t/PopGenSims.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 # This will outline tests for the population genetics simulation
   5 # in the Bio::PopGen::Simulation namespace
   6 # Coalescent has its own tests though in t/Coalescent.t
   7
   8 use strict;
   9
  10 BEGIN {
  11     use lib 't/lib';
  12     use BioperlTest;
  13
  14     test_begin(-tests => 23);
  15
  16     use_ok 'Bio::PopGen::Simulation::GeneticDrift';
  17 }
  18
  19 my $sim = Bio::PopGen::Simulation::GeneticDrift->new(-popsize => 40,
  20                                                     -alleles => {A => 0.2,
  21                                                                  B => 0.8});
  22
  23 my (@Afreqs,@Bfreqs);
  24 for my $i (0..9) {
  25     my %f = $sim->next_generation;
  26     push @Afreqs, $f{'A'};
  27     push @Bfreqs, $f{'B'};
  28     is(($f{'A'}||0) + ($f{'B'}||0), 1, 'Allele freqs should sum to 1');
  29 }
  30
  31 is(@Afreqs, 10);
  32 cmp_ok (($Afreqs[9]||0), '<=', 1, 'All frequencies should be <= 1');
  33
  34 $sim = Bio::PopGen::Simulation::GeneticDrift->new(-popsize => 50,
  35                                                  -alleles => {A => 0.2,
  36                                                               B => 0.3,
  37                                                               C => 0.5,
  38                                                           });
  39
  40 for my $i (0..9) {
  41     my %f = $sim->next_generation;
  42     is(($f{'A'}||0) + ($f{'B'}||0) + ($f{'C'}||0), 1, 'Allele freqs should sum to 1');
  43 }