t/data/blast_plus.blastp

   1 BLASTP 2.2.23+
   2
   3
   4 Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A.
   5 Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J.
   6 Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of
   7 protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   8
   9
  10
  11 Reference for composition-based statistics: Alejandro A. Schaffer,
  12 L. Aravind, Thomas L. Madden, Sergei Shavirin, John L. Spouge, Yuri
  13 I. Wolf, Eugene V. Koonin, and Stephen F. Altschul (2001),
  14 "Improving the accuracy of PSI-BLAST protein database searches with
  15 composition-based statistics and other refinements", Nucleic Acids
  16 Res. 29:2994-3005.
  17
  18
  19
  20 Database: subject.fa
  21            1 sequences; 311 total letters
  22
  23
  24
  25 Query=  query
  26 Length=220
  27                                                                       Score     E
  28 Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value
  29
  30   subject                                                              162    4e-45
  31
  32
  33 > subject
  34 Length=311
  35
  36  Score =  162 bits (411),  Expect = 4e-45, Method: Compositional matrix adjust.
  37  Identities = 110/308 (35%), Positives = 145/308 (47%), Gaps = 94/308 (30%)
  38
  39 Query  5    NNTQISGFLLMGLSNKPELQLPIFGLFLSMYLITVFGNLLIILDISSDSHLHTPMYFF--  62
  40             N + IS F L G+S  PE Q  +FG+FL MYL+T+ GNLLIIL I SD HLHTPMYFF
  41 Sbjct  3    NQSSISEFFLRGISAPPEQQQSLFGIFLCMYLVTLTGNLLIILAIGSDLHLHTPMYFFLA  62
  42
  43 Query       ------------------------------------------------------------
  44
  45 Sbjct  63   NLSFVDMGLTSSTVTKMLVNIQTRHHTISYTGCLTQMYFFLMFGDLDSFFLAAMAYDRYV  122
  46
  47 Query  63   --------------------------LANLXV--QSLMLLQLSFCSEVEIPHFFCELHQM  94
  48                                       L N+     + ++ +LSFC   EI HFFC++  +
  49 Sbjct  123  AICHPLCYSTVMRPQVCALMLALCWVLTNIVALTHTFLMARLSFCVTGEIAHFFCDITPV  182
  50
  51 Query  95   IQLACSDTFLNDTVIYV--STVLLACGPLTGILYSYSKIVSSICRISSAQGKYKAFSTCA  152
  52             ++L+CSDT +N+ +++V   TVL+   P   I+ SY  IV +I R+ +  G  KAFSTC+
  53 Sbjct  183  LKLSCSDTHINEMMVFVLGGTVLIV--PFLCIVTSYIHIVPAILRVRTRGGVGKAFSTCS  240
  54
  55 Query  153  SHLSVVSLFYCTVLGVYLSCAATQSSHGSAVASVMYTVVTPMLNPFIYSLRNKDIKEALI  212
  56             SHL VV +FY T+   YL   +  S      A+ MYT+VTPMLNPFIYSLRNKD+K AL
  57 Sbjct  241  SHLCVVCVFYGTLFSAYLCPPSIASEEKDIAAAAMYTIVTPMLNPFIYSLRNKDMKGALK  300
  58
  59 Query  213  RFLRRVTI  220
  60             R     +I
  61 Sbjct  301  RLFSHRSI  308
  62
  63
  64  Score = 15.0 bits (27),  Expect = 1.9, Method: Compositional matrix adjust.
  65  Identities = 6/10 (60%), Positives = 8/10 (80%), Gaps = 0/10 (0%)
  66
  67 Query  125  LYSYSKIVSS  134
  68             L+S+  IVSS
  69 Sbjct  302  LFSHRSIVSS  311
  70
  71
  72
  73 Lambda     K      H
  74    0.328    0.139    0.412
  75
  76 Gapped
  77 Lambda     K      H
  78    0.267   0.0410    0.140
  79
  80 Effective search space used: 55770
  81
  82
  83   Database: subject.fa
  84     Posted date:  Apr 26, 2010  2:49 PM
  85   Number of letters in database: 311
  86   Number of sequences in database:  1
  87
  88
  89
  90 Matrix: BLOSUM62
  91 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
  92 Neighboring words threshold: 11
  93 Window for multiple hits: 40