t/data/cysprot1.FASTA

   1  FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
   2  version 3.3t08 Jan. 17, 2001
   3 Please cite:
   4  W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
   5
   6 t/data/cysprot1.fa: 343 aa
   7  >CYS1_DICDI\r
   8  vs  /data_2/jason/blastdb/ecoli.aa library
   9 searching /data_2/jason/blastdb/ecoli.aa library
  10
  11        opt      E()
  12 < 20     0     0:
  13   22     0     0:           one = represents 7 library sequences
  14   24     0     0:
  15   26     0     0:
  16   28     0     1:*
  17   30     4     6:*
  18   32    13    23:== *
  19   34    62    62:========*
  20   36   130   127:==================*
  21   38   252   210:=============================*======
  22   40   310   293:=========================================*===
  23   42   405   359:===================================================*======
  24   44   401   396:========================================================*=
  25   46   386   403:======================================================== *
  26   48   348   386:==================================================     *
  27   50   360   352:==================================================*=
  28   52   290   309:==========================================  *
  29   54   264   264:=====================================*
  30   56   215   221:===============================*
  31   58   145   181:=====================    *
  32   60   144   147:====================*
  33   62   119   118:================*
  34   64    96    94:=============*
  35   66    72    74:==========*
  36   68    65    58:========*=
  37   70    54    46:======*=
  38   72    30    36:=====*
  39   74    19    28:===*
  40   76    26    22:===*
  41   78    18    17:==*
  42   80    19    13:=*=
  43   82    14    10:=*
  44   84     8     8:=*
  45   86     4     6:*
  46   88     2     5:*          inset = represents 1 library sequences
  47   90     4     4:*
  48   92     3     3:*         :==*
  49   94     2     2:*         :=*
  50   96     1     2:*         :=*
  51   98     1     1:*         :*
  52  100     0     1:*         :*
  53  102     0     1:*         :*
  54  104     2     1:*         :*=
  55  106     0     0:          *
  56  108     1     0:=         *=
  57  110     0     0:          *
  58  112     0     0:          *
  59  114     0     0:          *
  60  116     0     0:          *
  61  118     0     0:          *
  62 >120     0     0:          *
  63 1358987 residues in  4289 sequences
  64   Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9493+/-0.00202; mu= 2.7408+/- 0.115
  65  mean_var=77.5610+/-17.011, 0's: 0 Z-trim: 0  B-trim: 2 in 1/41
  66  Lambda= 0.1456
  67  Kolmogorov-Smirnov  statistic: 0.0234 (N=29) at  44
  68
  69 FASTA (3.36 June 2000) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
  70  join: 37, opt: 25, gap-pen: -12/ -2, width:  16
  71  Scan time:  1.110
  72 The best scores are:                                       opt bits E(4289)
  73 gi|1787478|gb|AAC74309.1| (AE000221) nitrate redu  ( 512)   92   29     1.2
  74 gi|1790635|gb|AAC77148.1| (AE000491) putative DEO  ( 251)   84   27     2.1
  75 gi|1786590|gb|AAC73494.1| (AE000145) orf, hypothe  (  94)   78   26     2.1
  76 gi|1790853|gb|AAC77345.1| (AE000509) soluble lyti  ( 654)   84   28     4.8
  77 gi|1789307|gb|AAC75975.1| (AE000377) biosynthetic  ( 658)   83   27     5.6
  78 gi|1788174|gb|AAC74937.1| (AE000280) orf, hypothe  ( 199)   74   25     7.4
  79 gi|1789138|gb|AAC75818.1| (AE000361) putative kin  ( 492)   79   26     7.8
  80 gi|1789427|gb|AAC76084.1| (AE000386) orf, hypothe  ( 354)   76   26     9.1
  81
  82 >>gi|1787478|gb|AAC74309.1| (AE000221) nitrate reductase  (512 aa)
  83  initn:  35 init1:  35 opt:  92  Z-score: 109.2  bits: 29.2 E():  1.2
  84 Smith-Waterman score: 92;  23.936% identity (26.012% ungapped) in 188 aa overlap (125-305:2-181)
  85
  86           100       110       120       130       140        150
  87 CYS1_D NKEAIFTDDLPVADYLDDEFINSIPTAFDWRTRGAVTPVKNQGQCGSCWSFSTT-GNV--
  88                                      . :. :  : :  .: .: . :.:  ::
  89 gi|178                              MKIRSQVGMVLNLDKCIGCHTCSVTCKNVWT
  90                                             10        20        30
  91
  92                160       170        180       190       200
  93 CYS1_D --EGQHFISQNKLVSLSEQNLVDCDHECME-YEGEEACDEGCNGGLQPNAYNYIIKNGGI
  94          :: ..   :.. .   :..   : : .: :.:     .  :: :::   :  .  : :
  95 gi|178 SREGVEYAWFNNVETKPGQGF-PTDWENQEKYKGGWI--RKINGKLQPRMGNRAMLLGKI
  96               40        50         60          70        80
  97
  98       210       220       230       240       250        260
  99 CYS1_D QTESSYPYTAETGTQCNFNSANIGAKISNFTMIPKNETVMAGYIVSTGP-LAIAADAVEW
 100         ..   :   .     .:.  :. .   .     :.. .     . ::  .:    . .:
 101 gi|178 FANPHLPGIDDYYEPFDFDYQNLHTAPEG----SKSQPIARPRSLITGERMAKIEKGPNW
 102        90       100       110           120       130       140
 103
 104        270       280       290       300       310       320
 105 CYS1_D QFYIGGVFDIPCNPNSLDHGILIVGYSAKNTIFRKNMPYWIVKNSWGADWGEQGYIYLRR
 106        .  .:: ::   . ...:. :  . ::  .. :   .:
 107 gi|178 EDDLGGEFDKLAKDKNFDN-IQKAMYSQFENTFMMYLPRLCEHCLNPACVATCPSGAIYK
 108           150       160        170       180       190       200
 109
 110        330       340
 111 CYS1_D GKNTCGVSNFVSTSII
 112
 113 gi|178 REEDGIVLIDQDKCRGWRMCITGCPYKKIYFNWKSGKSEKCIFCYPRIEAGQPTVCSETC
 114            210       220       230       240       250       260
 115
 116 >>gi|1790635|gb|AAC77148.1| (AE000491) putative DEOR-typ  (251 aa)
 117  initn:  46 init1:  46 opt:  84  Z-score: 104.9  bits: 27.4 E():  2.1
 118 Smith-Waterman score: 84;  22.078% identity (23.288% ungapped) in 77 aa overlap (99-171:119-195)
 119
 120        70        80        90       100       110       120
 121 CYS1_D HKADTKFGVNKFADLSSDEFKNYYLNNKEAIFTDDLPVADYLDDEFINSIPTAFDWRTRG
 122                                      :.:. ::.:.:: :.  .:.       ...
 123 gi|179 QLVNPGESVVINCGSTAFLLGREMCGKPVQIITNYLPLANYLIDQEHDSVIIMGGQYNKS
 124        90       100       110       120       130       140
 125
 126       130       140           150       160       170       180
 127 CYS1_D AVTPVKNQGQCGSC----WSFSTTGNVEGQHFISQNKLVSLSEQNLVDCDHECMEYEGEE
 128            .. ::. .:     : :..  .. .. . . . :....::....
 129 gi|179 QSITLSPQGSENSLYAGHWMFTSGKGLTAEGLYKTDMLTAMAEQKMLSVVGKLVVLVDSS
 130       150       160       170       180       190       200
 131
 132           190       200       210       220       230       240
 133 CYS1_D ACDEGCNGGLQPNAYNYIIKNGGIQTESSYPYTAETGTQCNFNSANIGAKISNFTMIPKN
 134
 135 gi|179 KIGERAGMLFSRADQIDMLITGKNANPEILQQLEAQGVSILRV
 136       210       220       230       240       250
 137
 138 >>gi|1786590|gb|AAC73494.1| (AE000145) orf, hypothetical  (94 aa)
 139  initn:  37 init1:  37 opt:  78  Z-score: 104.8  bits: 25.9 E():  2.1
 140 Smith-Waterman score: 78;  36.842% identity (43.750% ungapped) in 38 aa overlap (242-278:42-74)
 141
 142              220       230       240       250       260       270
 143 CYS1_D SSYPYTAETGTQCNFNSANIGAKISNFTMIPKNETVMAGYIVSTGPLAIAADAVEWQFY-
 144                                      :.. ::..: .    :     ::..:: :
 145 gi|178 VKSIGFSSSSTGRASVGVMVEGEYTFSTAEPEEMTVISGALNVLLP-----DATDWQVYE
 146               20        30        40        50             60
 147
 148               280       290       300       310       320       330
 149 CYS1_D IGGVFDIPCNPNSLDHGILIVGYSAKNTIFRKNMPYWIVKNSWGADWGEQGYIYLRRGKN
 150         :.::..:
 151 gi|178 AGSVFNVPGHSEFHLQVAEPTSYLCRYL
 152          70        80        90
 153
 154 >>gi|1790853|gb|AAC77345.1| (AE000509) soluble lytic mur  (654 aa)
 155  initn:  61 init1:  61 opt:  84  Z-score: 98.5  bits: 27.6 E():  4.8
 156 Smith-Waterman score: 84;  32.692% identity (34.694% ungapped) in 52 aa overlap (104-152:104-155)
 157
 158             80        90       100       110       120       130
 159 CYS1_D KFGVNKFADLSSDEFKNYYLNNKEAIFTDDLPVADYLDDEFINSIPTAFDWRTRGAVTPV
 160                                      :: :  :...:.: .    :::   : .:
 161 gi|179 YPYLEYRQITDDLMNQPAVTVTNFVRANPTLPPARTLQSRFVNELARREDWRGLLAFSPE
 162             80        90       100       110       120       130
 163
 164               140       150       160       170       180       190
 165 CYS1_D K---NQGQCGSCWSFSTTGNVEGQHFISQNKLVSLSEQNLVDCDHECMEYEGEEACDEGC
 166        :   ...::.  ..  .::. :
 167 gi|179 KPGTTEAQCNYYYAKWNTGQSEEAWQGAKELWLTGKSQPNACDKLFSVWRASGKQDPLAY
 168            140       150       160       170       180       190
 169
 170 >>gi|1789307|gb|AAC75975.1| (AE000377) biosynthetic argi  (658 aa)
 171  initn:  41 init1:  41 opt:  83  Z-score: 97.3  bits: 27.4 E():  5.6
 172 Smith-Waterman score: 83;  23.913% identity (24.176% ungapped) in 92 aa overlap (178-268:315-406)
 173
 174        150       160       170       180        190       200
 175 CYS1_D TGNVEGQHFISQNKLVSLSEQNLVDCDHECMEYEGEEA-CDEGCNGGLQPNAYNYIIKNG
 176                                      ..::: ..  : . : ::.  : : :   :
 177 gi|178 TGVRESARFYVELHKLGVNIQCFDVGGGLGVDYEGTRSQSDCSVNYGLNEYANNIIWAIG
 178           290       300       310       320       330       340
 179
 180         210       220       230       240       250       260
 181 CYS1_D GIQTESSYPYTAETGTQCNFNSANIGAKISNFTMIPKNETVMAGYIVSTGPLAIAADAVE
 182            :.. :. .    .    .:.  . .::.  . .:: ..    .  .: :. .
 183 gi|178 DACEENGLPHPTVITESGRAVTAHHTVLVSNIIGVERNEYTVPTAPAEDAPRALQSMWET
 184           350       360       370       380       390       400
 185
 186         270       280       290       300       310       320
 187 CYS1_D WQFYIGGVFDIPCNPNSLDHGILIVGYSAKNTIFRKNMPYWIVKNSWGADWGEQGYIYLR
 188        ::
 189 gi|178 WQEMHEPGTRRSLREWLHDSQMDLHDIHIGYSSGIFSLQERAWAEQLYLSMCHEVQKQLD
 190           410       420       430       440       450       460
 191
 192 >>gi|1788174|gb|AAC74937.1| (AE000280) orf, hypothetical  (199 aa)
 193  initn:  46 init1:  46 opt:  74  Z-score: 95.2  bits: 25.2 E():  7.4
 194 Smith-Waterman score: 74;  43.750% identity (50.000% ungapped) in 32 aa overlap (308-335:110-141)
 195
 196        280       290       300       310       320        330
 197 CYS1_D PCNPNSLDHGILIVGYSAKNTIFRKNMPYWIVKNSWGADWGEQGYIYLRR-GKNT---CG
 198                                      :.: .::: .: .  . ::: : .:   ::
 199 gi|178 PVDAPSPAKVLPENWWQHPAALGATDSDIEIIKRQWGAFYGTDLELQLRRRGIDTIVLCG
 200       80        90       100       110       120       130
 201
 202            340
 203 CYS1_D VSNFVSTSII
 204        .:.
 205 gi|178 ISTNIGVESTARNAWELGFNLVIAEDACSAASAEQHNNSINHIYPRIARVRSVEEILNAL
 206      140       150       160       170       180       190
 207
 208 >>gi|1789138|gb|AAC75818.1| (AE000361) putative kinase [  (492 aa)
 209  initn:  36 init1:  36 opt:  79  Z-score: 94.7  bits: 26.5 E():  7.8
 210 Smith-Waterman score: 84;  19.136% identity (21.233% ungapped) in 162 aa overlap (34-192:165-313)
 211
 212             10        20        30        40        50        60
 213 CYS1_D ILLFVLAVFTVFVSSRGIPPEEQSQFLEFQDKFNKKYSHEEYLERFEIFKSNLGKIEELN
 214                                      ::::     ...:   ..  . ::.:
 215 gi|178 GEFKDNIANYFGQWPVDYKSWAWSEDAAVMDKFNIP---RHMLFDVQMPGTVLGHITPQA
 216           140       150       160       170          180       190
 217
 218             70        80        90       100       110       120
 219 CYS1_D LIAINHKADTKFGVNKFADLSSDEFKNYYLNNKEAIFTDDLPVADYLDDEFINSIPTAFD
 220         .: .  :     :   .:   . .    :... :...    .: ... . . . :.:.
 221 gi|178 ALATHFPAGLPV-VCTTSDKPVEALGAGLLDDETAVISLGTYIALMMNGKALPKDPVAY-
 222              200        210       220       230       240
 223
 224            130          140       150       160       170       180
 225 CYS1_D WRTRGAVTPV---KNQGQCGSCWSFSTTGNVEGQHFISQNKLVSLSEQNLVDCDHECMEY
 226        :   ...  .   .. :   . :. :   .. :. .:.. .  .:: ..:..    :.
 227 gi|178 WPIMSSIPQTLLYEGYGIRKGMWTVSWLRDMLGESLIQDARAQDLSPEDLLNKKASCVP-
 228      250       260       270       280       290       300
 229
 230               190       200       210       220       230       240
 231 CYS1_D EGEEACDEGCNGGLQPNAYNYIIKNGGIQTESSYPYTAETGTQCNFNSANIGAKISNFTM
 232                ::::
 233 gi|178 -------PGCNGLMTVLDWLTNPWEPYKRGIMIGFDSSMDYAWIYRSILESVALTLKNNY
 234              310       320       330       340       350       360
 235
 236 >>gi|1789427|gb|AAC76084.1| (AE000386) orf, hypothetical  (354 aa)
 237  initn:  65 init1:  40 opt:  76  Z-score: 93.5  bits: 25.8 E():  9.1
 238 Smith-Waterman score: 76;  22.619% identity (23.899% ungapped) in 168 aa overlap (141-303:81-244)
 239
 240               120       130       140       150       160       170
 241 CYS1_D DDEFINSIPTAFDWRTRGAVTPVKNQGQCGSCWSFSTTGNVEGQHFISQNKLVSLSEQNL
 242                                      : :.      . :: : .::. .     :
 243 gi|178 GDKIWQSSEYFMNVFCNNALPGPSPGEEYPSAWANIMMLLASGQDFYNQNSYTFGVTYNG
 244                60        70        80        90       100       110
 245
 246               180       190       200        210       220
 247 CYS1_D VDCDHECMEYEGEEACDEGCNGGLQPNAYNY-IIKNGGIQTESSYPYTAETGTQCNFNSA
 248        :: :       .  .: .  ..:   :.:.   . .:: . . :  . ...  :  .. :
 249 gi|178 VDYDSTSPLPIAAPVCIDIKGAGTFGNGYKKPAVCSGGPEPQLSVTFPVRV--QLYIKLA
 250               120       130       140       150       160
 251
 252      230       240       250       260       270          280
 253 CYS1_D NIGAKISNFTMIPKNETVMAGYIVSTGPLAIAADAVEWQFYIGGVFDI---PCNPN-SLD
 254        . . :...  ..: .: .   .   .:  :: .:  .  : : :. .:    :  : .:.
 255 gi|178 KNANKVNKKLVLP-DEYIALEFKGMSGAGAIEVDK-NLTFRIRGLNNIHVLDCFVNVDLE
 256       170       180        190       200        210       220
 257
 258          290       300       310       320       330       340
 259 CYS1_D HGILIVGYSAKNTIFRKNMPYWIVKNSWGADWGEQGYIYLRRGKNTCGVSNFVSTSII
 260         .  .: ..  :.   ::
 261 gi|178 PADGVVDFGKINSRTIKNTSVSETFSVVMTKDPGAACTEQFNILGSFFTTDILSDYSHLD
 262         230       240       250       260       270       280
 263
 264
 265
 266 343 residues in 1 query   sequences
 267 1358987 residues in 4289 library sequences
 268  Scomplib [33t08]
 269  start: Sat Dec  8 11:43:36 2001 done: Sat Dec  8 11:43:37 2001
 270  Scan time:  1.110 Display time:  0.090
 271
 272 Function used was FASTA [version 3.3t08 Jan. 17, 2001]