t/SearchIO/infernal.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO_infernal.t 14672 2008-04-22 21:42:50Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 412);
  11
  12     use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my ($result, $iter, $hit, $hsp, $algorithm, $meta);
  16
  17 ### Infernal v. 1.0 ####
  18
  19 my $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
  20                                 -file   => test_input_file('test2.infernal'),
  21                                 -model => 'tRNAtest',
  22                                 -query_acc => 'RF01234',
  23                                 -query_desc => 'tRNA',
  24                                );
  25
  26 $result = $searchio->next_result;
  27 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
  28 is($result->algorithm, 'CMSEARCH', "Result");
  29 is($result->algorithm_reference, undef, "Result reference");
  30 is($result->algorithm_version, '1.0', "Result version");
  31 is($result->available_parameters, 0, "Result parameters");
  32 is($result->available_statistics, 0, "Result statistics");
  33 is($result->database_entries, '', "Result entries");
  34 is($result->database_letters, 600000, "Result letters");
  35 is($result->database_name, 'tosearch.300Kb.db',
  36    "Result database_name");
  37 is($result->num_hits, 1, "Result num_hits");
  38 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
  39 is($result->query_accession, 'RF01234', "Result query_accession");
  40 is($result->query_description, 'tRNA', "Result query_description");
  41 is($result->query_length, 72, "Result query_length");
  42 is($result->query_name, 'trna.5-1', "Result query_name");
  43
  44 $hit = $result->next_hit;
  45
  46 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
  47 is($hit->ncbi_gi, '', "Hit GI");
  48 is($hit->accession, 'example', "Hit accession");
  49 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
  50 is($hit->bits, '78.06', "Hit bits");
  51 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
  52 is($hit->locus, '', "Hit locus");
  53 is($hit->n, 3, "Hit n");
  54 is($hit->name, 'example', "Hit name");
  55 is($hit->num_hsps, 3, "Hit num_hsps");
  56
  57 # These Bio::Search::Hit::HitI methods are currently unimplemented in
  58 # Bio::Search::Hit::ModelHit; they may be integrated over time but will require
  59 # some reconfiguring for Model-based searches
  60
  61 # these need to be replaced by dies_ok() or warnings_like()
  62 warning_like { $hit->length_aln() }
  63     qr'length_aln not implemented for Model-based searches',
  64     "Hit length_aln() not implemented";
  65 warning_like {$hit->num_unaligned_hit}
  66     qr'num_unaligned_hit/num_unaligned_sbjct not implemented for Model-based searches',
  67     "Hit num_unaligned_hit() not implemented";
  68 warning_like {$hit->num_unaligned_query}
  69     qr'num_unaligned_query not implemented for Model-based searches',
  70     "Hit num_unaligned_query() not implemented";
  71 warning_like {$hit->num_unaligned_sbjct}
  72     qr'num_unaligned_hit/num_unaligned_sbjct not implemented for Model-based searches',
  73     "Hit num_unaligned_sbjct() not implemented";
  74 warning_like {$hit->start}
  75     qr'start not implemented for Model-based searches',
  76     'Hit start not implemented';
  77 warning_like {$hit->end}
  78     qr'end not implemented for Model-based searches',
  79     'Hit end not implemented';
  80 warning_like {$hit->strand}
  81     qr'strand not implemented for Model-based searches',
  82     'Hit strand not implemented';
  83 warning_like {$hit->logical_length}
  84     qr'logical_length not implemented for Model-based searches',
  85     'Hit logical_length not implemented';
  86 warning_like {$hit->frac_aligned_hit}
  87     qr'frac_aligned_hit not implemented for Model-based searches',
  88     'Hit frac_aligned_hit not implemented';
  89 warning_like {$hit->frac_aligned_query}
  90     qr'frac_aligned_query not implemented for Model-based searches',
  91     'Hit frac_aligned_query not implemented';
  92 warning_like {$hit->frac_conserved}
  93     qr'frac_conserved not implemented for Model-based searches',
  94     'Hit frac_conserved not implemented';
  95 warning_like {$hit->frac_identical}
  96     qr'frac_identical not implemented for Model-based searches',
  97     'Hit frac_identical not implemented';
  98 warning_like {$hit->matches}
  99     qr'matches not implemented for Model-based searches',
 100     'Hit matches not implemented';
 101 warning_like {$hit->gaps}
 102     qr'gaps not implemented for Model-based searches',
 103     'Hit gaps not implemented';
 104 warning_like {$hit->frame}
 105     qr'frame not implemented for Model-based searches',
 106     'Hit frame not implemented';
 107 warning_like {$hit->range}
 108     qr'range not implemented for Model-based searches',
 109     'Hit range not implemented';
 110 warning_like {$hit->seq_inds}
 111     qr'seq_inds not implemented for Model-based searches',
 112     'Hit seq_inds not implemented';
 113
 114 is($hit->length, 0, "Hit length");
 115 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 116 is($hit->query_length, 72, "Hit query_length");
 117 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
 118 is($hit->raw_score, '78.06', "Hit raw_score");
 119 is($hit->score, '78.06', "Hit score");
 120 float_is($hit->p, '2.906e-26', "Hit p");
 121 float_is($hit->significance, '3.133e-21');
 122
 123 $hsp = $hit->next_hsp;
 124 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 125 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 126 float_is($hsp->evalue, '3.133e-21');
 127 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 128 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 129 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 130 is($meta, '(((((((,,<<<<___.____>>>>,<<<<<_______>>>>>,,,,,<<<<<_______>>>>>))))))):');
 131 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 132 is($meta, '(((((((,,<<<<___.____>>>>,<<<<<_______>>>>>,,,,,<<<<<_______>>>>>))))))):');
 133
 134 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 135 is($hsp->gaps, 1, "HSP gaps");
 136 is($hit->length, 0, "Hit length");
 137 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 138 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 139 is($hsp->hit_string,
 140    'GCGGAUUUAGCUCAGUuGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCA',
 141    "HSP hit_string");
 142 is($hsp->homology_string,
 143    'GC::A::UAGC:CAGU GG AG:GCGCCAG:CUG+++A:CUGGAGGUCC:G:GUUCGAU C:C:G::U::GCA',
 144    "HSP homology_string");
 145 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 146 is($hsp->hsp_length, 73, "HSP hsp_length");
 147 is($hsp->length, 73, "HSP length");
 148 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 149 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 150 float_is($hsp->pvalue, 2.906e-26, "HSP pvalue");
 151 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 152 is($hsp->query_string,
 153    'gCcgacAUaGcgcAgU.GGuAgcgCgccagccUgucAagcuggAGgUCCgggGUUCGAUuCcccGUgucgGca',
 154    "HSP query_string");
 155 is($hsp->range, 72, "HSP range");
 156 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 157 float_is($hsp->significance, 3.133e-21);
 158 is($hsp->end, 72, "HSP end");
 159 float_is($hsp->expect, '3.133e-21', "HSP expect");
 160
 161 # These Bio::Search::HSP::HSPI methods are currently unimplemented in
 162 # Bio::Search::HSP::ModelHSP; they may be integrated over time but will require
 163 # some reconfiguring for Model-based searches
 164
 165 warning_like {$hsp->seq_inds}
 166     qr'seq_inds not implemented for Model-based searches',
 167     'HSP seq_inds not implemented';
 168 warning_like {$hsp->matches}
 169     qr'matches not implemented for Model-based searches',
 170     'HSP matches not implemented';
 171 warning_like {$hsp->frac_conserved}
 172     qr'frac_conserved not implemented for Model-based searches',
 173     'HSP frac_conserved not implemented';
 174 warning_like {$hsp->frac_identical}
 175     qr'frac_identical not implemented for Model-based searches',
 176     'HSP frac_identical not implemented';
 177 warning_like {$hsp->num_conserved}
 178     qr'num_conserved not implemented for Model-based searches',
 179     'HSP num_conserved not implemented';
 180 warning_like {$hsp->num_identical}
 181     qr'num_identical not implemented for Model-based searches',
 182     'HSP num_identical not implemented';
 183 warning_like {$hsp->percent_identity}
 184     qr'percent_identity not implemented for Model-based searches',
 185     'HSP percent_identity not implemented';
 186 warning_like {$hsp->cigar_string}
 187     qr'cigar_string not implemented for Model-based searches',
 188     'HSP cigar_string not implemented';
 189 warning_like {$hsp->generate_cigar_string}
 190     qr'generate_cigar_string not implemented for Model-based searches',
 191     'HSP cigar_string not implemented';
 192
 193 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 194 is($hsp->seq_str,
 195    'gCcgacAUaGcgcAgU.GGuAgcgCgccagccUgucAagcuggAGgUCCgggGUUCGAUuCcccGUgucgGca',
 196    "HSP seq_str");
 197 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 198 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 199 is($hsp->meta,
 200    '(((((((,,<<<<___.____>>>>,<<<<<_______>>>>>,,,,,<<<<<_______>>>>>))))))):',
 201    "HSP meta");
 202 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 203
 204 $hsp = $hit->next_hsp;
 205 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 206 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 207 float_is($hsp->evalue, 0.6752);
 208 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 209 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 210 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 211 is($hsp->gaps, 4, "HSP gaps");
 212 # infernal can return alignment data
 213 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 214 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 215 is($hsp->hit_string,
 216    'UCUGCUAUGGCGUAAUGGCCACGCGC----CCAUCAACAAAGAUAUC*[19]*UAACAGGA',
 217    "HSP hit_string");
 218 is($hsp->homology_string,
 219    ' C:G :AU+GCG:A+UGG  :CGCGC    C  UCAA +++GA +UC      U: C:G A',
 220    "HSP homology_string");
 221 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 222 is($hsp->hsp_length, 73, "HSP hsp_length");
 223 is($hsp->length, 73, "HSP length");
 224 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 225 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 226 float_is($hsp->pvalue, 6.263e-06, "HSP pvalue");
 227 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 228 is($hsp->query_string,
 229    'gCcgacAUaGcgcAgUGGuAgcgCgccagccUgucAagcuggAGgUC*[17]*UgucgGca',
 230    "HSP query_string");
 231 is($hsp->range, 72, "HSP range");
 232 is($hsp->rank, 2, "HSP rank");
 233 float_is($hsp->significance, 0.6752);
 234 is($hsp->end, 72, "HSP end");
 235 float_is($hsp->expect, 0.6752, "HSP expect");
 236 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 237 # this should probably default to the hit string
 238 is($hsp->seq_str,
 239    'gCcgacAUaGcgcAgUGGuAgcgCgccagccUgucAagcuggAGgUC*[17]*UgucgGca',
 240    "HSP seq_str");
 241 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 242 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 243 is($hsp->meta,
 244    '(((((((,,<<<<_______>>>>,<<<<<_______>>>>>,,,,,~~~~~~))))))):',
 245    "HSP meta");
 246 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 247
 248 ### Infernal pre-v. 1.0 ####
 249
 250 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
 251                                 -file   => test_input_file('test.infernal'),
 252                                 # version is reset to the correct one by parser
 253                                 -version => 0.7,
 254                                 -model => 'Purine',
 255                                 -query_acc => 'RF00167',
 256                                 -query_desc => 'Purine riboswitch',
 257                                 -database => 'b_sub.fas',
 258                                 -hsp_minscore => 40,
 259                                 -convert_meta => 0,
 260                                );
 261
 262 $result = $searchio->next_result;
 263 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
 264 $algorithm = $result->algorithm;
 265 is($result->algorithm, 'CMSEARCH', "Result $algorithm");
 266 is($result->algorithm_reference, undef, "Result $algorithm reference");
 267 is($result->algorithm_version, 0.7, "Result $algorithm version");
 268 is($result->available_parameters, 0, "Result parameters");
 269 is($result->available_statistics, 0, "Result statistics");
 270 is($result->database_entries, '', "Result entries");
 271 is($result->database_letters, '', "Result letters");
 272 is($result->database_name, 'b_sub.fas', "Result database_name");
 273 is($result->num_hits, 2, "Result num_hits");
 274 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
 275 is($result->query_accession, 'RF00167', "Result query_accession");
 276 is($result->query_description, 'Purine riboswitch', "Result query_description");
 277 is($result->query_length, 102, "Result query_length");
 278 is($result->query_name, 'Purine', "Result query_name");
 279
 280 $hit = $result->next_hit;
 281
 282 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 283 is($hit->ncbi_gi, '2239287', "Hit GI");
 284 is($hit->accession, 'U51115.1', "Hit accession");
 285 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 286 is($hit->bits, 81.29, "Hit bits");
 287 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 288 is($hit->locus, 'BSU51115', "Hit locus");
 289 is($hit->n, 2, "Hit n");
 290 is($hit->name, 'gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115', "Hit name");
 291 is($hit->num_hsps, 2, "Hit num_hsps");
 292
 293 # p() works but there are no evalues yet for Infernal output, so catch and check...
 294 warning_like {$hit->p}
 295     qr'P-value not defined. Using significance\(\) instead',
 296     "No p values";
 297
 298 is($hit->length, 0, "Hit length");
 299 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 300 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 301 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
 302 is($hit->raw_score, 81.29, "Hit raw_score");
 303 is($hit->score, 81.29, "Hit score");
 304 float_is($hit->significance, undef);
 305
 306 $hsp = $hit->next_hsp;
 307 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 308 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 309 float_is($hsp->evalue, undef);
 310 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 311 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 312 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 313 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::');
 314 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 315 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::');
 316
 317 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 318 is($hsp->gaps, 1, "HSP gaps");
 319 is($hit->length, 0, "Hit length");
 320 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 321 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 322 is($hsp->hit_string,
 323    'CAUGAAAUCAAAACACGACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAUAAGUUUCUACCCGGCAACCGUAAAUUGCCGGACUAUGcAGGGAAGUGAUCGAUAAA',
 324    "HSP hit_string");
 325 is($hsp->homology_string,
 326    ' A+ A+A+ AAAA A   :CUC:UAUAAU: :GGGAAUAUGGCCC: :AGUUUCUACC:GGCAACCGUAAAUUGCC:GACUA:G AG: AA + ++  +++++',
 327    "HSP homology_string");
 328 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 329 is($hsp->hsp_length, 103, "HSP hsp_length");
 330 is($hsp->length, 103, "HSP length");
 331 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 332 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 333 float_is($hsp->pvalue, undef, "HSP pvalue");
 334 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 335 is($hsp->query_string,
 336    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcG.aGuaAauauuaaauauuu',
 337    "HSP query_string");
 338 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 339 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 340 float_is($hsp->significance, undef);
 341 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 342 float_is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
 343
 344 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 345 is($hsp->seq_str,
 346    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcG.aGuaAauauuaaauauuu',
 347    "HSP seq_str");
 348 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 349 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 350 is($hsp->meta,
 351    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::',
 352    "HSP meta");
 353 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 354
 355 $hsp = $hit->next_hsp;
 356 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 357 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 358 float_is($hsp->evalue, undef);
 359 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 360 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 361 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 362 is($hsp->gaps, 0, "HSP gaps");
 363 # infernal can return alignment data
 364 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 365 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 366 is($hsp->hit_string,
 367    'AGAAAUCAAAUAAGAUGAAUUCGUAUAAUCGCGGGAAUAUGGCUCGCAAGUCUCUACCAAGCUACCGUAAAUGGCUUGACUACGUAAACAUUUCUUUCGUUU',
 368    "HSP hit_string");
 369 is($hsp->homology_string,
 370    'A AAAU AAA+AA A+   : CGUAUAAU::CG:GAAUAUGGC:CG::AGU UCUACCA:GC ACCGUAAAU GC:UGACUACG :   AU+U +++  UUU',
 371    "HSP homology_string");
 372 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 373 is($hsp->hsp_length, 103, "HSP hsp_length");
 374 is($hsp->length, 103, "HSP length");
 375 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 376 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 377 float_is($hsp->pvalue, undef, "HSP pvalue");
 378 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 379 is($hsp->query_string,
 380    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 381    "HSP query_string");
 382 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 383 is($hsp->rank, 2, "HSP rank");
 384 float_is($hsp->significance, undef);
 385 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 386 float_is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
 387 #is($hsp->matches, 2, "HSP matches");
 388 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 389 # this should probably default to the hit string
 390 is($hsp->seq_str,
 391    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 392    "HSP seq_str");
 393 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 394 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 395 is($hsp->meta,
 396    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 397    "HSP meta");
 398 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 399
 400 # one more hit...
 401
 402 $hit = $result->next_hit;
 403 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 404 is($hit->accession, 'X83878.1', "Hit accession");
 405 is($hit->ncbi_gi, '633168', "Hit GI");
 406 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 407 is($hit->bits, 79.36, "Hit bits");
 408 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 409 is($hit->length, 0, "Hit length");
 410 is($hit->locus, '', "Hit locus");
 411 is($hit->n, 1, "Hit n");
 412 is($hit->name, 'gi|633168|emb|X83878.1|', "Hit name");
 413 is($hit->num_hsps, 1, "Hit num_hsps");
 414 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 415 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 416 is($hit->rank, 2, "Hit rank");
 417 is($hit->raw_score, 79.36, "Hit raw_score");
 418 is($hit->score, 79.36, "Hit score");
 419 float_is($hit->significance, undef);
 420
 421 # one more HSP...
 422
 423 $hsp = $hit->next_hsp;
 424 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 425 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 426 float_is($hsp->evalue, undef);
 427 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 428 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 429 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 430 is($hsp->gaps, 2, "HSP gaps");
 431 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 432 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 433 is($hsp->hit_string,
 434    'UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCA-CCGUAAA-UGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC',
 435    "HSP hit_string");
 436 is($hsp->homology_string,
 437    '+ A A++A AA A  AA:AC+C:UAUAAU::CG:G AUAUGGC:CG::AGUUUCUACC:G CA CCGUAAA UG C:GACUA:G+GU:A  A+U  A+    ',
 438    "HSP homology_string");
 439 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 440 is($hsp->hsp_length, 103, "HSP hsp_length");
 441 is($hsp->length, 103, "HSP length");
 442 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 443 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 444 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 445 is($hsp->query_string,
 446    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 447    "HSP query_string");
 448 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 449 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 450 float_is($hsp->significance, undef);
 451 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 452 float_is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
 453 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 454 is($hsp->seq_str,
 455    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 456    "HSP seq_str");
 457 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 458 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 459 is($hsp->meta,
 460    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 461    "HSP meta");
 462 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 463
 464 my $symbols = {
 465             '5-prime'        => '(',
 466             '3-prime'        => ')',
 467             'single-strand'  => ':',
 468             'unknown'        => '?',
 469             'gap'            => '-'
 470              # may add more for quartets, triplets
 471               };
 472
 473 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
 474                                 -file   => test_input_file('test.infernal'),
 475                                 # version is reset to the correct one by parser
 476                                 -version => 0.7,
 477                                 -model => 'Purine',
 478                                 -query_acc => 'RF00167',
 479                                 -query_desc => 'Purine riboswitch',
 480                                 -database => 'b_sub.fas',
 481                                 -hsp_minscore => 40,
 482                                 -convert_meta => 1,
 483                                 -symbols => $symbols,
 484                                );
 485
 486 $result = $searchio->next_result;
 487 $hit = $result->next_hit;
 488 $hsp = $hit->next_hsp;
 489 is($hsp->meta,
 490    ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))-))))::::::::::::::',
 491    "HSP meta gap bug");
 492 $hsp = $hit->next_hsp;
 493 is($hsp->meta,
 494    ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::',
 495    "HSP meta");
 496 $hit = $result->next_hit;
 497 $hsp = $hit->next_hsp;
 498 is($hsp->meta,
 499    ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::',
 500    "HSP meta");
 501 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 502 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::');
 503 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 504 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::');
 505
 506 ## Infernal 0.81 parsing ##
 507
 508 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
 509                                 -file   => test_input_file('purine_v081.infernal'),
 510                                 # version is reset to the correct one by parser
 511                                 -query_acc => 'RF00167',
 512                                 -query_desc => 'Purine riboswitch',
 513                                 -database => 'b_sub.fas',
 514                                 -convert_meta => 0,
 515                                );
 516
 517 $result = $searchio->next_result;
 518
 519 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
 520 $algorithm = $result->algorithm;
 521 is($result->algorithm, 'CMSEARCH', "Result $algorithm");
 522 is($result->algorithm_reference, undef, "Result $algorithm reference");
 523 is($result->algorithm_version, 0.81, "Result $algorithm version");
 524 is($result->available_parameters, 0, "Result parameters");
 525 is($result->available_statistics, 0, "Result statistics");
 526 is($result->database_entries, '', "Result entries");
 527 is($result->database_letters, '', "Result letters");
 528 is($result->database_name, 'b_sub.fas', "Result database_name");
 529 is($result->num_hits, 3, "Result num_hits");
 530 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
 531 is($result->query_accession, 'RF00167', "Result query_accession");
 532 is($result->query_description, 'Purine riboswitch', "Result query_description");
 533 is($result->query_length, 102, "Result query_length");
 534 is($result->query_name, 'Purine', "Result query_name");
 535
 536 $hit = $result->next_hit;
 537 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 538 is($hit->ncbi_gi, '633168', "Hit GI");
 539 is($hit->accession, 'X83878.1', "Hit accession");
 540 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 541 is($hit->bits, 79.36, "Hit bits");
 542 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 543 is($hit->locus, '', "Hit locus");
 544 is($hit->n, 2, "Hit n");
 545 is($hit->name, 'gi|633168|emb|X83878.1|', "Hit name");
 546 is($hit->num_hsps, 2, "Hit num_hsps");
 547
 548 # p() works but there are no evalues yet for Infernal output, so catch and check...
 549 warnings_like {$hit->p} qr'P-value not defined. Using significance\(\) instead',
 550      "No p values";
 551
 552 is($hit->length, 0, "Hit length");
 553 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 554 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 555 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
 556 is($hit->raw_score, 79.36, "Hit raw_score");
 557 is($hit->score, 79.36, "Hit score");
 558 float_is($hit->significance, 1.945e-07);
 559
 560 $hsp = $hit->next_hsp;
 561 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 562 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 563 float_is($hsp->evalue, 1.945e-07);
 564 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 565 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 566 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 567 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::');
 568 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 569 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::');
 570
 571 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 572 is($hsp->gaps, 2, "HSP gaps");
 573 is($hit->length, 0, "Hit length");
 574 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 575 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 576 is($hsp->hit_string,
 577    'UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCA-CCGUAAA-UGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC',
 578    "HSP hit_string");
 579 is($hsp->homology_string,
 580    '+ A A++A AA A  AA:AC+C:UAUAAU::CG:G AUAUGGC:CG::AGUUUCUACC:G CA CCGUAAA UG C:GACUA:G+GU:A  A+U  A+    ',
 581    "HSP homology_string");
 582 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 583 is($hsp->hsp_length,102, "HSP hsp_length");
 584 is($hsp->length, 102, "HSP length");
 585 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 586 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 587 float_is($hsp->pvalue, 1.945e-07, "HSP pvalue");
 588 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 589 is($hsp->query_string,
 590    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 591    "HSP query_string");
 592 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 593 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 594 float_is($hsp->significance, 1.945e-07);
 595 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 596 float_is($hsp->expect, 1.945e-07, "HSP expect");
 597
 598 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 599 is($hsp->seq_str,
 600    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 601    "HSP seq_str");
 602 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 603 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 604 is($hsp->meta,
 605    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 606    "HSP meta");
 607 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 608
 609 $hsp = $hit->next_hsp;
 610 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 611 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 612 float_is($hsp->evalue, 6.802);
 613 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 614 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 615 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 616 is($hsp->gaps, 4, "HSP gaps");
 617 # infernal can return alignment data
 618 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 619 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 620 is($hsp->hit_string,
 621    'CGUGCGGUUCCAUUGCUCACCCAUA-GUCGGACAU-UUACGG-UGCCCGGUAGAAACUUGCGUGCCAUAUCCACGCGAUUaUAUGAGUGUUCCUAUUAUAUUG',
 622    "HSP hit_string");
 623 is($hsp->homology_string,
 624    '  +    +   A    +:AC C:UA  +::: ::   UA GG :: :::GU    AC: G::::CC UA  ::::C :   UA:G GU: +  U+++AUAUU ',
 625    "HSP homology_string");
 626 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 627 is($hsp->hsp_length, 102, "HSP hsp_length");
 628 is($hsp->length, 102, "HSP length");
 629 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 630 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 631 float_is($hsp->pvalue, 0.9989, "HSP pvalue");
 632 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 633 is($hsp->query_string,
 634    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 635    "HSP query_string");
 636 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 637 is($hsp->rank, 2, "HSP rank");
 638 float_is($hsp->significance, 6.802);
 639 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 640 float_is($hsp->expect, 6.802, "HSP expect");
 641 #is($hsp->matches, 2, "HSP matches");
 642 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 643 # this should probably default to the hit string
 644 is($hsp->seq_str,
 645    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 646    "HSP seq_str");
 647 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 648 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 649 is($hsp->meta,
 650    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,.))))))))::::::::::::::',
 651    "HSP meta");
 652 is($hsp->strand('hit'), -1, "HSP strand");
 653
 654 # one more hit...
 655
 656 $hit = $result->next_hit;
 657 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 658 is($hit->accession, 'U51115.1', "Hit accession");
 659 is($hit->ncbi_gi, '2239287', "Hit GI");
 660 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 661 is($hit->bits, 81.29, "Hit bits");
 662 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 663 is($hit->length, 0, "Hit length");
 664 is($hit->locus, 'BSU51115', "Hit locus");
 665 is($hit->n, 11, "Hit n");
 666 is($hit->name, 'gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115', "Hit name");
 667 is($hit->num_hsps, 11, "Hit num_hsps");
 668 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 669 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 670 is($hit->rank, 2, "Hit rank");
 671 is($hit->raw_score, 81.29, "Hit raw_score");
 672 is($hit->score, 81.29, "Hit score");
 673 float_is($hit->significance, 1.259e-07);
 674
 675 # one more HSP...
 676
 677 $hsp = $hit->next_hsp;
 678 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 679 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 680 float_is($hsp->evalue, 1.259e-07);
 681 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 682 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 683 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 684 is($hsp->gaps, 0, "HSP gaps");
 685 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 686 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 687 is($hsp->hit_string,
 688    'AGAAAUCAAAUAAGAUGAAUUCGUAUAAUCGCGGGAAUAUGGCUCGCAAGUCUCUACCAAGCUACCGUAAAUGGCUUGACUACGUAAACAUUUCUUUCGUUU',
 689    "HSP hit_string");
 690 is($hsp->homology_string,
 691    'A AAAU AAA+AA A+   : CGUAUAAU::CG:GAAUAUGGC:CG::AGU UCUACCA:GC ACCGUAAAU GC:UGACUACG :   AU+U +++  UUU',
 692    "HSP homology_string");
 693 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 694 is($hsp->hsp_length, 102, "HSP hsp_length");
 695 is($hsp->length, 102, "HSP length");
 696 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 697 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 698 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 699 is($hsp->query_string,
 700    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 701    "HSP query_string");
 702 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 703 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 704 float_is($hsp->significance, 1.259e-07);
 705 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 706 float_is($hsp->expect, 1.259e-07, "HSP expect");
 707 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 708 is($hsp->seq_str,
 709    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 710    "HSP seq_str");
 711 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 712 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 713 is($hsp->meta,
 714    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 715    "HSP meta");
 716 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");