mv netinstaller to bp_* and change docs accordingly
[bioperl-live.git] / INSTALL.WIN
blob354c289fb00f3aeaa6640b54d4404a75a18729cc
1 # $Id$
3                          Installing Bioperl on Windows
5    Contents
7      * 1 Introduction
8      * 2 Requirements
9      * 3 Installation using the Perl Package Manager
10      
11           * 3.1 GUI Installation
12           * 3.2 Comand-line Installation
13           
14      * 4 Installation using CPAN or manual installation
15      * 5 Bioperl
16      * 6 Perl on Windows
17      * 7 Bioperl on Windows
18      * 8 Beyond the Core
20           * 8.1 Setting environment variables
21           * 8.2 Installing bioperl-db
23      * 9 Bioperl in Cygwin
24      * 10 bioperl-db in Cygwin
25      * 11 Cygwin tips
26      * 12 MySQL and DBD::mysql
27      * 13 Expat
28      * 14 Directory for temporary files
29      * 15 BLAST
30      * 16 Compiling C code
32 Introduction
34    This installation guide was written by Barry Moore, Nathan Haigh
35    and other Bioperl authors based on the original work of Paul Boutros. The
36    guide was updated for the BioPerl wiki by Chris Fields and Nathan
37    Haigh.
39    Please report problems and/or fixes to the BioPerl mailing list.
40    
41    An up-to-date version of this document can be found on the BioPerl wiki:
42    
43    http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_on_Windows
45 Requirements
47    Only ActivePerl >= 5.8.8.819 is supported by the Bioperl team. Earlier
48    versions may work, but we do not support them.
50    One of the reason for this requirement is that ActivePerl >= 5.8.8.819 now
51    use Perl Package Manager 4 (PPM4). PPM4 is now superior to earlier
52    versions and also includes a Graphical User Interface (GUI). In short,
53    it's easier for us to produce and maintain a package for installation via
54    PPM and also easier for you to do the install! Proceed with earlier
55    versions at your own risk.
57    To install ActivePerl:
59            1) Download the ActivePerl MSI from ActiveState
61            2) Run the ActivePerl Installer (accepting all defaults is fine).
63 Installation using the Perl Package Manager
65   GUI Installation
67            1) Start the Perl Package Manager GUI from the Start menu.
69            2) Go to Edit >> Preferences and click the Repositories tab. Add a
70            new repository for each of the following:
72                               Repositories to add
73        +----------------------------------------------------------------+
74        |           Name           |              Location               |
75        |--------------------------+-------------------------------------|
76        |BioPerl-Release Candidates|[37]http://bioperl.org/DIST/RC       |
77        |--------------------------+-------------------------------------|
78        |BioPerl-Regular Releases  |[38]http://bioperl.org/DIST          |
79        |--------------------------+-------------------------------------|
80        |Kobes                     |[39]http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms|
81        |--------------------------+-------------------------------------|
82        |Bribes                    |[40]http://www.Bribes.org/perl/ppm   |
83        +----------------------------------------------------------------+
86            3) Select View >> All Packages.
88            4) In the search box type bioperl.
90            5) Right click the latest version of Bioperl available and choose
91            install.
93            5a) From bioperl 1.5.2 onward, all 'optional' pre-requisites will
94            be marked for installation. If you see that some of them complain
95            about needing a command-line installation (eg. XML::SAX::ExpatXS),
96            and you want those particular pre-requisites, stop now (skip step
97            6) and see the 'Command-line Installation' section.
99            6) Click the green arrow (Run marked actions) to complete the
100            installation.
102   Comand-line Installation
104            Use the ActiveState ppm-shell:
106            1) Open a cmd window by going to Start >> Run and typing
107            'cmd' and pressing return.
109            2) Do 
110               C:> ppm-shell
111               ppm>
112            
113            3) Make sure you have the module PPM-Repositories. Try
114            installing it:
115               ppm> install PPM-Repositories
117            4) For BioPerl 1.6.1, we require at least the following
118            repositories. You may have some present already.
120               ppm> repo add http://bioperl.org/DIST
121               ppm> repo add uwinnipeg
122               ppm> repo add trouchelle
124            Because you have installed PPM-Repositories, PPM will know
125            your Perl version, and select the correct repo from the
126            table above.
128            5) Install BioPerl (not "bioperl"). 
130               ppm> install BioPerl
132            If you are running ActiveState Perl 5.10, you may have a
133            glitch involving SOAP::Lite. Use the following workaround:
135            1) Get the index numbers for your active repositories: 
137               ppm> repo
139               | id | pkgs  | name                           |
140               |  1 | 11431 | ActiveState Package Repository |
141               |  2 |    14 | bioperl.org                    |
142               |  3 |   291 | uwinnipeg                      |
143               |  4 | 11755 | trouchelle                     | 
145            2) Execute the following commands. (The session here is
146            based on the above table. Substitute the correct index
147            numbers for your situation.)
149               rem -turn off ActiveState, trouchelle repos
150               ppm> repo off 1
151               ppm> repo off 4
152               rem -to get SOAP-Lite-0.69 from uwinnipeg...
153               ppm> install SOAP-Lite
154               rem -turn ActiveState, trouchelle back on...
155               ppm> repo on 1
156               ppm> repo on 4
157               rem -now try...
158               ppm> install BioPerl
160 Installation using CPAN or manual installation
162    Installation using PPM is preferred since it is easier, but if you run
163    into problems, or a ppm isn't available for the version/package of bioperl
164    you want, or you want to choose which optional dependencies to install,
165    you can install manually by downloading the appropriate package or by
166    using CPAN. In fact both methods ultimately need nmake to be
167    installed, CPAN to be upgraded to >= v1.81, Module::Build to be installed
168    (>= v0.2805) and Test::Harness to be upgraded to >= v2.62:
170            1) Download nmake
172            2) Double-click to run it, which extracts 3 files. Move both
173            NMAKE.EXE and the NMAKE.ERR files to a place in your PATH; if set
174            up properly, you can move these to your Perl bin directory,
175            normally C:\Perl\bin.
177            1) Open a cmd window by going to Start >> Run and typing 'cmd'
178            into the box and pressing return.
180            2) Type 'cpan' to enter the CPAN shell.
182            3) At the cpan> prompt, type 'install CPAN' to upgrade to the
183            latest version.
185            4) Quit (by typing 'q') and reload cpan. You may be asked some
186            configuration questions; accepting defaults is fine.
188            5) At the cpan> prompt, type 'o conf prefer_installer MB' to tell
189            CPAN to prefer to use Build.PL scripts for installation. Type 'o
190            conf commit' to save that choice.
192            6) At the cpan> prompt, type 'install Module::Build'.
194            7) At the cpan> prompt, type 'install Test::Harness'.
196    You can now follow the unix instructions for installing using CPAN, or
197    install manually:
199            8) Download the .zip version of the package you want.
201            9) Extract the archive in the normal way.
203            10) In a cmd window 'cd' to the directory you extracted to. Eg. if
204            you extracted to directory 'Temp', 'cd Temp\bioperl-1.5.2_100'
206            11) Type 'perl Build.PL' and answer the questions appropriately.
208            12) Type 'perl Build test'. All the tests should pass, but if they
209            don't, let us know. Your usage of Bioperl may not be affected
210            by the failure, so you can choose to continue anyway.
212            13) Type 'perl Build install' to install Bioperl.
214 Bioperl
216    Bioperl is a large collection of Perl modules (extensions to the
217    Perl language) that aid in the task of writing Perl code to deal
218    with sequence data in a myriad of ways. Bioperl provides objects for
219    various types of sequence data and their associated features and
220    annotations. It provides interfaces for analysis of these sequences with a
221    wide variety of external programs (BLAST, FASTA, clustalw and
222    EMBOSS to name just a few). It provides interfaces to various types of
223    databases both remote (GenBank, EMBL etc) and local (MySQL,
224    Flat_databases flat files, GFF etc.) for storage and retrieval of
225    sequences. And finally with its associated documentation and
226    mailing lists, Bioperl represents a community of bioinformatics
227    professionals working in Perl who are committed to supporting both
228    development of Bioperl and the new users who are drawn to the project.
230    While most bioinformatics and computational biology applications are
231    developed in UNIX/Linux environments, more and more programs are
232    being ported to other operating systems like Windows, and many users
233    (often biologists with little background in programming) are looking for
234    ways to automate bioinformatics analyses in the Windows environment.
236    Perl and Bioperl can be installed natively on Windows NT/2000/XP.
237    Most of the functionality of Bioperl is available with this type of
238    install. Much of the heavy lifting in bioinformatics is done by programs
239    originally developed in lower level languages like C and Pascal
240    (e.g. BLAST, clustalw, Staden etc). Bioperl simply acts as
241    a wrapper for running and parsing output from these external programs.
243    Some of those programs (BLAST for example) are ported to Windows.
244    These can be installed and work quite happily with Bioperl in the native
245    Windows environment. Some external programs such as Staden and the
246    EMBOSS suite of programs can only be installed on Windows by using
247    Cygwin and its gcc C compiler (see Bioperl in Cygwin, below).
248    Recent attempts to port EMBOSS to Windows, however, have been mostly
249    successful.
251    If you have a fairly simple project in mind, want to start using Bioperl
252    quickly, only have access to a computer running Windows, and/or don't mind
253    bumping up against some limitations then Bioperl on Windows may be a
254    good place for you to start. For example, downloading a bunch of sequences
255    from GenBank and sorting out the ones that have a particular
256    annotation or feature works great. Running a bunch of your sequences
257    against remote or local BLAST, parsing the output and storing it
258    in a MySQL database would be fine also.
260    Be aware that most Bioperl developers are working in some type of a
261    UNIX environment (Linux, OS X, Cygwin). If you have
262    problems with Bioperl that are specific to the Windows environment, you
263    may be blazing new ground and your pleas for help on the Bioperl mailing
264    list may get few responses (you can but try!) - simply because no one
265    knows the answer to your Windows specific problem. If this is or becomes a
266    problem for you then you are better off working in some type of UNIX-like
267    environment. One solution to this problem that will keep you working on a
268    Windows machine it to install Cygwin, a UNIX emulation environment for
269    Windows. A number of Bioperl users are using this approach successfully
270    and it is discussed in more detail below.
272 Perl on Windows
274    There are a couple of ways of installing Perl on a Windows machine. The
275    most common and easiest is to get the most recent build from
276    ActiveState, a software company that provides free builds of Perl for
277    Windows users. The current (October 2006) build is ActivePerl 5.8.8.819.
278    Bioperl also works on Perl 5.6.x, but due to installation problems etc,
279    only ActivePerl 5.8.8.819 or later is supported for WinXP installation.
280    To install ActivePerl on Windows:
282            1) Download the ActivePerl MSI from
283            http://www.activestate.com/Products/ActivePerl/.
285            2) Run the ActivePerl Installer (accepting all defaults is fine).
287    You can also build Perl yourself (which requires a C compiler) or download
288    one of the other binary distributions. The Perl source for building it
289    yourself is available from CPAN, as are a few other binary
290    distributions that are alternatives to ActiveState. This approach is not
291    recommended unless you have specific reasons for doing so and know what
292    you're doing. If that's the case you probably don't need to be reading
293    this guide.
295    Cygwin is a UNIX emulation environment for Windows and comes with
296    its own copy of Perl.
298    Information on Cygwin and Bioperl is found below.
300 Bioperl on Windows
302    Perl is a programming language that has been extended a lot by the
303    addition of external modules.
305    These modules work with the core language to extend the functionality of
306    Perl.
308    Bioperl is one such extension to Perl. These modular extensions to
309    Perl sometimes depend on the functionality of other Perl modules and this
310    creates a dependency. You can't install module X unless you have already
311    installed module Y. Some Perl modules are so fundamentally useful that the
312    Perl developers have included them in the core distribution of Perl - if
313    you've installed Perl then these modules are already installed. Other
314    modules are freely available from CPAN, but you'll have to install them
315    yourself if you want to use them. Bioperl has such dependencies.
317    Bioperl is actually a large collection of Perl modules (over 1000
318    currently) and these modules are split into seven packages. These seven
319    packages are:
321    +------------------------------------------------------------------------+
322    |    Bioperl Group     |                    Functions                    |
323    |----------------------+-------------------------------------------------|
324    |bioperl (the core)    |Most of the main functionality of Bioperl        |
325    |----------------------+-------------------------------------------------|
326    |bioperl-run           |Wrappers to a lot of external programs           |
327    |----------------------+-------------------------------------------------|
328    |bioperl-ext           |Interaction with some alignment functions and the|
329    |                      |Staden package                                   |
330    |----------------------+-------------------------------------------------|
331    |bioperl-db            |Using Bioperl with BioSQL and local relational   |
332    |                      |databases                                        |
333    |----------------------+-------------------------------------------------|
334    |bioperl-microarray    |Microarray specific functions                    |
335    |----------------------+-------------------------------------------------|
336    |bioperl-pedigree      |manipulating genotype, marker, and individual    |
337    |                      |data for linkage studies                         |
338    |----------------------+-------------------------------------------------|
339    |bioperl-gui           |Some preliminary work on a graphical user        |
340    |                      |interface to some Bioperl functions              |
341    +------------------------------------------------------------------------+
343    The Bioperl core is what most new users will want to start with. Bioperl
344    (the core) and the Perl modules that it depends on can be easily installed
345    with the perl package Manager PPM. PPM is an ActivePerl utility for
346    installing Perl modules on systems using ActivePerl. PPM will look online
347    (you have to be connected to the internet of course) for files (these
348    files end with .ppd) that tell it how to install the modules you want and
349    what other modules your new modules depends on. It will then download and
350    install your modules and all dependent modules for you.
352    These .ppd files are stored online in PPM repositories. ActiveState
353    maintains the largest PPM repository and when you installed ActivePerl PPM
354    was installed with directions for using the ActiveState repositories.
355    Unfortunately the ActiveState repositories are far from complete and other
356    ActivePerl users maintain their own PPM repositories to fill in the gaps.
357    Installing will require you to direct PPM to look in three new
358    repositories as detailed in Installation Guide.
360    Once PPM knows where to look for Bioperl and it's dependencies you simply
361    tell PPM to search for packages with a particular name, select those of
362    interest and then tell PPM to install the selected packages.
364 Beyond the Core
366    You may find that you want some of the features of other Bioperl groups
367    like bioperl-run or bioperl-db. Currently, plans include setting up PPM
368    packages for installing these parts of Bioperl; check this by doing a
369    Bioperl search in PPM.  If these are not available, though, you can use
370    the following instructions for installing the other distributions.
372    For this you will need a Windows version of the program make
373    called nmake:
375    http://download.microsoft.com/download/vc15/Patch/1.52/W95/EN-US/Nmake15.exe
377    You will also want to have a willingness to experiment. You'll have to
378    read the installation documents for each component that you want to
379    install, and use nmake where the instructions call for make, like so:
381  perl Makefile.PL
382  nmake
383  nmake test
384  nmake install
386    'nmake test' will likely produce lots of warnings, many of these can be
387    safely ignored (these stem from the excessively paranoid '-w' flag in
388    ActivePerl). You will have to determine from the installation documents
389    what dependencies are required, and you will have to get them, read their
390    documentation and install them first. It is recommended that you look
391    through the PPM repositories for any modules before resorting to using
392    nmake as there isn't any guarantee modules built using nmake will work.
393    The details of this are beyond the scope of this guide. Read the
394    documentation. Search Google. Try your best, and if you get stuck consult
395    with others on the BioPerl mailing list.
397     Setting environment variables
399    Some modules and tools such as Bio::Tools::Run::StandAloneBlast and
400    clustal_w, require that environment variables are set; a few examples
401    are listed in the INSTALL document. Different versions of Windows utilize
402    different methods for setting these variables. NOTE: The instructions that
403    comes with the BLAST executables for setting up BLAST on Windows are
404    out-of-date. Go to the following web address for instructions on setting
405    up standalone BLAST for Windows:
406    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/tao/URLAPI/pc_setup.html
408      * For Windows XP, go here. This does not require a reboot but all
409        active shells will not reflect any changes made to the environment.
410      * For older versions (Windows 95 to ME), generally editing the
411        C:\autoexec.bat file to add a variable works. This requires a reboot.
412        Here's an example:
414  set BLASTDB=C:\blast\data
416    For either case, you can check the variable this way:
418  C:\Documents and Settings\Administrator>echo %BLASTDB%
419  C:\blast\data
421    Some versions of Windows may have problems differentiating forward and
422    back slashes used for directories. In general, always use backslashes (\).
423    If something isn't working properly try reversing the slashes to see if it
424    helps.
426    For setting up Cygwin environment variables quirks, see an example
427    below.
429     Installing bioperl-db
431    bioperl-db now works for Windows w/o installing CygWin. This has
432    primarily been tested on WinXP using MySQL5, but it is expected that other
433    bioperl-db supported databases (PostgreSQL, Oracle) should work.
435    You will need Bioperl rel. 1.5.2, a relational database (I use MySQL5 here
436    as an example), and the Perl modules DBI and DBD::mysql, which
437    can be installed from PPM as desribed above (make sure the additional
438    repositories for Kobes and Bribes are added, they will have the latest
439    releases). Do NOT try using nmake with these modules as they will not
440    build correctly under Windows! The PPM builds, by Randy Kobes, have been
441    modified and tested specifically for Windows and ActivePerl.
443    NOTE: we plan on having a PPM for bioperl-db available along with the
444    regular bioperl 1.5.2 release PPM. We will post instructions at that
445    time on using PPM to install bioperl-db.
447    To begin, follow instructions detailed in the Installation Guide for
448    adding the three new repositories (Bioperl, Kobes and Bribes). Then
449    install the following packages:
451            1) DBI
452            2) DBD-mysql
454    The next step involves creating a database. The following steps are for
455    MySQL5:
457  >mysqladmin -u root -p create bioseqdb
458  Enter password: **********
460    The database needs to be loaded with the BioSQL schema, which can be
461    downloaded as a tarball here.
463  >mysql -u root -p bioseqdb < biosqldb-mysql.sql
464  Enter password: **********
466    Download bioperl-db from CVS. Use the following to install the
467    modules:
469  perl Makefile.PL
470  nmake
472    Now, for testing out bioperl-db, make a copy of the file
473    DBHarness.conf.example in the bioperl-db test subdirectory (bioperl-db\t).
474    Rename it to DBHarness.biosql.conf, and modify it for your database setup
475    (particularly the user, password, database name, and driver). Save the
476    file, change back to the main bioperl-db directory, and run 'nmake test'.
477    You may see lots of the following lines,
479  ....
480  Subroutine Bio::Annotation::Reference::(eq redefined at C:/Perl/lib/overload.pm line 25,
481      <GEN0> line 1.
482  Subroutine new redefined at C:\Perl\src\bioperl\bioperl-live/Bio\Annotation\Reference.pm line 80,
483      <GEN0> line 1.
484  ....
486    which can be safely ignored (again, these come from ActivePerl's paranoid
487    '-w' flag). All tests should pass. NOTE : tests should be run with
488    a clean database with the BiOSQL schema loaded, but w/o taxonomy loaded
489    (see below).
491    To install, run:
493  nmake install
495    It is recommended that you load the taxonomy database using the script
496    load_ncbi_taxonomy.pl included in biosql-schema\scripts. You will need to
497    download the latest taxonomy files. This can be accomplished using the
498    -download flag in load_ncbi_taxonomy.pl, but it will not 'untar' the file
499    correctly unless you have GNU tar present in your PATH (which most Windows
500    users will not have), thus causing the following error:
502  >load_ncbi_taxonomy.pl -download -driver mysql -dbname bioseqdb -dbuser root -dbpass **********
503  The system cannot find the path specified.
504  Loading NCBI taxon database in taxdata:
505          ... retrieving all taxon nodes in the database
506          ... reading in taxon nodes from nodes.dmp
507  Couldn't open data file taxdata/nodes.dmp: No such file or directory rollback ineffective with
508  AutoCommit enabled at C:\Perl\src\bioperl\biosql-schema\scripts\load_ncbi_taxonomy.pl line 818.
509  Rollback ineffective while AutoCommit is on at
510  C:\Perl\src\bioperl\biosql-schema\scripts\load_ncbi_taxonomy.pl line 818.
511  rollback failed: Rollback ineffective while AutoCommit is on
513    Use a file decompression utility like 7-Zip to 'untar' the files in
514    the folder (if using 7-Zip, this can be accomplished by right-clicking on
515    the file and using the option 'Extract here'). Rerun the script without
516    the -download flag to load the taxonomic information. Be patient, as this
517    can take quite a while:
519  >load_ncbi_taxonomy.pl -driver mysql -dbname bioseqdb -dbuser root -dbpass **********
521  Loading NCBI taxon database in taxdata:
522          ... retrieving all taxon nodes in the database
523          ... reading in taxon nodes from nodes.dmp
524          ... insert / update / delete taxon nodes
525          ... (committing nodes)
526          ... rebuilding nested set left/right values
527          ... reading in taxon names from names.dmp
528          ... deleting old taxon names
529          ... inserting new taxon names
530          ... cleaning up
531  Done.
533    Now, load the database with your sequences using the script
534    load_seqdatabase.pl, in bioperl-db's bioperl-db\script directory:
536  C:\Perl\src\bioperl\bioperl-db\scripts\biosql>load_seqdatabase.pl -drive mysql
537                                -dbname bioseqdb -dbuser root -dbpass **********
538  Loading NP_249092.gpt ...
539  Done.
541    You may see occasional errors depending on the sequence format, which is a
542    non-platform-related issue. Many of these are due to not having an updated
543    taxonomic database and may be rectified by updating the taxonomic
544    information as detailed in load_ncbi_taxonomy.pl's POD.
546    Thanks to Baohua Wang, who found the initial Windows-specific problem in
547    Bio::Root::Root that led to this fix, to Sendu Bala for fixing
548    Bug #1938, and to Hilmar Lapp for his input.
550 Bioperl in Cygwin
552    Cygwin is a Unix emulator and shell environment available free at
553    http://www.cygwin.com. Bioperl v. 1.* supposedly runs well within Cygwin,
554    though the latest release has not been tested with Cygwin yet. Some
555    users claim that installation of Bioperl is easier within Cygwin than
556    within Windows, but these may be users with UNIX backgrounds. A note on
557    Cygwin: it doesn't write to your Registry, it doesn't alter your system or
558    your existing files in any way, it doesn't create partitions, it simply
559    creates a cygwin/ directory and writes all of its files to that directory.
560    To uninstall Cygwin just delete that directory.
562    One advantage of using Bioperl in Cygwin is that all the external modules
563    are available through CPAN - the same cannot be said of ActiveState's PPM
564    utility.
566    To get Bioperl running first install the basic Cygwin package as well as
567    the Cygwin perl, make, binutils, and gcc packages. Clicking the View
568    button in the upper right of the installer window enables you to see
569    details on the various packages. Then start up Cygwin and follow the
570    Bioperl installation instructions for UNIX in Bioperl's INSTALL file
571    (for example, THE BIOPERL BUNDLE and INSTALLING BIOPERL THE EASY WAY USING
572    CPAN).
574 bioperl-db in Cygwin
576    This package is installed using the instructions contained in the package,
577    without modification. Since postgres is a package within Cygwin this is
578    probably the easiest of the 3 platforms supported in bioperl-db to
579    install (postgres, Mysql, Oracle).
581 Cygwin tips
583    If you can, install Cygwin on a drive or partition that's
584    NTFS-formatted, not FAT32-formatted. When you install Cygwin on
585    a FAT32 partition you will not be able to set permissions and ownership
586    correctly. In most situations this probably won't make any difference but
587    there may be occasions where this is a problem.
589    If you're trying to use some application or resource outside of Cygwin
590    directory and you're having a problem remember that Cygwin's path syntax
591    may not be the correct one. Cygwin understands /home/jacky or
592    /cygdrive/e/cygwin/home/jacky (when referring to the E: drive) but the
593    external resource may want E:/cygwin/home/jacky. So your *rc files may end
594    up with paths written in these different syntaxes, depending.
596 MySQL and DBD::mysql
598    You may want to install a relational database in order to use BioPerl
599    db, BioSQL or OBDA. The easiest way to install Mysql is to use
600    the Windows binaries available at http://www.mysql.com. Note that
601    Windows does not have sockets, so you need to force the Mysql connections
602    to use TCP/IP instead. Do this by using the -h, or host, option from the
603    command-line. Example:
605  >mysql -h 127.0.0.1 -u <user> -p<password> <database>
607    Alternatively you could install postgres instead of MySQL, postgres is
608    already a package in Cygwin.
610    One known issue is that DBD::mysql can be tricky to install in Cygwin
611    and this module is required for the bioperl-db, Biosql, and
612    bioperl-pipeline external packages. Fortunately there's some good
613    instructions online:
615      * Instructions included with DBD::mysql:
616      
617        http://search.cpan.org/src/JWIED/DBD-mysql-2.1025/INSTALL.html#windows/cygwin
618        
619      * Additional instructions if you run into any problems; this
620        information is more up-to-date, covers post-2.9 DBD::mysql quirks in
621        Cygwin.
622        
623        http://rage.against.org/installingdbdmysqlInCygwin
625 Expat
627    Note that expat comes with Cygwin (it's used by the modules
628    XML::Parser and XML::SAX::ExpatXS, which are used by certain
629    Bioperl modules).
631 Directory for temporary files
633    Set the environmental variable TMPDIR, programs like BLAST and
634    clustalw need a place to create temporary files. e.g.:
636  setenv TMPDIR e:/cygwin/tmp     # csh, tcsh
637  export TMPDIR=e:/cygwin/tmp    # sh, bash
639    This is not the syntax that Cygwin understands, which would be something
640    like /cygdrive/e/cygwin/tmp or /tmp, this is the syntax that a Windows
641    application expects.
643    If this variable is not set correctly you'll see errors like this when you
644    run Bio::Tools::Run::StandAloneBlast:
646    ------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------
647    MSG: Could not open /tmp/gXkwEbrL0a: No such file or directory
648    STACK: Error::throw
649    ..........
651    [edit]
653 BLAST
655    If you want use BLAST we recommend that the Windows binary be obtained
656    from NCBI (ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/ - the
657    file will be named something like blast-2.2.13-ia32-win32.exe). Then
658    follow the Windows instructions in README.bls. You will also need to set
659    the BLASTDIR environment variable to reflect the directory which holds the
660    blast executable and data folder. You may also want to set other variables
661    to reflect the location of your databases and substitution matrices if
662    they differ from the location of your blast executables; see
663    Installing Bioperl for Unix for more details.
665 Compiling C code
667    Although we've recommended using the BLAST and MySQL binaries
668    you should be able to compile just about everything else from source code
669    using Cygwin's gcc. You'll notice when you're installing Cygwin that many
670    different libraries are also available (gd, jpeg, etc.).