t/RepeatMasker.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 14);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::RepeatMasker');
  13 }
  14
  15 my $inputfilename = test_input_file('repeatmasker.fa.out');
  16 my $parser = Bio::Tools::RepeatMasker->new(-file => $inputfilename);
  17
  18 while (my $rpt = $parser->next_result) {
  19         is ($rpt->feature1->seq_id, "contig11600");
  20         is ($rpt->feature1->start, 1337);
  21         is ($rpt->feature1->end, 1407);
  22         is ($rpt->feature1->strand, 1);
  23         is ($rpt->feature1->primary_tag, "Simple_repeat");
  24         is ($rpt->feature1->source_tag, "RepeatMasker");
  25         is (scalar $rpt->feature1->get_tag_values('Target'), 3);
  26
  27         is ($rpt->feature2->seq_id, "(TTAGGG)n");
  28         is ($rpt->feature2->start, 2);
  29         is ($rpt->feature2->end, 76);
  30         is ($rpt->feature1->primary_tag, "Simple_repeat");
  31         is ($rpt->feature1->source_tag, "RepeatMasker");
  32         is (scalar $rpt->feature2->get_tag_values('Target'), 3);
  33
  34         last;
  35 }