t/ClusterIO/ClusterIO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 12,
  11                            -requires_module => 'Time::HiRes');
  12
  13         use_ok('Bio::ClusterIO');
  14         use_ok('Bio::Cluster::ClusterFactory');
  15 }
  16
  17 SKIP: {
  18         test_skip(-tests => 8, -requires_module => 'XML::SAX');
  19
  20         my ($clusterio, $result,$hit,$hsp);
  21         $clusterio = Bio::ClusterIO->new('-tempfile' => 0,
  22                                         '-format' => 'dbsnp',
  23                                         '-file'   => test_input_file('LittleChrY.dbsnp.xml'));
  24
  25         $result = $clusterio->next_cluster;
  26         ok($result);
  27         is($result->observed, 'C/T');
  28         is($result->type, 'notwithdrawn');
  29         ok($result->seq_5);
  30         ok($result->seq_3);
  31         my @ss = $result->each_subsnp;
  32         is scalar @ss,  5;
  33         is($ss[0]->handle, 'CGAP-GAI');
  34         is($ss[1]->handle, 'LEE');
  35
  36         # don't know if these were ever meant to work... cjf 3/7/07
  37         #is($result->heterozygous, 0.208738461136818);
  38         #is($result->heterozygous_SE, 0.0260274689436777);
  39 }
  40
  41 ###################################
  42 # ClusterFactory tests            #
  43 ###################################
  44
  45 my $fact = Bio::Cluster::ClusterFactory->new();
  46 # auto-recognize implementation class
  47 my $clu = $fact->create_object(-display_id => 'Hs.2');
  48 isa_ok($clu, "Bio::Cluster::UniGeneI");
  49 $clu = $fact->create_object(-namespace => "UNIGENE");
  50 isa_ok($clu, "Bio::Cluster::UniGeneI");