t/OntologyEngine.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 27,
  11                            -requires_module => 'Graph::Directed');
  12
  13         use_ok('Bio::Ontology::Term');
  14         use_ok('Bio::Ontology::Relationship');
  15         use_ok('Bio::Ontology::RelationshipType');
  16         use_ok('Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine');
  17         use_ok('Bio::Ontology::Ontology');
  18 }
  19
  20 my $ont = Bio::Ontology::Ontology->new(-name => "My Ontology");
  21
  22 my $eng = Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine->new();
  23 $ont->engine($eng);
  24 isa_ok( $eng,"Bio::Ontology::OntologyEngineI" );
  25 is ($ont->engine, $eng);
  26
  27 my @terms = (
  28              [-identifier => "IPR000001",
  29               -name => "Kringle",
  30               -definition => "Kringles are autonomous structural domains ...",
  31               -ontology => $ont
  32               ],
  33              [-identifier => "IPR000002",
  34               -name => "Cdc20/Fizzy",
  35               -definition => "The Cdc20/Fizzy region is almost always ...",
  36               -ontology => $ont
  37               ],
  38              [-identifier => "IPR000003",
  39               -name => "Retinoid X receptor",
  40               -definition => "Steroid or nuclear hormone receptors ...",
  41               -ontology => $ont
  42               ],
  43              [-identifier => "IPR000004",
  44               -name => "Test4",
  45               -definition => "Test4 definition ...",
  46               -ontology => $ont
  47               ],
  48              );
  49
  50 for(my $i = 0; $i < @terms; $i++) {
  51     $terms[$i] = Bio::Ontology::Term->new(@{$terms[$i]});
  52     $ont->add_term($terms[$i]);
  53 }
  54
  55 my $rel_type = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance("IS_A", $ont);
  56 my $rel_type1 = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance("PART_OF", $ont);
  57
  58 my @rels = (
  59             [-object_term => $terms[0],
  60              -subject_term => $terms[1],
  61              -predicate_term => $rel_type,
  62              -ontology => $ont,
  63              ],
  64             [-object_term => $terms[1],
  65              -subject_term => $terms[2],
  66              -predicate_term => $rel_type,
  67              -ontology => $ont,
  68              ],
  69             [-object_term => $terms[0],
  70              -subject_term => $terms[3],
  71              -predicate_term => $rel_type,
  72              -ontology => $ont,
  73              ],
  74             [-object_term => $terms[3],
  75              -subject_term => $terms[2],
  76              -predicate_term => $rel_type,
  77              -ontology => $ont,
  78              ],
  79             );
  80
  81 for(my $i = 0; $i < @rels; $i++) {
  82     $rels[$i] = Bio::Ontology::Relationship->new(@{$rels[$i]});
  83     $ont->add_relationship($rels[$i]);
  84 }
  85
  86 my @child_terms = sort { $a->identifier() cmp $b->identifier();
  87                      } $ont->get_child_terms($terms[0]);
  88 is (scalar(@child_terms), 2);
  89 is( $child_terms[0], $terms[1] );
  90 my @child_terms1 = sort { $a->identifier() cmp $b->identifier();
  91                       } $ont->get_child_terms($terms[0], $rel_type);
  92 is (scalar(@child_terms), 2);
  93 is( $child_terms1[0], $terms[1] );
  94 is (scalar($ont->get_child_terms($terms[0], $rel_type1)), 0);
  95
  96 my @descendant_terms = sort { $a->identifier() cmp $b->identifier();
  97                           } $ont->get_descendant_terms($terms[0]);
  98 is( scalar(@descendant_terms), 3);
  99 is( $descendant_terms[1], $terms[2] );
 100
 101 my @descendant_terms1 = sort { $a->identifier() cmp $b->identifier();
 102                            } $ont->get_descendant_terms($terms[0], $rel_type);
 103 is( $descendant_terms1[1], $terms[2] );
 104 is (scalar(@descendant_terms1), 3);
 105 is (scalar($ont->get_descendant_terms($terms[0], $rel_type1)), 0);
 106
 107 my @parent_terms = sort { $a->identifier() cmp $b->identifier();
 108                       } $ont->get_parent_terms($terms[1]);
 109 is (scalar(@parent_terms), 1);
 110 is( $parent_terms[0], $terms[0] );
 111
 112 my @ancestor_terms = sort { $a->identifier() cmp $b->identifier();
 113                         } $ont->get_ancestor_terms($terms[2]);
 114 is( $ancestor_terms[0], $terms[0] );
 115 is (scalar(@ancestor_terms), 3);
 116 is (scalar($ont->get_ancestor_terms($terms[2], $rel_type)), 3);
 117 is (scalar($ont->get_ancestor_terms($terms[2], $rel_type1)), 0);
 118
 119 my @leaf_terms = $ont->get_leaf_terms();
 120 # print scalar(@leaf_terms)."\n";
 121 is (scalar(@leaf_terms), 1);
 122 is( $leaf_terms[0], $terms[2]);
 123
 124 my @root_terms = $ont->get_root_terms();
 125 # print scalar(@root_terms)."\n";
 126 is (scalar(@root_terms), 1);
 127 is( $root_terms[0], $terms[0]);
 128
 129 #print $ont->engine->to_string();