t/obo_parser.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 45,
  11                            -requires_module => 'Graph');
  12
  13         use_ok('Bio::OntologyIO');
  14         use_ok('Bio::Ontology::RelationshipType');
  15 }
  16
  17 my $IS_A    = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance( "IS_A" );
  18 my $PART_OF = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance( "PART_OF" );
  19
  20 my $parser = Bio::OntologyIO->new(
  21                       -format    => "obo",
  22                       -file      => test_input_file('so.obo'));
  23
  24 my $ont = $parser->next_ontology();
  25 ok ($ont);
  26 is ($ont->name(), "sequence");
  27
  28 my @roots = $ont->get_root_terms();
  29 is (scalar(@roots), 1);
  30 is ($roots[0]->name(), "Sequence_Ontology");
  31 is ($roots[0]->identifier(), "SO:0000000");
  32
  33 my @terms = $ont->get_child_terms($roots[0]);
  34 is (scalar(@terms), 5);
  35 my ($term) = grep { $_->name() eq "variation_operation"; } @terms;
  36 ok $term;
  37 ($term) = grep { $_->name() eq "sequence_attribute"; } @terms;
  38 ok $term;
  39 ($term) = grep { $_->name() eq "consequences_of_mutation"; } @terms;
  40 ok $term;
  41 ($term) = grep { $_->name() eq "chromosome_variation"; } @terms;
  42 ok $term;
  43 ($term) = grep { $_->name() eq "located_sequence_feature"; } @terms;
  44 ok $term;
  45
  46 @terms = $ont->get_child_terms($terms[0]);
  47 is (scalar(@terms), 5);
  48 ($term) = grep { $_->name() eq "translocate"; } @terms;
  49 ok $term;
  50 ($term) = grep { $_->name() eq "delete"; } @terms;
  51 ok $term;
  52 ($term) = grep { $_->name() eq "insert"; } @terms;
  53 ok $term;
  54 ($term) = grep { $_->name() eq "substitute"; } @terms;
  55 ok $term;
  56 ($term) = grep { $_->name() eq "invert"; } @terms;
  57 ok $term;
  58
  59 my $featterm = $terms[0];
  60 @terms = $ont->get_child_terms($featterm);
  61 is (scalar(@terms), 2);
  62
  63 # substitution has two parents, see whether this is handled
  64 @terms = $ont->find_terms(-name => "substitution");
  65 $term =  $terms[0];
  66 is ($term->name(), "substitution");
  67
  68 # search using obo terms;
  69 @terms = $ont->find_identically_named_terms($term);
  70 is scalar @terms, 1;
  71 @terms = $ont->find_identical_terms($term);
  72 is scalar @terms, 1;
  73 @terms = $ont->find_similar_terms($term);
  74 is scalar @terms, 7;
  75
  76 @terms = $ont->get_ancestor_terms($term);
  77 is (scalar(@terms), 6);
  78 is (scalar(grep { $_->name() eq "region"; } @terms), 1);
  79 is (scalar(grep { $_->name() eq "sequence_variant"; } @terms), 1);
  80
  81 # processed_transcript has part-of and is-a children
  82
  83 @terms = $ont->find_terms(-name => "processed_transcript");;
  84 $term = $terms[0];
  85
  86 @terms = $ont->get_child_terms($term);
  87 is (scalar(@terms), 5);
  88 @terms = $ont->get_child_terms($term, $PART_OF);
  89 is (scalar(@terms), 2);
  90 @terms = $ont->get_child_terms($term, $IS_A);
  91 is (scalar(@terms), 3);
  92 @terms = $ont->get_child_terms($term, $PART_OF, $IS_A);
  93 is (scalar(@terms), 5);
  94
  95 # TF_binding_site has 2 parents and different relationships in the two
  96 # paths up (although the relationships to its two parents are of the
  97 # same type, namely is-a)
  98 @terms = $ont->find_terms(-name => "TF_binding_site");;
  99 $term = $terms[0];
 100
 101 @terms = $ont->get_parent_terms($term);
 102 is (scalar(@terms), 2);
 103 my ($pterm) = grep { $_->name eq "regulatory_region"; } @terms;
 104 ok $pterm;
 105 @terms = $ont->get_parent_terms($term, $PART_OF);
 106 is (scalar(@terms), 0);
 107 @terms = $ont->get_parent_terms($term, $IS_A);
 108 is (scalar(@terms), 2);
 109 @terms = $ont->get_parent_terms($term, $PART_OF, $IS_A);
 110 is (scalar(@terms), 2);
 111
 112
 113 # pull out all relationships
 114 my @rels = $ont->get_relationships();
 115 my @relset = grep { $_->object_term->name eq "Sequence_Ontology"; } @rels;
 116 is (scalar(@relset), 5);
 117 @relset = grep { $_->subject_term->name eq "Sequence_Ontology"; } @rels;
 118 is (scalar(@relset), 0);
 119
 120 # relationships for a specific term only
 121 ($term) = $ont->find_terms(-identifier => "SO:0000082");
 122 ok ($term);
 123 is ($term->identifier, "SO:0000082");
 124 is ($term->name, "processed_transcript_attribute");
 125 @rels = $ont->get_relationships($term);
 126 is (scalar(@rels), 5);
 127 @relset = grep { $_->predicate_term->name eq "IS_A"; } @rels;
 128 is (scalar(@relset), 5);
 129 @relset = grep { $_->object_term->identifier eq "SO:0000082"; } @rels;
 130 is (scalar(@relset), 4);
 131 @relset = grep { $_->subject_term->identifier eq "SO:0000082"; } @rels;
 132 is (scalar(@relset), 1);