scripts/utilities/search2BSML.PLS

   1 #!perl -w
   2
   3 # Author:      Jason Stajich <jason-at-bioperl-dot-org>
   4 # Description: Turn SearchIO parseable report(s) into a GFF report
   5 #
   6 =head1 NAME
   7
   8 search2bsml - Turn SearchIO parseable reports(s) into a BSML report
   9
  10 =head1 SYNOPSIS
  11
  12 Usage:
  13   search2bsml [-o outputfile] [-f reportformat] [-i inputfilename]  OR file1 file2 ..
  14
  15 =head1 DESCRIPTION
  16
  17 This script will turn a protein Search report (BLASTP, FASTP, SSEARCH,
  18 AXT, WABA, SIM4) into a BSML File.
  19
  20 The options are:
  21
  22    -i infilename        - (optional) inputfilename, will read
  23                           either ARGV files or from STDIN
  24    -o filename          - the output filename [default STDOUT]
  25    -f format            - search result format (blast, fasta,waba,axt)
  26                           (ssearch is fasta format). default is blast.
  27    -h                   - this help menu
  28
  29 Additionally specify the filenames you want to process on the
  30 command-line.  If no files are specified then STDIN input is assumed.
  31 You specify this by doing: search2gff E<lt> file1 file2 file3
  32
  33 =head1 AUTHOR
  34
  35 Jason Stajich, jason-at-bioperl-dot-org
  36
  37 =cut
  38
  39 use strict;
  40 use Getopt::Long;
  41 use Bio::SearchIO;
  42
  43 my ($output,$input,$format,$type,$help,$cutoff);
  44 $format = 'blast'; # by default
  45 GetOptions(
  46            'i|input:s'  => \$input,
  47            'o|output:s' => \$output,
  48            'f|format:s' => \$format,
  49            'c|cutoff:s' => \$cutoff,
  50            'h|help'     => sub{ exec('perldoc',$0);
  51                                 exit(0)
  52                                 },
  53            );
  54 # if no input is provided STDIN will be used
  55 my $parser = new Bio::SearchIO(-format => $format,
  56                                -file   => $input);
  57
  58 my $out;
  59 if( defined $output ) {
  60     $out = new Bio::SearchIO(-file => ">$output",
  61                              -output_format => 'BSMLResultWriter');
  62 } else {
  63     $out = new Bio::SearchIO(-output_format => 'BSMLResultWriter'); # STDOUT
  64 }
  65
  66 while( my $result = $parser->next_result ) {
  67     $out->write_result($result);
  68 }
  69