t/Align/Graphics.t

   1 #!usr/bin/perl
   2 use strict;
   3
   4 use Bio::Root::Test;
   5 test_begin( -tests => 41,
   6             -requires_modules => [qw(GD)]);
   7
   8 #Check if module and all its methods can be loaded
   9 use_ok('Bio::Align::Graphics');
  10 require_ok('Bio::Align::Graphics');
  11 can_ok('Bio::Align::Graphics', qw(new draw height width aln_length aln_format no_sequences));
  12
  13
  14 #Get an alignment file
  15 my $file = Bio::Root::IO->catfile("t","data","pep-266.aln");
  16 ok($file, 'input is defined');
  17
  18 #Create an AlignI object using AlignIO
  19 my $in=new Bio::AlignIO(-file=>$file, -format=>'clustalw');
  20 ok(defined $in, 'AlignIO object is defined');
  21 isa_ok($in, 'Bio::AlignIO');
  22
  23 #Read the alignment
  24 my $aln=$in->next_aln();
  25 ok(defined $aln, 'alignment is there and defined');
  26
  27 #Create some domains for highlighting
  28 my @domain_start = ( 25, 50, 80 );
  29 my @domain_end = ( 40 , 65 , 100 );
  30 my @domain_color = ( 'red' , 'cyan' , 'green' );
  31 ok(exists $domain_start[2], 'all starts are present');
  32 ok(exists $domain_end[2],'all ends are present');
  33 ok(exists $domain_color[2], 'all colors are present');
  34 cmp_ok($domain_start[0], '<=', $domain_end[0],'first end is further than first start');   #Some
  35 cmp_ok($domain_start[1], '<=', $domain_end[1],'second end is further than second start');       #logical
  36 cmp_ok($domain_start[2], '<=', $domain_end[2],'third end is further than third start');   #tests
  37
  38 #Create Labels for the domains
  39 my @dml = ("CARD", "Proline Rich", "Transmembrane");
  40 my @dml_start = (25, 50, 80);
  41 my @dml_end = (40, 65, 100);
  42 my @dml_color = ("lightpink", "lightblue", "lightgreen");
  43 ok(exists $dml[2], 'domain labels are present');
  44 ok(exists $dml_start[2], 'domain starts are present');
  45 ok(exists $dml_end[2], 'domain ends are present');
  46 ok(exists $dml_color[2], 'domain colors are present');
  47
  48 #Some logical tests
  49 cmp_ok($dml_start[0], '<=', $dml_end[0],'label - first end is further than first start');
  50 cmp_ok($dml_start[1], '<=', $dml_end[1],'label - second end is further than second start');
  51 cmp_ok($dml_start[2], '<=', $dml_end[2],'label - third end is further than third start');
  52 cmp_ok($domain_start[0], '>=', $dml_start[0],'first label start is within domain range');
  53 cmp_ok($domain_start[1], '>=',$dml_start[1],'second label start is within domain range');
  54 cmp_ok($domain_start[2], '>=',$dml_start[2],'third label start is within domain range');
  55 cmp_ok($domain_end[0], '>=',$dml_end[0],'first label end is within domain range');
  56 cmp_ok($domain_end[1], '>=',$dml_end[1],'second label end is within domain range');
  57 cmp_ok($domain_end[2], '>=',$dml_end[2],'third label end is within domain range');
  58
  59 #Create individual labels
  60 my %labels = ( 145 => "Hep-c target");
  61 ok(exists $labels{145}, 'individual labels work');
  62
  63 #my $output_file = test_output_file();
  64
  65 my $print_align = Bio::Align::Graphics->new( align => $aln,
  66                                         pad_bottom => 5,
  67                                         dm_start => \@domain_start,
  68                                         dm_end => \@domain_end,
  69                                         dm_color => \@domain_color,
  70                                         dm_labels => \@dml,
  71                                         dml_start => \@dml_start,
  72                                         dml_end => \@dml_end,
  73                                         dml_color => \@dml_color,
  74                                         labels => \%labels,
  75                                         out_format => "png",
  76 #                                       output=>$output_file,
  77                                         wrap=>80);
  78
  79 isa_ok($print_align, 'Bio::Align::Graphics');
  80 ok( defined $print_align, 'new object is defined');
  81 is($print_align->{pad_bottom}, 5, '  pad_bottom is right');
  82 is($print_align->{pad_top}, 5, '  default pad_top is right');
  83 is_deeply($print_align->{domain_start}, \@domain_start,'  start point loaded');
  84 is_deeply($print_align->{domain_end}, \@domain_end,'  end point loaded');
  85 is_deeply($print_align->{domain_color}, \@domain_color,'  color of domain loaded');
  86 is_deeply($print_align->{dm_labels}, \@dml, '  domain labels loaded');
  87 is_deeply($print_align->{dm_label_start}, \@dml_start, '  label starts loaded');
  88 is_deeply($print_align->{dm_label_end}, \@dml_end, '  label ends loaded');
  89 is_deeply($print_align->{dm_label_color}, \@dml_color, '  label colors loaded');
  90 is_deeply($print_align->{labels}, \%labels, '  labels loaded');
  91 is($print_align->{out_format}, 'png', '  output file is png');
  92 isnt($print_align->{wrapping}, 0, '  wrapping length is not zero');
  93
  94 exit;