t/Tools/ePCR.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 BEGIN {
   6     use lib '.';
   7         use Bio::Root::Test;
   8
   9         test_begin(-tests => 27);
  10
  11     use_ok('Bio::Tools::EPCR');
  12     use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my $seqio = Bio::SeqIO->new('-format' => 'fasta', '-file' => test_input_file('genomic-seq.fasta'));
  18
  19 my $seq = $seqio->next_seq;
  20 ok($seq);
  21 my $epcr = Bio::Tools::EPCR->new( '-file' => test_input_file('genomic-seq.epcr'));
  22 ok ($epcr);
  23 my %strand;
  24 while( defined(my $feature = $epcr->next_feature) ) {
  25     ok($feature);
  26     ok($feature->start);
  27     ok($feature->end);
  28     $seq->add_SeqFeature($feature);
  29     $strand{$feature->strand} ++;
  30 }
  31 is ($strand{1},  3, 'got 3 forward strand ePCR hits');
  32 is ($strand{-1}, 3, 'got 3 reverse strand ePCR hits');
  33
  34 if( $DEBUG ) {
  35     $seqio = Bio::SeqIO->new('-format' => 'genbank' );
  36     $seqio->write_seq($seq);
  37 }