t/SeqFeature/Computation.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 12);
  11
  12     use_ok('Bio::SeqFeature::Computation');
  13 }
  14
  15 my ($comp_obj1, $comp_obj2, @sft);
  16
  17 ok $comp_obj1 = Bio::SeqFeature::Computation->new(
  18     -start => 1,
  19     -end   => 10,
  20 );
  21
  22 is $comp_obj1->computation_id(332), 332, 'computation id';
  23
  24 ok $comp_obj1->add_score_value('P', 33), 'score value';
  25
  26 ok $comp_obj2 = Bio::SeqFeature::Computation->new(
  27     -start => 2,
  28     -end   => 10,
  29 );
  30
  31 ok $comp_obj1->add_SeqFeature($comp_obj2, 'exon');
  32 ok @sft = $comp_obj1->get_all_SeqFeature_types();
  33
  34 is $sft[0], 'exon', 'sft[0] is exon';
  35
  36
  37 ok $comp_obj1 = Bio::SeqFeature::Computation->new(
  38     -start => 10,
  39     -end => 100,
  40     -strand => -1,
  41     -primary => 'repeat',
  42     -program_name => 'GeneMark',
  43     -program_date => '12-5-2000',
  44     -program_version => 'x.y',
  45     -database_name => 'Arabidopsis',
  46     -database_date => '12-dec-2000',
  47     -computation_id => 2231,
  48     -score    => { no_score => 334 },
  49 );
  50
  51 is $comp_obj1->computation_id, 2231, 'computation id';
  52 ok $comp_obj1->add_score_value('P', 33);
  53 is ( ($comp_obj1->each_score_value('no_score'))[0], '334', 'score value');