISGVVREGTIAGILTSVMILLFLGSWRSTIIISMSIPLAILSAIIFLSLTGNTLNVMTLGGLALAVGMLVDDATVVIENINHHLEM-GKPTTKAIIDAARQIIQPALVSTLSICIVFVPMFSLTGVPRYLFIPMAEAVIFGMLSSFVLSQTFVPTVANKLLKYQTQHFKHehhtdahrpehdpnfkvhrsvkasifqffiNIQQGFEKRFTKVRLVYRSILHFALDHRKKFITLFLGFVIVsCVTLFPLLGKNFFPEVDSGDMKIHIRVQVGTRIEETAKQFDLIENTIRrlvPQNELDTIVDNIGLSVSGINTaysstgtiGPQDGDILIHLNEN------HHPTKEYMKKLRETLpRAFPGVS-FAFLPADITSQILNFGVPAPIDIRVDGPNHDNNLKFVRAILKDIRNVPGIADLRVQQATNYPQFNVDIDRSQAKNYGLTEGDITNSLVATLAGtsQVAPTFWLNNKngvSYPIVIQMPQYKINSLADLANIPITTKESSsMQVLGGLGSIERDQSDSVISHYNIKPSFDIFASLQGRDlgsISGDIETIIQHHHQE--LPKGVSVKLQGQVPIMQDSYRGLSLGLVASIILIYFLVVVNFESWLDPFVIITALPAALAGIVWMLYLTGTTLSVPALTGAIMCMGVATANSILVISFARERLA-IVKDSTQAALEAGYTRFRPVLMTASAMLIGMIPMALGLGDGGEQNAPLGRAVIGGLLLATIATLIFVPVVFSVVH',
 772                     'Check for hit string'
 773                 );
 774                 is( $hsp->homology_string,
 775                     ' ++ +++++SqS  g   + + F+ + di  A+ qv++  q + +++P ++++p i   +++  +il+la++sk   l++  + dl ++ i++ql+ v G +    +Gg+ ++++i ldpq++++ +++++dv++al++qn   + G+ +  + e+++++++   +   ++++ +k+  g  + ++DvA+v +g   + ++++ +g   vl+++ k     ++++++  ke +++lketlP+++ ++vv d++ fv+++i+ Vv +  +a +L  ++++lFL+++r+t+i+ +++Pl++l ++++l++ g ++N++tl+gL+lA+G++vDdA Vv+En+  +le+ g+   +a++ ++++i  + + ++l++++vfvP+++l+Gv   lf ++a ++++ +l s +++ t++P ++  lLk + ++ ++                              ++ + f++ f ++   Y+ +l++ l hr+  ++++l +v++ ++ lf+ ++k+f+Pe d g++ ++++++ g+ +e+t+k  + +e++++    ++e + ++   G + +g +         g++ +++ i+L ++      ++  ++ +++lr+ l ++++g++ +++ p +++ +    gv + ++  + g ++++  + ++++l+ ++++p++ad+r++q ++ pq++v+idr +a+++G++  di + l + l g  +++ +f  +++    + +v+q+++ + +s+ dl+++++++k++  m  l+ + +ie+ ++ + i+++n ++s+ i ++++ +d   ++g++e+++++ +++  lP+gv+++ +g+    q ++  l+l ++++++l++++  + +es++dp+++++ +P al+G +  l+l+g++lsv a+ G i+ +G+a  N il+++fa+e  +   ++  +A+lea+ +R+rP+LMTa a+++G++P+al+ G+G e   plg +v+GGl+++t+ tl +vPv++ +v+',
 776                     'Check for homology string'
 777                 );
 778                 is( $hsp->posterior_string,
 779                     '578899********************************************************************..*****************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************.***************************************************************************8776544446799********************9655555578*************************999999887775899******************************************8875446889999999999888774331111111134445555555444......45688999999999945678887.7888999*999************************************************************************8877666655434556776544422279***********************998764889*******************************8876222578999999999888..********************************************************************************************************.888899*****************************************************************9997',
 780                     'Check for posterior probability string'
 781                 );
 782             }
 783         }
 784     }
 785 }
 786
 787 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 788     -format  => 'hmmer',
 789     -file    => test_input_file('hmmscan_multi_domain.out'),
 790     -verbose => 1
 791 );
 792
 793 my @multi_hits = (
 794     [   'PPC',
 795         'Bacterial pre-peptidase C-terminal domain',
 796         '111.0', 3.1e-32, 6,
 797         [   [ 4,  59, 117,  183,  0.5,  0.16 ],
 798             [ 12, 58, 347,  388,  -0.6, 0.36 ],
 799             [ 1,  69, 470,  549,  71.3, 1.3e-23 ],
 800             [ 15, 25, 582,  603,  -3.2, 2 ],
 801             [ 13, 36, 987,  1019, -1.1, 0.5 ],
 802             [ 1,  69, 1087, 1168, 54.4, 2.4e-18 ]
 803         ]
 804     ],
 805     [   'HemolysinCabind',
 806         'Hemolysin-type calcium-binding repeat (2 cop',
 807         '47.9', 4.7e-13, 3,
 808         [   [ 2, 13, 1214, 1225, 5.9,  0.0026 ],
 809             [ 1, 18, 1231, 1248, 10.8, 6.8e-5 ],
 810             [ 4, 18, 1243, 1257, 11.4, 4.3e-05 ]
 811         ]
 812     ]
 813 );
 814
 815 while ( $result = $searchio->next_result ) {
 816     is( ref($result),
 817         'Bio::Search::Result::HMMERResult',
 818         'Check for the correct result reference type'
 819     );
 820     is( $result->algorithm,         'HMMSCAN', 'Check algorithm' );
 821     is( $result->algorithm_version, '3.0',     'Check algorithm version' );
 822     is( $result->hmm_name,
 823         '/data/biodata/HMMerDB/Pfam-A.hmm',
 824         'Check hmm_name'
 825     );
 826     is( $result->sequence_file, 'BA000019.orf37.fasta',
 827         'Check sequence_file' );
 828     is( $result->query_name, 'BA000019.orf37', 'Check query_name' );
 829     is( $result->query_length, '1418', 'Check query_length' );
 830     is( $result->query_description, '', 'Check query_description' );
 831     is( $result->num_hits(),        2,  'Check num_hits' );
 832     my ( $hsp, $hit );
 833
 834     while ( $hit = $result->next_model ) {
 835         my @expected = @{ shift @multi_hits };
 836         is( ref($hit), 'Bio::Search::Hit::HMMERHit',
 837             'Check for the correct hit reference type' );
 838         is( $hit->name,        shift @expected, 'Check hit name' );
 839         is( $hit->description, shift @expected, 'Check for hit description' );
 840         is( $hit->raw_score,   shift @expected, 'Check hit raw_score' );
 841         float_is(
 842             $hit->significance,
 843             shift @expected,
 844             'Check hit significance'
 845         );
 846         is( $hit->num_hsps, shift @expected, 'Check num_hsps' );
 847         my @hsp_list = @{ shift @expected };
 848
 849         while ( defined( $hsp = $hit->next_domain ) ) {
 850             my @hsp_exp = @{ shift @hsp_list };
 851             is( ref($hsp), 'Bio::Search::HSP::HMMERHSP',
 852                 'Check for correct hsp reference type' );
 853             is( $hsp->hit->start,
 854                 shift @hsp_exp,
 855                 'Check for hit envfrom value'
 856             );
 857             is( $hsp->hit->end, shift @hsp_exp,
 858                 'Check for hit env to value' );
 859             is( $hsp->query->start,
 860                 shift @hsp_exp,
 861                 'Check for query hmmfrom value'
 862             );
 863             is( $hsp->query->end,
 864                 shift @hsp_exp,
 865                 'Check for query hmm to value'
 866             );
 867             is( $hsp->score, shift @hsp_exp, 'Check for hsp score' );
 868             float_is( $hsp->evalue, shift @hsp_exp,
 869                 'Check for hsp c-Evalue' );
 870         }
 871     }
 872 }
 873
 874 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 875     -format  => 'hmmer',
 876     -file    => test_input_file('hmmscan_sec_struct.out'),
 877     -verbose => 1
 878 );
 879
 880 @multi_hits = (
 881     [   'HTH_AraC',
 882         'Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, Ara',
 883         '41.3', 6.7e-11, 2,
 884         [   [ 'siadiAeevgfSpsyfsrlFkkytGvt', 'SLMELSRQVGLNDCTLKRGFRLVFDTT' ],
 885             [   'nwsiadiAeevgf-SpsyfsrlFkkytGvtPsqyr',
 886                 'EINISQAARRVGFsSRSYFATAFRKKFGINPKEFL'
 887             ]
 888         ]
 889     ],
 890     [   'PKSI-KS_m3',
 891         '', '38.2', 3.8e-12, 2,
 892         [   [ 'GPSvtVDTACSSSLvA', 'GPSVTVDTLCSSSLVA' ],
 893             [ 'GPSvtVDTACSSSLv',  'GPNLVIDSACSSALV' ]
 894         ]
 895     ],
 896     [   'DUF746',
 897         'Domain of Unknown Function (DUF746)',
 898         '13.9', 0.023, 2,
 899         [   [   'rllIrlLsqplslaeaadqlgtdegiiak',
 900                 'EILIRNLENPPSLMELSRQVGLNDCTLKR'
 901             ],
 902             [ 'plslaeaadqlgtdeg', 'EINISQAARRVGFSSR' ]
 903         ]
 904     ]
 905 );
 906
 907 while ( $result = $searchio->next_result ) {
 908     is( ref($result),
 909         'Bio::Search::Result::HMMERResult',
 910         'Check for the correct result reference type'
 911     );
 912     is( $result->algorithm,         'HMMSCAN',    'Check algorithm' );
 913     is( $result->algorithm_version, '3.0',        'Check algorithm version' );
 914     is( $result->hmm_name,          'Pfam-A.hmm', 'Check hmm_name' );
 915     is( $result->sequence_file, 'BA000019.orf8.fasta',
 916         'Check sequence_file' );
 917     is( $result->query_name, 'BA000019.orf8', 'Check query_name' );
 918     is( $result->query_length, '348', 'Check query_length' );
 919     is( $result->query_description, '', 'Check query_description' );
 920     is( $result->num_hits(),        3,  'Check num_hits' );
 921     my ( $hsp, $hit );
 922
 923     while ( $hit = $result->next_model ) {
 924         my @expected = @{ shift @multi_hits };
 925         is( ref($hit), 'Bio::Search::Hit::HMMERHit',
 926             'Check for the correct hit reference type' );
 927         is( $hit->name,        shift @expected, 'Check hit name' );
 928         is( $hit->description, shift @expected, 'Check for hit description' );
 929         is( $hit->raw_score,   shift @expected, 'Check hit raw_score' );
 930         float_is(
 931             $hit->significance,
 932             shift @expected,
 933             'Check hit significance'
 934         );
 935         is( $hit->num_hsps, shift @expected, 'Check num_hsps' );
 936         my @hsp_list = @{ shift @expected };
 937
 938         while ( defined( $hsp = $hit->next_domain ) ) {
 939             my @hsp_exp = @{ shift @hsp_list };
 940             is( ref($hsp), 'Bio::Search::HSP::HMMERHSP',
 941                 'Check for correct hsp reference type' );
 942             is( $hsp->hit_string,   shift @hsp_exp, 'Check hit sequence' );
 943             is( $hsp->query_string, shift @hsp_exp, 'Check query sequence' );
 944         }
 945     }
 946 }
 947
 948 # Make sure that you can also directly call the hmmer2 and hmmer3 subclasses
 949 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 950     -format => 'hmmer2',
 951     -file   => test_input_file('hmmpfam.out')
 952 );
 953 is( ref($searchio), 'Bio::SearchIO::hmmer2',
 954     'Check if loading hmmpfam output via the hmm2 parser directly works' );
 955 is( ref( $searchio->next_result ),
 956     'Bio::Search::Result::HMMERResult',
 957     'Check for the correct result reference type'
 958 );
 959
 960 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 961     -format => 'hmmer2',
 962     -file   => test_input_file('hmmsearch.out')
 963 );
 964 is( ref($searchio), 'Bio::SearchIO::hmmer2',
 965     'Check if loading hmmsearch2 output via the hmm2 parser directly works' );
 966 is( ref( $searchio->next_result ),
 967     'Bio::Search::Result::HMMERResult',
 968     'Check for the correct result reference type'
 969 );
 970
 971 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 972     -format => 'hmmer3',
 973     -file   => test_input_file('hmmscan.out')
 974 );
 975 is( ref($searchio), 'Bio::SearchIO::hmmer3',
 976     'Check if loading hmmscan output via the hmm3 parser directly works' );
 977 is( ref( $searchio->next_result ),
 978     'Bio::Search::Result::HMMERResult',
 979     'Check for the correct result reference type'
 980 );
 981
 982 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 983     -format => 'hmmer',
 984     -file   => test_input_file('hmmsearch3.out')
 985 );
 986 is( ref($searchio), 'Bio::SearchIO::hmmer3',
 987     'Check if loading hmmsearch3 output via the hmm3 parser directly works' );
 988 is( ref( $searchio->next_result ),
 989     'Bio::Search::Result::HMMERResult',
 990     'Check for the correct result reference type'
 991 );
 992
 993 # Make sure that you can also specify the -version parameter directly
 994 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 995     -format  => 'hmmer',
 996     -file    => test_input_file('hmmpfam.out'),
 997     -version => 2
 998 );
 999 is( ref($searchio), 'Bio::SearchIO::hmmer2',
1000     'Check if selecting the correct hmmpfam parser using -version works' );
1001 is( ref( $searchio->next_result ),
1002     'Bio::Search::Result::HMMERResult',
1003     'Check for the correct result reference type'
1004 );
1005
1006 $searchio = Bio::SearchIO->new(
1007     -format  => 'hmmer',
1008     -file    => test_input_file('hmmsearch.out'),
1009     -version => 2
1010 );
1011 is( ref($searchio), 'Bio::SearchIO::hmmer2',
1012     'Check if selecting the correct hmmsearch2 parser using -version works' );
1013 is( ref( $searchio->next_result ),
1014     'Bio::Search::Result::HMMERResult',
1015     'Check for the correct result reference type'
1016 );
1017
1018 $searchio = Bio::SearchIO->new(
1019     -format  => 'hmmer3',
1020     -file    => test_input_file('hmmscan.out'),
1021     -version => 3
1022 );
1023 is( ref($searchio), 'Bio::SearchIO::hmmer3',
1024     'Check if selecting the correct hmmscan parser using -version works' );
1025 is( ref( $searchio->next_result ),
1026     'Bio::Search::Result::HMMERResult',
1027     'Check for the correct result reference type'
1028 );
1029
1030 $searchio = Bio::SearchIO->new(
1031     -format  => 'hmmer',
1032     -file    => test_input_file('hmmsearch3.out'),
1033     -version => 3
1034 );
1035 is( ref($searchio), 'Bio::SearchIO::hmmer3',
1036     'Check if selecting the correct hmmsearch3 parser using -version works' );
1037 is( ref( $searchio->next_result ),
1038     'Bio::Search::Result::HMMERResult',
1039     'Check for the correct result reference type'
1040 );
1041
1042 my $cat_command = ($^O =~ m/mswin/i) ? 'type' : 'cat';
1043 my $pipestr = "$cat_command " . test_input_file('hmmpfam.out') . " |";
1044 open( my $pipefh, $pipestr );
1045
1046 $searchio = Bio::SearchIO->new(
1047     -format => 'hmmer',
1048     -fh     => $pipefh
1049 );
1050 is( ref($searchio), 'Bio::SearchIO::hmmer2',
1051     'Check if reading from a pipe works' );
1052 $result = $searchio->next_result;
1053 is( ref($result),
1054     'Bio::Search::Result::HMMERResult',
1055     'Check for the correct result reference type'
1056 );
1057 is( $result->num_hits(), 2, 'Check num_hits' );
1058
1059 # bug 3376
1060 {
1061     my $in = Bio::SearchIO->new(
1062         -format => 'hmmer',
1063         -file   => test_input_file('pfamOutput-bug3376.out')
1064     );
1065     my $result = $in->next_result;
1066     my $hit    = $result->next_hit;
1067     my $hsp    = $hit->next_hsp;
1068     is( $hsp->hit_string,
1069         'svfqqqqssksttgstvtAiAiAigYRYRYRAvtWnsGsLssGvnDnDnDqqsdgLYtiYYsvtvpssslpsqtviHHHaHkasstkiiikiePr',
1070         'bug3376'
1071     );
1072 }
1073 # end bug 3376
1074
1075 # bug 3421 - making sure a full line of dashes in an HSP is parsed correctly
1076 {
1077     my $in = Bio::SearchIO->new(
1078         -format => 'hmmer',
1079         -file   => test_input_file('hmmpfam_HSPdashline.txt')
1080     );
1081     my $result = $in->next_result;
1082     my $hit    = $result->next_hit;
1083     my $hsp    = $hit->next_hsp;
1084     is( $hsp->length, '561',
1085         'bug3421 - Check if can correctly parse an HSP with line full of dashes'
1086     );
1087 }
1088 # end bug 3421
1089
1090 # bug 3302
1091 {
1092     my $in = Bio::SearchIO->new(
1093         -format => 'hmmer',
1094         -file   => test_input_file('hmmpfam_multiresult.out')
1095     );
1096     my $result = $in->next_result;
1097     $result = $in->next_result;
1098     my $hit = $result->next_hit;
1099     is( $hit->name, 'IS66_ORF3.uniq', 'bug3302 - Check if can parse multiresult hmmer' );
1100 }
1101 # end bug 3302
1102
1103 # HMMER 3.1 nhmmer output
1104 {
1105     my $in = Bio::SearchIO->new(
1106         -format  => 'hmmer',
1107         -version => 3,
1108         -file    => test_input_file('nhmmer-3.1.out')
1109     );
1110     my $result = $in->next_result;
1111     is( $result->algorithm,         'NHMMER', 'Check algorithm' );
1112     is( $result->algorithm_version, '3.1b1',  'Check nhmmer algorithm version' );
1113     is( $result->hmm_name,
1114         '../HMMs/A_HA_H7_CDS_nucleotide.hmm',
1115         'Check hmm_name'
1116     );
1117     is( $result->sequence_file,
1118         'tmp.fa',
1119         'Check sequence_file'
1120     );
1121     is( $result->query_name,        'A_HA_H7_CDS_nucleotide', 'Check query_name' );
1122     is( $result->query_length,       1683,                    'Check query_length' );
1123     is( $result->query_accession,   '',                       'Check query_accession' );
1124     is( $result->query_description, '',                       'Check query_description' );
1125     is( $result->num_hits(),         2,                       'Check num_hits' );
1126
1127     my $hit = $result->next_hit;
1128     is( ref($hit), 'Bio::Search::Hit::HMMERHit',
1129         'Check for the correct hit reference type' );
1130     is( $hit->name,              'seq1',                'Check nhmmer hit name' );
1131     is( $hit->description,       'Description of seq1', 'Check nhmmer hit description' );
1132     is( $hit->score,              148.2,                'Check nhmmer hit score' );
1133     float_is( $hit->significance, 3.2e-48,              'Check nhmmer hit significance' );
1134     is( $hit->num_hsps,           1,                    'Check num_hsps' );
1135
1136     # Hit length is unknown for HMMSCAN and HMMSEARCH but not for NHMMER
1137     is( $hit->length,             151,                  'Check nhmmer hit length' );
1138     is( $hit->frac_aligned_query, 0.09 );
1139     is( $hit->frac_aligned_hit,  '1.00' );
1140
1141     my $hsp = $hit->next_hsp;
1142     is( ref($hsp), 'Bio::Search::HSP::HMMERHSP',
1143         'Check for correct hsp reference type' );
1144     is( $hsp->hit->seq_id(),   'seq1',                   'Check for nhmmer hit seq_id' );
1145     is( $hsp->query->seq_id(), 'A_HA_H7_CDS_nucleotide', 'Check for nhmmer query seq_id' );
1146
1147     is( $hsp->start('hit'),       1,       'Check nhmmer hsp hit start' );
1148     is( $hsp->end('hit'),         151,     'Check nhmmer hsp hit end' );
1149     is( $hsp->start('query'),     258,     'Check nhmmer hsp query start' );
1150     is( $hsp->end('query'),       411,     'Check nhmmer hsp query end' );
1151     is( $hsp->strand('hit'),      1,       'Check nhmmer hsp hit strand' );
1152     is( $hsp->strand('query'),    1,       'Check nhmmer hsp query strand' );
1153     is( $hsp->score,              148.2,   'Check nhmmer hsp score' );
1154     float_is( $hsp->significance, 3.2e-48, 'Check nhmmer hsp evalue' );
1155
1156     is( $hsp->length('query'), 154, 'Check for hsp query length' );
1157     is( $hsp->length('hit'),   151, 'Check for hsp hit length' );
1158     is( $hsp->length('total'), 154, 'Check for hsp total length' );
1159     is( $hsp->gaps('query'),   0,   'Check for hsp query gaps' );
1160     is( $hsp->gaps('hit'),     3,   'Check for hsp hit gaps' );
1161     is( $hsp->gaps('total'),   3,   'Check for hsp total gaps' );
1162
1163     ($hit->length == 0) ?
1164           is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hsp->hit->length, 'Check hit length consistency' )
1165         : is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hit->length,      'Check hit length consistency' );
1166     ($result->query_length == 0) ?
1167           is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $hsp->query->length,   'Check query length consistency' )
1168         : is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $result->query_length, 'Check query length consistency' );
1169
1170     is ( $hsp->num_conserved, 151 );
1171     is ( $hsp->num_identical, 146 );
1172     is( sprintf( "%.2f", $hsp->percent_identity ),        94.81 );
1173     is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_identical('query') ), 0.948 );
1174     is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_identical('hit') ),   0.967 );
1175     is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_identical('total') ), 0.948 );
1176     is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_conserved('query') ), 0.981 );
1177     is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_conserved('hit') ),  '1.000' );
1178     is( sprintf( "%.3f", $hsp->frac_conserved('total') ), 0.981 );
1179
1180     is (length($hsp->homology_string), length($hsp->query_string));
1181
1182     is( $hsp->consensus_structure,
1183         '',
1184         'Check for consensus structure string'
1185     );
1186     is( $hsp->query_string,
1187         'attcctagaattttcagctgatttaattattgagaggcgagaaggaagtaatgatgtctgttatcctgggaaattcgtaaatgaagaagctctgaggcaaattctcagggggtcaggcggaattgacaaggagacaatgggattcacatatagc',
1188         'Check for nhmmer query string'
1189     );
1190     is( $hsp->homology_string,
1191         'attcctagaattttcagc+gatttaattattgagaggcgagaaggaagt   gatgtctgttatcctgggaaattcgt+aatgaagaagctctgaggcaaattctcaggg+gtcaggcggaattgacaaggagacaatgggattcac+ta+agc',
1192         'Check for nhmmer homology string'
1193     );
1194     is( $hsp->hit_string,
1195         'ATTCCTAGAATTTTCAGCCGATTTAATTATTGAGAGGCGAGAAGGAAGT---GATGTCTGTTATCCTGGGAAATTCGTGAATGAAGAAGCTCTGAGGCAAATTCTCAGGGAGTCAGGCGGAATTGACAAGGAGACAATGGGATTCACCTACAGC',
1196         'Check for nhmmer hit string'
1197     );
1198     is( $hsp->posterior_string,
1199        '689*******************************************777...***************************************************************************************************986',
1200         'Check for nhmmer posterior probability string'
1201     );
1202     is( length( $hsp->homology_string ),
1203         length( $hsp->hit_string ),
1204         'Check if nhmmer homology string and hit string have an equal length'
1205     );
1206     is( length( $hsp->query_string ),
1207         length( $hsp->homology_string ),
1208         'Check if nhmmer query string and homology string have an equal length'
1209     );
1210
1211     $hit = $result->next_hit;
1212     is( $hit->name,              'seq2',                'Check nhmmer hit name' );
1213     is( $hit->description,       'Description of seq2', 'Check nhmmer hit description' );
1214     is( $hit->score,              38.6,                 'Check nhmmer hit score' );
1215     float_is( $hit->significance, 3.9e-15,              'Check nhmmer hit significance' );
1216     is( $hit->length,             60,                   'Check nhmmer hit length' );
1217
1218     $hsp = $hit->next_hsp;
1219     is( $hsp->hit->seq_id(),   'seq2',                   'Check for nhmmer hit seq_id' );
1220     is( $hsp->query->seq_id(), 'A_HA_H7_CDS_nucleotide', 'Check for nhmmer query seq_id' );
1221
1222     is( $hsp->start('query'),     34,      'Check nhmmer hsp query start' );
1223     is( $hsp->end('query'),       92,      'Check nhmmer hsp query end' );
1224     is( $hsp->start('hit'),       1,       'Check nhmmer hsp hit start' );
1225     is( $hsp->end('hit'),         59,      'Check nhmmer hsp hit end' );
1226     is( $hsp->strand('hit'),     -1,       'Check nhmmer hsp hit strand' );
1227     is( $hsp->strand('query'),    1,       'Check nhmmer hsp query strand' );
1228     is( $hsp->score,              38.6,    'Check nhmmer hsp score' );
1229     float_is( $hsp->significance, 3.9e-15, 'Check nhmmer hsp evalue' );
1230
1231     is( $hsp->length('query'), 59, 'Check for hsp query length' );
1232     is( $hsp->length('hit'),   59, 'Check for hsp hit length' );
1233     is( $hsp->length('total'), 59, 'Check for hsp total length' );
1234     is( $hsp->gaps('query'),   0,  'Check for hsp query gaps' );
1235     is( $hsp->gaps('hit'),     0,   'Check for hsp hit gaps' );
1236     is( $hsp->gaps('total'),   0,   'Check for hsp total gaps' );
1237
1238     ($hit->length == 0) ?
1239           is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hsp->hit->length, 'Check hit length consistency' )
1240         : is( $hsp->{HIT_LENGTH}, $hit->length,      'Check hit length consistency' );
1241     ($result->query_length == 0) ?
1242           is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $hsp->query->length,   'Check query length consistency' )
1243         : is( $hsp->{QUERY_LENGTH}, $result->query_length, 'Check query length consistency' );
1244
1245     is( $hsp->consensus_structure,
1246         '',
1247         'Check for consensus structure string'
1248     );
1249     is( $hsp->query_string,
1250         'gtgatgattgcaacaaatgcagacaaaatctgccttgggcaccatgctgtgtcaaacgg',
1251         'Check for nhmmer query string'
1252     );
1253     is( $hsp->homology_string,
1254         'g+gat+att+c+acaaatgcagacaa atctgccttgggca+catgc+gtgtcaaacgg',
1255         'Check for nhmmer homology string'
1256     );
1257     is( $hsp->hit_string,
1258         'GCGATCATTCCGACAAATGCAGACAAGATCTGCCTTGGGCATCATGCCGTGTCAAACGG',
1259         'Check for nhmmer hit string'
1260     );
1261     is( $hsp->posterior_string,
1262         '6899****************************************************986',
1263         'Check for nhmmer posterior probability string' );
1264     is( length( $hsp->homology_string ),
1265         length( $hsp->hit_string ),
1266         'Check if nhmmer homology string and hit string have an equal length'
1267     );
1268     is( length( $hsp->query_string ),
1269         length( $hsp->homology_string ),
1270         'Check if nhmmer query string and homology string have an equal length'
1271     );
1272 }
1273 # end HMMER 3.1 nhmmer output