t/PopGen/Coalescent.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 13);
  11
  12         use_ok('Bio::PopGen::Simulation::Coalescent');
  13         use_ok('Bio::PopGen::Statistics');
  14         use_ok('Bio::TreeIO');
  15 }
  16
  17 my $ssize = 5;
  18 my $sim = Bio::PopGen::Simulation::Coalescent->new(-sample_size => $ssize);
  19 my $stats = Bio::PopGen::Statistics->new();
  20 my $tree = $sim->next_tree;
  21
  22 is($tree->get_nodes, ($ssize * 2 - 1));
  23
  24 my $FILE1 = test_output_file();
  25 my $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'newick', -file => ">$FILE1");
  26
  27 $treeio->write_tree($tree);
  28 undef $treeio;
  29
  30 ok(-s $FILE1);
  31 my $mutcount = 100;
  32 $sim->add_Mutations($tree, $mutcount);
  33
  34 my $leaves = [$tree->get_leaf_nodes];
  35 # $stats->verbose(1);
  36 my $pi = $stats->pi($leaves);
  37 is( $pi > 0 , 1, 'pi');
  38
  39
  40 # theta is num seg sites / sum(1/(numsams-1))
  41 my $theta = $stats->theta(scalar @$leaves, $mutcount);
  42 is($theta,48, 'theta');
  43
  44 my $tD = Bio::PopGen::Statistics->tajima_D($leaves);
  45 is(defined $tD,1, 'tajimaD');
  46
  47 my $seg_sites = Bio::PopGen::Statistics->segregating_sites_count($leaves);
  48 is($seg_sites,$mutcount,
  49    'all the mutations should be polymorphic (by definition)');
  50 my $single = Bio::PopGen::Statistics->singleton_count($leaves);
  51 my $flD = Bio::PopGen::Statistics->fu_and_li_D($leaves,$single);
  52 is(defined $flD,1,'fu and li D');
  53
  54 my $flD_star = $stats->fu_and_li_D_star($leaves);
  55 is(defined $flD_star,1,'fu and li D*');
  56
  57 my $flF = $stats->fu_and_li_F($leaves,$single);
  58 is(defined $flF, 1,'fu and li F');
  59
  60 my $flFstar = $stats->fu_and_li_F_star($leaves);
  61 is(defined $flF, 1,'fu and li F');