t/Biblio.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 24);
  11
  12         use_ok('Bio::Biblio');
  13         use_ok('Bio::Biblio::IO');
  14 }
  15
  16 my $testnum;
  17 my $verbose = test_debug();
  18
  19 my $testfile = test_input_file('stress_test_medline.xml');
  20 my $testfile2 = test_input_file('stress_test_pubmed.xml');
  21
  22 # check 'new...'
  23 SKIP: {
  24     test_skip(-tests => 1, -requires_module => 'SOAP::Lite');
  25         ok my $biblio = Bio::Biblio->new(-location => 'http://localhost:4567');
  26 }
  27
  28 # check MEDLINE XML parser
  29 my $io;
  30 SKIP: {
  31         test_skip(-tests => 4, -requires_module => 'XML::Parser');
  32
  33     ok defined ($io = Bio::Biblio::IO->new('-format' => 'medlinexml',
  34                                                  '-file'   => $testfile,
  35                                                  '-result' => 'raw'));
  36
  37     print "Reading and parsing MEDLINE XML file...\n" if $verbose;
  38     is ($io->next_bibref->{'medlineID'}, 'Text1', 'citation 1');
  39     is ($io->next_bibref->{'medlineID'}, 'Text248', 'citation 2');
  40     is ($io->next_bibref->{'medlineID'}, 'Text495', 'citation 3');
  41 }
  42
  43
  44 print "Getting citations using callback...\n" if $verbose;
  45 my (@ids) = ('Text1', 'Text248', 'Text495');
  46 my $callback_used = 'no';
  47 $io = Bio::Biblio::IO->new('-format'   => 'medlinexml',
  48                            '-file'     => $testfile,
  49                           #'-result'   => 'medline2ref',  # this is default
  50                            '-callback' => \&callback);
  51
  52 is ( $callback_used, 'yes', 'calling callback');
  53
  54 sub callback {
  55         my $citation = shift;
  56         $callback_used = 'yes';
  57         is ($citation->{'_identifier'}, shift @ids);
  58 }
  59
  60 SKIP: {
  61         test_skip(-tests => 2, -requires_module => 'XML::Parser');
  62
  63     $io = Bio::Biblio::IO->new('-format'   => 'medlinexml',
  64                                                            '-data'     => <<XMLDATA,
  65 <MedlineCitationSet>
  66 <MedlineCitation>
  67 <MedlineID>12345678</MedlineID>
  68 <Article><Journal></Journal></Article>
  69 </MedlineCitation>
  70 <MedlineCitation>
  71 <MedlineID>abcdefgh</MedlineID>
  72 <Article><Journal></Journal></Article>
  73 </MedlineCitation>
  74 </MedlineCitationSet>
  75 XMLDATA
  76                                                            '-result'   => 'medline2ref');
  77
  78         is ($io->next_bibref->{'_identifier'}, '12345678', 'citation 1');
  79         is ($io->next_bibref->{'_identifier'}, 'abcdefgh', 'citation 2');
  80 }
  81
  82 SKIP: {
  83         test_skip(-tests => 2, -requires_modules => [qw(XML::Parser IO::String)]);
  84
  85     print "Reading and parsing XML string handle...\n" if $verbose;
  86     my $data = <<XMLDATA;
  87 <MedlineCitationSet>
  88 <MedlineCitation>
  89 <MedlineID>87654321</MedlineID>
  90 <Article><Journal></Journal></Article>
  91 </MedlineCitation>
  92 <MedlineCitation>
  93 <MedlineID>hgfedcba</MedlineID>
  94 <Article><Journal></Journal></Article>
  95 </MedlineCitation>
  96 </MedlineCitationSet>
  97 XMLDATA
  98
  99         $io = Bio::Biblio::IO->new('-format' => 'medlinexml',
 100                                                            '-fh'     => IO::String->new ($data));
 101         is (eval { $io->next_bibref->identifier }, '87654321', 'citation 1');
 102         is (eval { $io->next_bibref->identifier }, 'hgfedcba', 'citation 2');
 103 }
 104
 105 SKIP: {
 106         test_skip(-tests => 5, -requires_module => 'XML::Parser');
 107
 108     # check PUBMED XML parser
 109     ok defined (eval { $io = Bio::Biblio::IO->new('-format' => 'pubmedxml',
 110                              '-file'   => $testfile2,
 111                              '-result' => 'pubmed2ref') });
 112
 113     print "Reading and parsing PUBMED XML file...\n" if $verbose;
 114
 115         is ($io->next_bibref->identifier, '11223344', 'citation 1');
 116         is ($io->next_bibref->identifier, '21583752', 'citation 2');
 117         is ($io->next_bibref->identifier, '21465135', 'citation 3');
 118         is ($io->next_bibref->identifier, '21138228', 'citation 4');
 119 }
 120
 121 SKIP: {
 122     # test for FH
 123     my $fh;
 124     my @expvals = qw(11223344 21583752 21465135 21138228);
 125     print "Testing FH\n" if $verbose;
 126     eval {
 127         $fh = Bio::Biblio::IO->newFh('-format' => 'pubmedxml',
 128                       '-file'   => $testfile2,
 129                       '-result' => 'pubmed2ref');
 130         while(<$fh>) {
 131             is($_->identifier,shift @expvals);
 132         }
 133     };
 134     if( $@) {
 135         skip("unable to use pubmedxml",4);
 136     }
 137 }